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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30122 | |||||||||
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タイトル | Asymmetric reconstrcution of HSV2 C capsid | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å | |||||||||
![]() | Wang XX / Wang N | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the portal vertex reveal essential protein-protein interactions for Herpesvirus assembly and maturation. 著者: Nan Wang / Wenyuan Chen / Ling Zhu / Dongjie Zhu / Rui Feng / Jialing Wang / Bin Zhu / Xinzheng Zhang / Xiaoqing Chen / Xianjie Liu / Runbin Yan / Dongyao Ni / Grace Guoying Zhou / Hongrong ...著者: Nan Wang / Wenyuan Chen / Ling Zhu / Dongjie Zhu / Rui Feng / Jialing Wang / Bin Zhu / Xinzheng Zhang / Xiaoqing Chen / Xianjie Liu / Runbin Yan / Dongyao Ni / Grace Guoying Zhou / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 220.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 84.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.76 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human alphaherpesvirus 2
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human alphaherpesvirus 2
超分子 | 名称: Human alphaherpesvirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10310 / 生物種: Human alphaherpesvirus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71956 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |