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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30422 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of the dimer of trimeric TOM complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane ...TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / regulation of protein stability / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Guan Z / Yan L / Wang Q / Yan C / Yin P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Structural insights into assembly of human mitochondrial translocase TOM complex. 著者: Zeyuan Guan / Ling Yan / Qiang Wang / Liangbo Qi / Sixing Hong / Zhou Gong / Chuangye Yan / Ping Yin / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30422.map.gz | 265.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30422-v30.xml emd-30422.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30422.png | 67.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30422 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30422 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30422_validation.pdf.gz | 326.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30422_full_validation.pdf.gz | 325.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30422_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30422 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30422 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TOM translocase
全体 | 名称: TOM translocase |
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要素 |
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-超分子 #1: TOM translocase
超分子 | 名称: TOM translocase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 |
分子量 | 理論値: 440 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 59704 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) |