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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3010 | |||||||||
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タイトル | Spoke ring and central channel ring of the actinomycin D treated X. laevis nuclear pore complex. | |||||||||
マップデータ | Recommended UCSF Chimera hide dust setting: size 85.0 | |||||||||
試料 |
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キーワード | X. laevis / Nuclear pore complex / Spoke ring / Central channel ring / Actinomycin D | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Eibauer M / Pellanda M / Turgay Y / Dubrovsky A / Wild A / Medalia O | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Structure and gating of the nuclear pore complex. 著者: Matthias Eibauer / Mauro Pellanda / Yagmur Turgay / Anna Dubrovsky / Annik Wild / Ohad Medalia / 要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) perforate the nuclear envelope and allow the exchange of macromolecules between the nucleus and the cytoplasm. To acquire a deeper understanding of this transport ...Nuclear pore complexes (NPCs) perforate the nuclear envelope and allow the exchange of macromolecules between the nucleus and the cytoplasm. To acquire a deeper understanding of this transport mechanism, we analyse the structure of the NPC scaffold and permeability barrier, by reconstructing the Xenopus laevis oocyte NPC from native nuclear envelopes up to 20 Å resolution by cryo-electron tomography in conjunction with subtomogram averaging. In addition to resolving individual protein domains of the NPC constituents, we propose a model for the architecture of the molecular gate at its central channel. Furthermore, we compare and contrast this native NPC structure to one that exhibits reduced transport activity and unveil the spatial properties of the NPC gate. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3010.map.gz | 2.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3010-v30.xml emd-3010.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3010.tif | 1.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3010 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3010 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3010_validation.pdf.gz | 221.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3010_full_validation.pdf.gz | 220.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3010_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3010 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3010 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3010.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Recommended UCSF Chimera hide dust setting: size 85.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : X. laevis nuclear pore complex
全体 | 名称: X. laevis nuclear pore complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: X. laevis nuclear pore complex
超分子 | 名称: X. laevis nuclear pore complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was treated with Actinomycin D. / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Nuclear pore complex
分子 | 名称: Nuclear pore complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NPC / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / 別称: African clawed frog / 細胞: Oocyte / Organelle: Nucleus / 細胞中の位置: Nuclear envelope |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2013年6月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: TOM / 詳細: Protomer averaging, subprotomer averaging / 使用したサブトモグラム数: 3409 |
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CTF補正 | 詳細: Whole micrograph |