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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30125 | |||||||||
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タイトル | Structure of HSV2 B-capsid portal vertex | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() T=16 icosahedral viral capsid / viral capsid assembly / viral process / viral capsid / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å | |||||||||
![]() | Wang XX / Wang N | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the portal vertex reveal essential protein-protein interactions for Herpesvirus assembly and maturation. 著者: Nan Wang / Wenyuan Chen / Ling Zhu / Dongjie Zhu / Rui Feng / Jialing Wang / Bin Zhu / Xinzheng Zhang / Xiaoqing Chen / Xianjie Liu / Runbin Yan / Dongyao Ni / Grace Guoying Zhou / Hongrong ...著者: Nan Wang / Wenyuan Chen / Ling Zhu / Dongjie Zhu / Rui Feng / Jialing Wang / Bin Zhu / Xinzheng Zhang / Xiaoqing Chen / Xianjie Liu / Runbin Yan / Dongyao Ni / Grace Guoying Zhou / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 95.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 97 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 631.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 631.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human alphaherpesvirus 2
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human alphaherpesvirus 2
超分子 | 名称: Human alphaherpesvirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10310 / 生物種: Human alphaherpesvirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 149.399359 KDa |
配列 | 文字列: MAAPARDPPG YRYAAAILPT GSILSTIEVA SHRRLFDFFA AVRSDENSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPVEQPVHNY MTKVIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGISLHRQL R AIQQLARN ...文字列: MAAPARDPPG YRYAAAILPT GSILSTIEVA SHRRLFDFFA AVRSDENSLY DVEFDALLGS YCNTLSLVRF LELGLSVACV CTKFPELAY MNEGRVQFEV HQPLIARDGP HPVEQPVHNY MTKVIDRRAL NAAFSLATEA IALLTGEALD GTGISLHRQL R AIQQLARN VQAVLGAFER GTADQMLHVL LEKAPPLALL LPMQRYLDNG RLATRVARAT LVAELKRSFC DTSFFLGKAG HR REAIEAW LVDLTTATQP SVAVPRLTHA DTRGRPVDGV LVTTAAIKQR LLQSFLKVED TEADVPVTYG EMVLNGANLV TAL VMGKAV RSLDDVGRHL LDMQEEQLEA NRETLDELES APQTTRVRAD LVAIGDRLVF LEALERRIYA ATNVPYPLVG AMDL TFVLP LGLFNPAMER FAAHAGDLVP APGHPEPRAF PPRQLFFWGK DHQVLRLSME NAVGTVCHPS LMNIDAAVGG VNHDP VEAA NPYGAYVAAP AGPGADMQQR FLNAWRQRLA HGRVRWVAEC QMTAEQFMQP DNANLALELH PAFDFFAGVA DVELPG GEV PPAGPGAIQA TWRVVNGNLP LALCPVAFRD ARGLELGVGR HAMAPATIAA VRGAFEDRSY PAVFYLLQAA IHGNEHV FC ALARLVTQCI TSYWNNTRCA AFVNDYSLVS YIVTYLGGDL PEECMAVYRD LVAHVEALAQ LVDDFTLPGP ELGGQAQA E LNHLMRDPAL LPPLVWDCDG LMRHAALDRH RDCRIDAGGH EPVYAAACNV ATADFNRNDG RLLHNTQARA ADAADDRPH RPADWTVHHK IYYYVLVPAF SRGRCCTAGV RFDRVYATLQ NMVVPEIAPG EECPSDPVTD PAHPLHPANL VANTVKRMFH NGRVVVDGP AMLTLQVLAH NMAERTTALL CSAAPDAGAN TASTANMRIF DGALHAGVLL MAPQHLDHTI QNGEYFYVLP V HALFAGAD HVANAPNFPP