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- EMDB-29981: Cryo-EM structure of human TRPV1 in cNW11 nanodisc with soybean lipids -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29981
タイトルCryo-EM structure of human TRPV1 in cNW11 nanodisc with soybean lipids
マップデータ
試料
  • 複合体: sample 1
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードtransient receptor potential V family member 1 / vanilloid / TRP / apo / human / channel / TRPV1 / TRP channels / pain / membrane protein / cNW11 / nanodiscs / thermo-TRP / temperature sensation
機能・相同性
機能・相同性情報


chemosensory behavior / temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / cellular response to temperature stimulus / cellular response to acidic pH ...chemosensory behavior / temperature-gated ion channel activity / response to capsazepine / negative regulation of establishment of blood-brain barrier / sensory perception of mechanical stimulus / peptide secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / smooth muscle contraction involved in micturition / cellular response to temperature stimulus / cellular response to acidic pH / fever generation / detection of temperature stimulus involved in thermoception / thermoception / negative regulation of systemic arterial blood pressure / glutamate secretion / chloride channel regulator activity / dendritic spine membrane / TRP channels / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / negative regulation of heart rate / cellular response to ATP / cellular response to alkaloid / calcium ion import across plasma membrane / behavioral response to pain / diet induced thermogenesis / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / intracellularly gated calcium channel activity / negative regulation of mitochondrial membrane potential / voltage-gated calcium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / phosphatidylinositol binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / phosphoprotein binding / calcium ion transmembrane transport / microglial cell activation / calcium channel activity / lipid metabolic process / response to peptide hormone / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to heat / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / cell surface receptor signaling pathway / calmodulin binding / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Neuberger A / Nadezhdin KD / Sobolevsky AI
資金援助 米国, ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA206573 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS083660 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS107253 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R01 AR078814 米国
German Research Foundation (DFG)464295817 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Human TRPV1 structure and inhibition by the analgesic SB-366791.
著者: Arthur Neuberger / Mai Oda / Yury A Nikolaev / Kirill D Nadezhdin / Elena O Gracheva / Sviatoslav N Bagriantsev / Alexander I Sobolevsky /
要旨: Pain therapy has remained conceptually stagnant since the opioid crisis, which highlighted the dangers of treating pain with opioids. An alternative addiction-free strategy to conventional painkiller- ...Pain therapy has remained conceptually stagnant since the opioid crisis, which highlighted the dangers of treating pain with opioids. An alternative addiction-free strategy to conventional painkiller-based treatment is targeting receptors at the origin of the pain pathway, such as transient receptor potential (TRP) ion channels. Thus, a founding member of the vanilloid subfamily of TRP channels, TRPV1, represents one of the most sought-after pain therapy targets. The need for selective TRPV1 inhibitors extends beyond pain treatment, to other diseases associated with this channel, including psychiatric disorders. Here we report the cryo-electron microscopy structures of human TRPV1 in the apo state and in complex with the TRPV1-specific nanomolar-affinity analgesic antagonist SB-366791. SB-366791 binds to the vanilloid site and acts as an allosteric hTRPV1 inhibitor. SB-366791 binding site is supported by mutagenesis combined with electrophysiological recordings and can be further explored to design new drugs targeting TRPV1 in disease conditions.
履歴
登録2023年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29981.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-1.9050791 - 4.0379114
平均 (標準偏差)0.021445524 (±0.10390753)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29981_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29981_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : sample 1

全体名称: sample 1
要素
  • 複合体: sample 1
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: sample 1

超分子名称: sample 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 94.97 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 124.575281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTSKKWSSTD LGAAADPLQK DTCPDPLDGD PNSRPPPAKP QLSTAKSRTR LFGKGDSEEA FPVDCPHEEG ELDSCPTITV SPVITIQRP GDGPTGARLL SQDSVAASTE KTLRLYDRRS IFEAVAQNNC QDLESLLLFL QKSKKHLTDN EFKDPETGKT C LLKAMLNL ...文字列:
MTSKKWSSTD LGAAADPLQK DTCPDPLDGD PNSRPPPAKP QLSTAKSRTR LFGKGDSEEA FPVDCPHEEG ELDSCPTITV SPVITIQRP GDGPTGARLL SQDSVAASTE KTLRLYDRRS IFEAVAQNNC QDLESLLLFL QKSKKHLTDN EFKDPETGKT C LLKAMLNL HDGQNTTIPL LLEIARQTDS LKELVNASYT DSYYKGQTAL HIAIERRNMA LVTLLVENGA DVQAAAHGDF FK KTKGRPG FYFGELPLSL AACTNQLGIV KFLLQNSWQT ADISARDSVG NTVLHALVEV ADNTADNTKF VTSMYNEILM LGA KLHPTL KLEELTNKKG MTPLALAAGT GKIGVLAYIL QREIQEPECR HLSRKFTEWA YGPVHSSLYD LSCIDTCEKN SVLE VIAYS SSETPNRHDM LLVEPLNRLL QDKWDRFVKR IFYFNFLVYC LYMIIFTMAA YYRPVDGLPP FKMEKTGDYF RVTGE ILSV LGGVYFFFRG IQYFLQRRPS MKTLFVDSYS EMLFFLQSLF MLATVVLYFS HLKEYVASMV FSLALGWTNM LYYTRG FQQ MGIYAVMIEK MILRDLCRFM FVYIVFLFGF STAVVTLIED GKNDSLPSES TSHRWRGPAC RPPDSSYNSL YSTCLEL FK FTIGMGDLEF TENYDFKAVF IILLLAYVIL TYILLLNMLI ALMGETVNKI AQESKNIWKL QRAITILDTE KSFLKCMR K AFRSGKLLQV GYTPDGKDDY RWCFRVDEVN WTTWNTNVGI INEDPGNCEG VKRTLSFSLR SSRVSGRHWK NFALVPLLR EASARDRQSA QPEEVYLRQF SGSLKPEDAE VFKSPAASGE KLVPRGSAAA AVSKGEELFT GVVPILVELD GDVNGHKFSV SGEGEGDAT YGKLTLKFIC TTGKLPVPWP TLVTTLTYGV QCFSRYPDHM KQHDFFKSAM PEGYVQERTI FFKDDGNYKT R AEVKFEGD TLVNRIELKG IDFKEDGNIL GHKLEYNYNS HNVYIMADKQ KNGIKVNFKI RHNIEDGSVQ LADHYQQNTP IG DGPVLLP DNHYLSTQSK LSKDPNEKRD HMVLLEFVTA AGITLGMDEL YKSGLRSWSH PQFEK

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1

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分子 #2: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 36 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #3: (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxyc...

分子名称: (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: 8IJ
分子量理論値: 867.138 Da
Chemical component information

ChemComp-8IJ:
(2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-myo-イノシト-ル

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分子 #4: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMtris(hydroxymethyl)aminomethane
1.0 mMbeta-Mercaptoethanol
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細human TRPV1 reconstituted in cNW11 lipid nanodisc (soybean lipid extract)

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 19303 / 平均露光時間: 2.8 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 8994098
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 323292
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8gf8:
Cryo-EM structure of human TRPV1 in cNW11 nanodisc and soybean lipids

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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