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万見
- EMDB-30355: Cryo_EM map of nucleotide free MlaFEDB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30355
タイトルCryo_EM map of nucleotide free MlaFEDB complex
マップデータcryo_EM map of nucleotide free MlaFEDB complex
試料
  • 複合体: cryo_EM map of nucleotide free MlaFEDB complex
    • タンパク質・ペプチド: Lipid asymmetry maintenance ABC transporter permease subunit MlaE
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid ABC transporter ATP-binding protein MlaF
    • タンパク質・ペプチド: Lipid asymmetry maintenance protein MlaB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane lipid asymmetry maintenance protein MlaD
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid transfer activity / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / phospholipid transport / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phospholipid binding / response to antibiotic ...phospholipid transfer activity / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / phospholipid transport / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phospholipid binding / response to antibiotic / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Probable ABC transporter ATP-binding protein MlaF/Mkl / : / : / : / Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / : / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain ...Probable ABC transporter ATP-binding protein MlaF/Mkl / : / : / : / Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / : / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE / Lipid asymmetry maintenance protein MlaB / Phospholipid ABC transporter ATP-binding protein MlaF / Outer membrane lipid asymmetry maintenance protein MlaD / Intermembrane phospholipid transport system ATP-binding protein MlaF / Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaB / Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaD / Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chi XM / Fan QX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: Structural mechanism of phospholipids translocation by MlaFEDB complex.
著者: Ximin Chi / Qiongxuan Fan / Yuanyuan Zhang / Ke Liang / Li Wan / Qiang Zhou / Yanyan Li /
要旨: In Gram-negative bacteria, phospholipids are major components of the inner membrane and the inner leaflet of the outer membrane, playing an essential role in forming the unique dual-membrane barrier ...In Gram-negative bacteria, phospholipids are major components of the inner membrane and the inner leaflet of the outer membrane, playing an essential role in forming the unique dual-membrane barrier to exclude the entry of most antibiotics. Understanding the mechanisms of phospholipid translocation between the inner and outer membrane represents one of the major challenges surrounding bacterial phospholipid homeostasis. The conserved MlaFEDB complex in the inner membrane functions as an ABC transporter to drive the translocation of phospholipids between the inner membrane and the periplasmic protein MlaC. However, the mechanism of phospholipid translocation remains elusive. Here we determined three cryo-EM structures of MlaFEDB from Escherichia coli in its nucleotide-free and ATP-bound conformations, and performed extensive functional studies to verify and extend our findings from structural analyses. Our work reveals unique structural features of the entire MlaFEDB complex, six well-resolved phospholipids in three distinct cavities, and large-scale conformational changes upon ATP binding. Together, these findings define the cycle of structural rearrangement of MlaFEDB in action, and suggest that MlaFEDB uses an extrusion mechanism to extract and release phospholipids through the central translocation cavity.
履歴
登録2020年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cge
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30355.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30355.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo_EM map of nucleotide free MlaFEDB complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 347.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.07136085 - 0.15136166
平均 (標準偏差)0.00003451666 (±0.0033690163)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 347.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z347.840347.840347.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0710.1510.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : cryo_EM map of nucleotide free MlaFEDB complex

全体名称: cryo_EM map of nucleotide free MlaFEDB complex
要素
  • 複合体: cryo_EM map of nucleotide free MlaFEDB complex
    • タンパク質・ペプチド: Lipid asymmetry maintenance ABC transporter permease subunit MlaE
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid ABC transporter ATP-binding protein MlaF
    • タンパク質・ペプチド: Lipid asymmetry maintenance protein MlaB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane lipid asymmetry maintenance protein MlaD
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate

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超分子 #1: cryo_EM map of nucleotide free MlaFEDB complex

超分子名称: cryo_EM map of nucleotide free MlaFEDB complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: Lipid asymmetry maintenance ABC transporter permease subunit MlaE

分子名称: Lipid asymmetry maintenance ABC transporter permease subunit MlaE
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 27.885162 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MLLNALASLG HKGIKTLRTF GRAGLMLFNA LVGKPEFRKH APLLVRQLYN VGVLSMLIIV VSGVFIGMVL GLQGYLVLTT YSAETSLGM LVALSLLREL GPVVAALLFA GRAGSALTAE IGLMRATEQL SSMEMMAVDP LRRVISPRFW AGVISLPLLT V IFVAVGIW ...文字列:
MLLNALASLG HKGIKTLRTF GRAGLMLFNA LVGKPEFRKH APLLVRQLYN VGVLSMLIIV VSGVFIGMVL GLQGYLVLTT YSAETSLGM LVALSLLREL GPVVAALLFA GRAGSALTAE IGLMRATEQL SSMEMMAVDP LRRVISPRFW AGVISLPLLT V IFVAVGIW GGSLVGVSWK GIDSGFFWSA MQNAVDWRMD LVNCLIKSVV FAITVTWISL FNGYDAIPTS AGISRATTRT VV HSSLAVL GLDFVLTALM FGN

UniProtKB: Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE

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分子 #2: Phospholipid ABC transporter ATP-binding protein MlaF

分子名称: Phospholipid ABC transporter ATP-binding protein MlaF
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 29.128801 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MEQSVANLVD MRDVSFTRGN RCIFDNISLT VPRGKITAIM GPSGIGKTTL LRLIGGQIAP DHGEILFDGE NIPAMSRSRL YTVRKRMSM LFQSGALFTD MNVFDNVAYP LREHTQLPAP LLHSTVMMKL EAVGLRGAAK LMPSELSGGM ARRAALARAI A LEPDLIMF ...文字列:
MEQSVANLVD MRDVSFTRGN RCIFDNISLT VPRGKITAIM GPSGIGKTTL LRLIGGQIAP DHGEILFDGE NIPAMSRSRL YTVRKRMSM LFQSGALFTD MNVFDNVAYP LREHTQLPAP LLHSTVMMKL EAVGLRGAAK LMPSELSGGM ARRAALARAI A LEPDLIMF DEPFVGQDPI TMGVLVKLIS ELNSALGVTC VVVSHDVPEV LSIADHAWIL ADKKIVAHGS AQALQANPDP RV RQFLDGI ADGPVPFRYP AGDYHADLLP GS

UniProtKB: Phospholipid ABC transporter ATP-binding protein MlaF

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分子 #3: Lipid asymmetry maintenance protein MlaB

分子名称: Lipid asymmetry maintenance protein MlaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 10.690313 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
MSESLSWMQT GDTLALSGEL DQDVLLPLWE MREEAVKGIT CIDLSRVSRV DTGGLALLLH LIDLAKKQGN NVTLQGVNDK VYTLAKLYN LPADVLPR

UniProtKB: Lipid asymmetry maintenance protein MlaB

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分子 #4: Outer membrane lipid asymmetry maintenance protein MlaD

分子名称: Outer membrane lipid asymmetry maintenance protein MlaD
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 19.593133 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
MQTKKNEIWV GIFLLAALLA ALFVCLKAAN VTSIRTEPTY TLYATFDNIG GLKARSPVSI GGVVVGRVAD ITLDPKTYLP RVTLEIEQR YNHIPDTSSL SIRTSGLLGE QYLALNVGFE DPELGTAILK DGDTIQDTKS AMVLEDLIGQ FLYGSKGDDN K NSGDAPAA APGNNETTEP VGTTK

UniProtKB: Outer membrane lipid asymmetry maintenance protein MlaD

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分子 #5: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: PGW
分子量理論値: 749.007 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 271252
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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