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万見
- EMDB-29929: Domoate-bound GluK2 kainate receptors in non-active conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29929
タイトルDomoate-bound GluK2 kainate receptors in non-active conformation
マップデータDomoate-bound GluK2 kainate receptors in non-active conformation
試料
  • 複合体: Homotetrameric GluK2 bound with DOQ state 4
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIENYL]-3-PYRROLIDINEACETIC ACID
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
キーワードion channel / glutamate kainate receptor 2 / homotetramer / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of JNK cascade / receptor clustering / modulation of excitatory postsynaptic potential / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / behavioral fear response / positive regulation of synaptic transmission / neuronal action potential / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite cytoplasm / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / SNARE binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / terminal bouton / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / scaffold protein binding / neuron apoptotic process / chemical synaptic transmission / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Bogdanovic N / Tajima N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM147266-01 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for kainate receptor activation by a partial agonist
著者: Bogdanovic N / Tajima N
履歴
登録2023年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29929.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29929.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Domoate-bound GluK2 kainate receptors in non-active conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 420 pix.
= 445.2 Å		1.06 Å/pix.
x 420 pix.
= 445.2 Å		1.06 Å/pix.
x 420 pix.
= 445.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0138
最小 - 最大-0.010505458 - 0.04519585
平均 (標準偏差)0.00005800351 (±0.0014254275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 445.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29929_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_29929_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_29929_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homotetrameric GluK2 bound with DOQ state 4

全体名称: Homotetrameric GluK2 bound with DOQ state 4
要素
  • 複合体: Homotetrameric GluK2 bound with DOQ state 4
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIENYL]-3-PYRROLIDINEACETIC ACID
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose

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超分子 #1: Homotetrameric GluK2 bound with DOQ state 4

超分子名称: Homotetrameric GluK2 bound with DOQ state 4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Tetramer isolated and dyalised extensively. The DOQ was applied prior to grid freezing.
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 98.883469 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HVLRFGGIFE YVESGPMGAE ELAFRFAVNT INRNRTLLPN TTLTYDTQKI NLYDSFEASK KACDQLSLGV AAIFGPSHSS SANAVQSIC NALGVPHIQT RWKHQVSDNK DSFYVSLYPD FSSLSRAILD LVQFFKWKTV TVVYDDSTGL IRLQELIKAP S RYNLRLKI ...文字列:
HVLRFGGIFE YVESGPMGAE ELAFRFAVNT INRNRTLLPN TTLTYDTQKI NLYDSFEASK KACDQLSLGV AAIFGPSHSS SANAVQSIC NALGVPHIQT RWKHQVSDNK DSFYVSLYPD FSSLSRAILD LVQFFKWKTV TVVYDDSTGL IRLQELIKAP S RYNLRLKI RQLPADTKDA KPLLKEMKRG KEFHVIFDCS HEMAAGILKQ ALAMGMMTEY YHYIFTTLDL FALDVEPYRY SG VNMTGFR ILNTENTQVS SIIEKWSMER LQAPPKPDSG LLDGFMTTDA ALMYDAVHVV SVAVQQFPQM TVSSLQCNRH KPW RFGTRF MSLIKEAHWE GLTGRITFNK TNGLRTDFDL DVISLKEEGL EKIGTWDPAS GLNMTESQKG KPANITDSLS NRSL IVTTI LEEPYVLFKK SDKPLYGNDR FEGYCIDLLR ELSTILGFTY EIRLVEDGKY GAQDDVNGQW NGMVRELIDH KADLA VAPL AITYVREKVI DFSKPFMTLG ISILYRKPNG TNPGVFSFLN PLSPDIWMYV LLAYLGVSVV LFVIARFSPY EWYNPH PSN PDSDVVENNF TLLNSFWFGV GALMQQGSEL MPKALSTRIV GGIWWFFTLI IISSYTANLA AFLTVERMES PIDSADD LA KQTKIEYGAV EDGATMTFFK KSKISTYDKM WAFMSSRRQS VLVKSNEEGI QRVLTSDYAF LMESTTIEFV TQRNCNLT Q IGGLIDSKGY GVGTPMGSPY RDKITIAILQ LQEEGKLHMM KEKWWRGNGC PEEESKEASA LGVQNIGGIF IVLAAGLVL SVFVAVGEFL YKSKKNAQLE KRSFCSAMVE ELRMSLKCQR RLKHKPQAPV IVKTEEVINM HTFNDRRLPG KETMA

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: (2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIE...

分子名称: (2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIENYL]-3-PYRROLIDINEACETIC ACID
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: DOQ
分子量理論値: 311.33 Da
Chemical component information

ChemComp-DOQ:
(2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIENYL]-3-PYRROLIDINEACETIC ACID / ドモイン酸 / 神経毒*YM

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分子 #7: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mmol / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride / 詳細: 50 mM Tris/HCl 150 mM NaCl 1mM DDM pH 8.0
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was isolated from SEC and concentrated. Monodispersity of the final sample determined by the analytical HPLC, Superose 6 increase column

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12486 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2481151
詳細: Initially picked particles that are later classified in several rounds of 2D and 3D classifications. The number of final classes for this dataset is 4 of which this state represents "class 2" ...詳細: Initially picked particles that are later classified in several rounds of 2D and 3D classifications. The number of final classes for this dataset is 4 of which this state represents "class 2" and contains 100389 as the final number of particles.
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5kuf

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: beta / 使用した粒子像数: 100389
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 60000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: beta
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 70 / 当てはまり具合の基準: 0.85
得られたモデル

PDB-8gc5:
Domoate-bound GluK2 kainate receptors in non-active conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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