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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30421 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human mitochondrial translocase TOM complex at 3.o angstrom. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | human mitochondrial translocase TOM complex / Outer membrane / TRANSLOCASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane ...TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / regulation of protein stability / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Guan Z / Yan L | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Structural insights into assembly of human mitochondrial translocase TOM complex. 著者: Zeyuan Guan / Ling Yan / Qiang Wang / Liangbo Qi / Sixing Hong / Zhou Gong / Chuangye Yan / Ping Yin / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30421.map.gz | 168.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30421-v30.xml emd-30421.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30421.png | 76.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30421.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30421 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30421 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30421_validation.pdf.gz | 505.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30421_full_validation.pdf.gz | 504.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30421_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30421_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30421 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30421 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30421.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.014 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TOM translocase
全体 | 名称: TOM translocase |
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要素 |
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-超分子 #1: TOM translocase
超分子 | 名称: TOM translocase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 440 kDa/nm |
-分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6.045318 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFRIEGLAPK LDPEEMKRKM REDVISSIRN FLIYVALLRV TPFILKKLDS I UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog |
-分子 #2: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 8.007988 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASSTVPVSA AGSANETPEI PDNVGDWLRG VYRFATDRND FRRNLILNLG LFAAGVWLAR NLSDIDLMAP QPGV UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog |
-分子 #3: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 6.256473 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVKLSKEAKQ RLQQLFKGSQ FAIRWGFIPL VIYLGFKRGA DPGMPEPTVL SLLWG UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog |
-分子 #4: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.532528 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAAAVAAAGA GEPQSPDELL PKGDAEKPEE ELEEDDDEEL DETLSERLWG LTEMFPERVR SAAGATFDLS LFVAQKMYRF SRAALWIGT TSFMILVLPV VFETEKLQME QQQQLQQRQI LLGPNTGLSG GMPGALPSLP GKI UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog |
-分子 #5: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
分子 | 名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.926926 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL ...文字列: MGNVLAASSP PAGPPPPPAP ALVGLPPPPP SPPGFTLPPL GGSLGAGTST SRSSERTPGA ATASASGAAE DGACGCLPNP GTFEECHRK CKELFPIQME GVKLTVNKGL SNHFQVNHTV ALSTIGESNY HFGVTYVGTK QLSPTEAFPV LVGDMDNSGS L NAQVIHQL GPGLRSKMAI QTQQSKFVNW QVDGEYRGSD FTAAVTLGNP DVLVGSGILV AHYLQSITPC LALGGELVYH RR PGEEGTV MSLAGKYTLN NWLATVTLGQ AGMHATYYHK ASDQLQVGVE FEASTRMQDT SVSFGYQLDL PKANLLFKGS VDS NWIVGA TLEKKLPPLP LTLALGAFLN HRKNKFQCGF GLTIG UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog |
-分子 #6: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 11 / 式: PC1 |
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分子量 | 理論値: 790.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-PC1: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |