EMDB-30364: Cryo-electron tomography of an excitatory synapse in cultured rat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-30364

タイトル

Cryo-electron tomography of an excitatory synapse in cultured rat hippocampal neurons

マップデータ

試料

細胞: hippocampal neuronal synapse

生物種

Rattus sp. (ネズミ)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Tao C-L / Liu Y-T / Sun R / Zhang B / Qi L / Shivakoti S / Tian C-L / Zhang P / Lau P-M / Zhou ZH / Bi G-Q

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-electron tomography of an excitatory synapse in cultured rat hippocampal neurons
著者: Tao CL / Liu YT / Sun R / Zhang B / Qi L / Shivakoti S / Tian CL / Zhang P / Lau PM / Zhou ZH / Bi GQ

履歴

登録	2020年7月2日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2021年7月7日	-
マップ公開	2021年7月7日	-
更新	2021年7月7日	-
現状	2021年7月7日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	ソリッド表示（ボリュームレンダリング） UCSF Chimeraによる作画ダウンロードソリッド表示（ボリュームレンダリング） UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
添付画像	emd_30364.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_30364.map.gz	84.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-30364-v30.xml emd-30364.xml	9.3 KB 9.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_30364.png	251.5 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30364 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30364	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_30364_validation.pdf.gz	302.3 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_30364_full_validation.pdf.gz	301.8 KB	表示
XML形式データ	emd_30364_validation.xml.gz	4.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_30364_validation.cif.gz	5.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30364 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30364	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_30364.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 143.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 26.1 Å

密度

最小 - 最大	-128.0 - 126.0
平均 (標準偏差)	60.184612 (±6.2655435)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	1	0	57
サイズ	620	640	380
Spacing	640	620	380

セル

A: 16704.0 Å / B: 16182.0 Å / C: 9918.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	envelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z	26.1	26.1	26.1
M x/y/z	640	620	380
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	16704.000	16182.000	9918.000
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	-210	-210	-210
NX/NY/NZ	420	420	420
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	1	57
NC/NR/NS	640	620	380
D min/max/mean	-128.000	126.000	60.185

-
全体 : hippocampal neuronal synapse

全体	名称: hippocampal neuronal synapse
要素	細胞: hippocampal neuronal synapse

-
超分子 #1: hippocampal neuronal synapse

超分子	名称: hippocampal neuronal synapse / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: excitatory synapse in cultured rat hippocampal neurons
由来(天然)	生物種: Rattus sp. (ネズミ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.3
凍結	凍結剤: ETHANE
切片作成	その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカー	Manufacturer: Center for Molecular Medicine \| University Medical Center Utrecht 直径: 15 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.5 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終再構成	アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 64

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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