ALRDLARDVP LVPPALGANY FSSIRQPVVQ HARESAAGEN ALTYALMAGY FKMSPVALYH QL KTGLHPG FGFTVVRQDR FVTENVLFSE RASEAYFLGQ LQVARHETGG GVNFTLTQPR GNVDLGVGYT AVAATGTVRN PVT DMGNLP QNFYLGRGAP PLLDNAAAVY LRNAVVAGNR LGPAQPLPVF GCAQVPRRAG MDHGQDAVCE FIATPVATDI NYFR RPCNP RGRAAGGVYA GDKEGDVIAL MYDHGQSDPA RPFAATANPW ASQRFSYGDL LYNGAYHLNG ASPVLSPCFK FFTAA DITA KHRCLERLIV ETGSAVSTAT AASDVQFKRP PGCRELVEDP CGLFQEAYPI TCASDPALLR SARDGEAHAR ETHFTQ YLI YDASPLKGLS L |
-分子 #2: Coiled coils chain 1
分子 | 名称: Coiled coils chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 6.911511 KDa |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) |
-分子 #3: Coiled coils chain 2
分子 | 名称: Coiled coils chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 7.08172 KDa |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #4: Triplex capsid protein 2
分子 | 名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 34.373785 KDa |
配列 | 文字列: MITDCFEADI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LALADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPVD LGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPVSLVPP VFEGQATDVR LESLDLTLRF PVPLPTPLAR EIVARLVARG I RDLNPDPR ...文字列: MITDCFEADI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LALADVAHES FVSGGVSPDT LGLLLAYRRR FPAVITRVLP TRIVACPVD LGLTHAGTVN LRNTSPVDLC NGDPVSLVPP VFEGQATDVR LESLDLTLRF PVPLPTPLAR EIVARLVARG I RDLNPDPR TPGELPDLNV LYYNGARLSL VADVQQLASV NTELRSLVLN MVYSITEGTT LILTLIPRLL ALSAQDGYVN AL LQMQSVT REAAQLIHPE APMLMQDGER RLPLYEALVA WLAHAGQLGD ILALAPAVRV CTFDGAAVVQ SGDMAPVIRY P |
-分子 #5: Triplex capsid protein 1
分子 | 名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 50.566648 KDa |
配列 | 文字列: MKTKPLPTAP MAWAESAVET TTSPRELAGH APLRRVLRPP IARRDGPVLL GDRAPRRTAS TMWLLGIDPA ESSPGTRATR DDTEQAVDK ILRGARRAGG LTVPGAPRYH LTRQVTLTDL CQPNAERAGA LLLALRHPTD LPHLARHRAP PGRQTERLAE A WGQLLEAS ...文字列: MKTKPLPTAP MAWAESAVET TTSPRELAGH APLRRVLRPP IARRDGPVLL GDRAPRRTAS TMWLLGIDPA ESSPGTRATR DDTEQAVDK ILRGARRAGG LTVPGAPRYH LTRQVTLTDL CQPNAERAGA LLLALRHPTD LPHLARHRAP PGRQTERLAE A WGQLLEAS ALGSGRAESG CARAGLVSFN FLVAACAAAY DARDAAEAVR AHITTNYGGT RAGARLDRFS ECLRAMVHTH VF PHEVMRF FGGLVSWVTQ DELASVTAVC SGPQEATHTG HPGRPRSAVT IPACAFVDLD AELCLGGPGA AFLYLVFTYR QCR DQELCC VYVVKSQLPP RGLEAALERL FGRLRITNTI HGAEDMTPPP PNRNVDFPLA VLAASSQSPR CSASQVTNPQ FVDR LYRWQ PDLRGRPTAR TCTYAAFAEL GVMPDDSPRC LHRTERFGAV GVPVVILEGV VWRPGGWRAC A |
-分子 #6: Small capsomere-interacting protein
分子 | 名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.147707 KDa |
配列 | 文字列: MAAPQFHRPS TITADNVRAL GMRGLVLATN NAQFIMDNSY PHPHGTQGAV REFLRGQAAA LTDLGVTHAN NTFAPQPMFA GDAAAEWLR PSFGLKRTYS PFVVRDPKTP STP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 30.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
Image recording ID | 1 |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22158 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |