[日本語] English
万見
- EMDB-30414: Subparticle refinement of human papillomavirus type 16 pesudoviru... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30414
タイトルSubparticle refinement of human papillomavirus type 16 pesudovirus in complex with H16.001 Fab
マップデータSub-particle reconstruction of the 2-fold region of the cryo-EM structure of HPV16 pseudovirus complexed with H16.001 Fab
試料
  • 複合体: human papillomavirus type 16 pesudovirus in complex with H16.001 Fab
    • タンパク質・ペプチド: The light chain variable region of H16.001 Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: The heavy chain variable region of H16.001 Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1
キーワードVirus / immune complex / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者He MZ / Li SW
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of a neutralizing mAb H16.001, a potent candidate for a common potency assay for various HPV16 VLPs.
著者: Weijin Huang / Maozhou He / Tingting Ning / Jianhui Nie / Feng Zhang / Qingbing Zheng / Rui Zhang / Ying Xu / Ying Gu / Shaowei Li / Youchun Wang /
要旨: With more human papillomavirus (HPV) virus-like particle (VLP) vaccines to hit the market in future, a monoclonal antibody (mAb) with preferably comparable reactivity against vaccines from different ...With more human papillomavirus (HPV) virus-like particle (VLP) vaccines to hit the market in future, a monoclonal antibody (mAb) with preferably comparable reactivity against vaccines from different expression systems and bioprocesses is urgently needed for the potency characterization. Among all mAbs against HPV16 collected, rabbit mAb H16.001 is potently neutralizing with the highest affinity, recognizes an immune-dominant epitope, and can comparably react with HPV16 vaccines from various sources. Cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure demonstrated that 360 H16.001 Fabs could bind to HPV16 capsid in preferable binding manner without steric hindrance between neighboring Fabs, potentially supporting its identification for VLP structural integrity and utility in monitoring VLP structural probity. This structural analysis indicated that mAb H16.001 afforded unbiased potency characterization for various HPV16 vaccines and was potential for use in vaccine regulation practice. This study also showed a model process for selecting suitable mAbs for potency assays of other vaccines.
履歴
登録2020年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月2日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cn2
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7cn2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30414.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30414.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-particle reconstruction of the 2-fold region of the cryo-EM structure of HPV16 pseudovirus complexed with H16.001 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 768 pix.
= 866.304 Å		1.13 Å/pix.
x 768 pix.
= 866.304 Å		1.13 Å/pix.
x 768 pix.
= 866.304 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.128 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-11.804463 - 17.826657999999998
平均 (標準偏差)0.0026609353 (±0.43449277)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ768768768
Spacing768768768
セルA=B=C: 866.304 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1281.1281.128
M x/y/z768768768
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z866.304866.304866.304
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS768768768
D min/max/mean-11.80417.8270.003

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : human papillomavirus type 16 pesudovirus in complex with H16.001 Fab

全体名称: human papillomavirus type 16 pesudovirus in complex with H16.001 Fab
要素
  • 複合体: human papillomavirus type 16 pesudovirus in complex with H16.001 Fab
    • タンパク質・ペプチド: The light chain variable region of H16.001 Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: The heavy chain variable region of H16.001 Fab fragment
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1

-
超分子 #1: human papillomavirus type 16 pesudovirus in complex with H16.001 Fab

超分子名称: human papillomavirus type 16 pesudovirus in complex with H16.001 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)

-
分子 #1: The light chain variable region of H16.001 Fab fragment

分子名称: The light chain variable region of H16.001 Fab fragment
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.50979 KDa
配列文字列:
DPMLTQTAAS VEVAVGGTVT IKCQASQSIG GYLSWYQQKP GQRPKLLIYR ASTLASGVPS RFKGSGSGTE YTLTFSGVEC ADAAAYYCQ QGYTSSDINN AFGGGTEVVV K

-
分子 #2: The heavy chain variable region of H16.001 Fab fragment

分子名称: The heavy chain variable region of H16.001 Fab fragment
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 13.212764 KDa
配列文字列:
QSVKESEGRL VTPGTPLTLT CTASGFTMSR YHMTWVRQAP GKGLEWIGII YARNSDTYYA NWAKGRFTIS KTSTTVDLKI TSPTIEDTA TYFCARVDSD SSGAFDRLDL WGQGTLVTVS S

-
分子 #3: Major capsid protein L1

分子名称: Major capsid protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
分子量理論値: 56.340953 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSLWLPSEAT VYLPPVPVSK VVSTDEYVAR TNIYYHAGTS RLLAVGHPYF PIKKPNNNKI LVPKVSGLQY RVFRIHLPDP NKFGFPDTS FYNPDTQRLV WACVGVEVGR GQPLGVGISG HPLLNKLDDT ENASAYAANA GVDNRECISM DYKQTQLCLI G CKPPIGEH ...文字列:
MSLWLPSEAT VYLPPVPVSK VVSTDEYVAR TNIYYHAGTS RLLAVGHPYF PIKKPNNNKI LVPKVSGLQY RVFRIHLPDP NKFGFPDTS FYNPDTQRLV WACVGVEVGR GQPLGVGISG HPLLNKLDDT ENASAYAANA GVDNRECISM DYKQTQLCLI G CKPPIGEH WGKGSPCTNV AVNPGDCPPL ELINTVIQDG DMVDTGFGAM DFTTLQANKS EVPLDICTSI CKYPDYIKMV SE PYGDSLF FYLRREQMFV RHLFNRAGAV GENVPDDLYI KGSGSTANLA SSNYFPTPSG SMVTSDAQIF NKPYWLQRAQ GHN NGICWG NQLFVTVVDT TRSTNMSLCA AISTSETTYK NTNFKEYLRH GEEYDLQFIF QLCKITLTAD VMTYIHSMNS TILE DWNFG LQPPPGGTLE DTYRFVTSQA IACQKHTPPA PKEDPLKKYT FWEVNLKEKF SADLDQFPLG RKFLLQAGLK AKPKF TLGK RKATPTTSST STTAKRKKRK L

UniProtKB: Major capsid protein L1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 274860
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る