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万見
- EMDB-3035: The structure of YnaI implies structural and mechanistic conserva... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3035
タイトルThe structure of YnaI implies structural and mechanistic conservation in the MscS-family of mechanosensitive channels
マップデータReconstruction of YnaI
試料
  • 試料: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
  • タンパク質・ペプチド: YnaI
キーワードYnaI / mechanosensitive channels / lipid-protein interaction / osmotic stress
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic ion channel activity / cellular response to osmotic stress / transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mechanosensitive ion channel protein YnaI-like / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal ...Mechanosensitive ion channel protein YnaI-like / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / LSM domain superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Low conductance mechanosensitive channel YnaI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.6 Å
データ登録者Bottcher B / Prazak V / Rasmussen A / Black SS / Rasmussen T
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: The Structure of YnaI Implies Structural and Mechanistic Conservation in the MscS Family of Mechanosensitive Channels.
著者: Bettina Böttcher / Vojtech Prazak / Akiko Rasmussen / Susan S Black / Tim Rasmussen /
要旨: Mechanosensitive channels protect bacteria against lysis caused by a sudden drop in osmolarity in their surroundings. Besides the channel of large conductance (MscL) and small conductance (MscS), ...Mechanosensitive channels protect bacteria against lysis caused by a sudden drop in osmolarity in their surroundings. Besides the channel of large conductance (MscL) and small conductance (MscS), Escherichia coli has five additional paralogs of MscS that are functional and widespread in the bacterial kingdom. Here, we present the structure of YnaI by cryo-electron microscopy to a resolution of 13 Å. While the cytosolic vestibule is structurally similar to that in MscS, additional density is seen in the transmembrane (TM) region consistent with the presence of two additional TM helices predicted for YnaI. The location of this density suggests that the extra TM helices are tilted, which could induce local membrane curvature extending the tension-sensing paddles seen in MscS. Off-center lipid-accessible cavities are seen that resemble gaps between the sensor paddles in MscS. The conservation of the tapered shape and the cavities in YnaI suggest a mechanism similar to that of MscS.
履歴
登録2015年6月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年7月15日-
マップ公開2015年8月26日-
更新2015年9月9日-
現状2015年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3035.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3035.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of YnaI
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.73 Å/pix.
x 160 pix.
= 276.48 Å		1.73 Å/pix.
x 160 pix.
= 276.48 Å		1.73 Å/pix.
x 160 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.728 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.03759287 - 0.12191901
平均 (標準偏差)0.00122589 (±0.01530758)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.7281.7281.728
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.480276.480276.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-800-4
NX/NY/NZ1611358
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0380.1220.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Low conductance mechanosensitive channel YnaI

全体名称: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
要素
  • 試料: Low conductance mechanosensitive channel YnaI
  • タンパク質・ペプチド: YnaI

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超分子 #1000: Low conductance mechanosensitive channel YnaI

超分子名称: Low conductance mechanosensitive channel YnaI / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 7 / Number unique components: 1
分子量理論値: 271 KDa

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分子 #1: YnaI

分子名称: YnaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 集合状態: heptamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MJF641 / 細胞中の位置: Pasma membrane
分子量理論値: 38.76 KDa
配列UniProtKB: Low conductance mechanosensitive channel YnaI / GO: transmembrane transport
InterPro: Mechanosensitive ion channel MscS, Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2, LSM domain superfamily, Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal, Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッド詳細: 1.2/1.3 Quantifoil 400 mesh copper Rh/grids, glow discharge for 1 min in air
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: blot for 15 s with 2 layers of filter paper Whatman No 1 before plunging into Ethane cooled by N2; heater is used for preventing freezing of ethane; plunger has an environmental chamber, ...手法: blot for 15 s with 2 layers of filter paper Whatman No 1 before plunging into Ethane cooled by N2; heater is used for preventing freezing of ethane; plunger has an environmental chamber, which is humidified with 2 water soaked sponges (Bellare Design); Bellare design of

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing
日付2013年3月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.39 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #2

Microscopy ID2
顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing
日付2013年3月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.39 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #3

Microscopy ID3
顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing
日付2013年4月7日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.39 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #4

Microscopy ID4
顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing
日付2013年4月15日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.39 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #5

Microscopy ID5
顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing
日付2013年4月17日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.39 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #6

Microscopy ID6
顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 95 K
アライメント法Legacy - 非点収差: at 200,000 magnification on carbon; computationally during image processing
日付2013年4月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 実像数: 3308 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.39 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細particle image were selected manually with e2-boxer, initial reference map was determined with Imagic, particle orientations were refined with Relion 1.3
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Imagic, Relion
詳細: resolution was determined from independently processed halves
使用した粒子像数: 7202
最終 角度割当詳細: euler angles were determined with relion using auto_refine
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2oau


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F / Chain - #6 - Chain ID: G
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The structure of the related MscS (2oAU) was fitted manually as rigid body, the fit was optimized by the fit in map option of chimera using residues 129-281 of MscS (cytosolic part)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: overlap

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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