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万見
- EMDB-29915: CryoEM map of a de novo designed octahedral nanocage with program... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29915
タイトルCryoEM map of a de novo designed octahedral nanocage with programmable volume; design cage_O4_34
マップデータDeepEMhancer sharpened map
試料
  • 複合体: cage_O4_34
    • タンパク質・ペプチド: cage_O4_34
キーワードoctahedral nanocage / octahedra / nanocage / nanomaterial / computational design / de novo / DE NOVO PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.52 Å
データ登録者Kibler RD / Borst AJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Blueprinting expandable nanomaterials with standardized protein building blocks.
要旨: A wooden house frame consists of many different lumber pieces, but because of the regularity of these building blocks, the structure can be designed using straightforward geometrical principles. The ...A wooden house frame consists of many different lumber pieces, but because of the regularity of these building blocks, the structure can be designed using straightforward geometrical principles. The design of multicomponent protein assemblies in comparison has been much more complex, largely due to the irregular shapes of protein structures . Here we describe extendable linear, curved, and angled protein building blocks, as well as inter-block interactions that conform to specified geometric standards; assemblies designed using these blocks inherit their extendability and regular interaction surfaces, enabling them to be expanded or contracted by varying the number of modules, and reinforced with secondary struts. Using X-ray crystallography and electron microscopy, we validate nanomaterial designs ranging from simple polygonal and circular oligomers that can be concentrically nested, up to large polyhedral nanocages and unbounded straight "train track" assemblies with reconfigurable sizes and geometries that can be readily blueprinted. Because of the complexity of protein structures and sequence-structure relationships, it has not been previously possible to build up large protein assemblies by deliberate placement of protein backbones onto a blank 3D canvas; the simplicity and geometric regularity of our design platform now enables construction of protein nanomaterials according to "back of an envelope" architectural blueprints.
履歴
登録2023年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年7月12日-
現状2023年7月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29915.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29915.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DeepEMhancer sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.248 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.153
最小 - 最大-0.00093979423 - 1.5882615
平均 (標準偏差)0.005034749 (±0.049945626)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 474.24002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_29915_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_29915_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_29915_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cage_O4_34

全体名称: cage_O4_34
要素
  • 複合体: cage_O4_34
    • タンパク質・ペプチド: cage_O4_34

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超分子 #1: cage_O4_34

超分子名称: cage_O4_34 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The smallest size of a de novo designed octahedral nanocage with programmable volume
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: cage_O4_34

分子名称: cage_O4_34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEEKREIAEF AREMMEEISE RVERYVEDPV LATAVRGRAI VESAAVFAKT IGGDIEKLDE AREEVERAAE EALRRREEGA DVSELVAELI RETSRQIAEI AEATIKATDD PEVLEEISEF AEERSRRLSE YAERHVTNPI LAATVVALAE VLSAVVRARS YGAPEEVGEK ...文字列:
MEEKREIAEF AREMMEEISE RVERYVEDPV LATAVRGRAI VESAAVFAKT IGGDIEKLDE AREEVERAAE EALRRREEGA DVSELVAELI RETSRQIAEI AEATIKATDD PEVLEEISEF AEERSRRLSE YAERHVTNPI LAATVVALAE VLSAVVRARS YGAPEEVGEK AVKEVREASE EALERYKEGA DESELIAEIM EATAEAVGKI AEAAIEATDD PEKRRRIARW AREQMRRLSR RAEELVEDPV LAMTVFARAQ ILAAAVFGKA VGMPEIVSEH ARRMVRLAGE AALALKKEGA DVSRLVAMVG RVTSIAVGMI AKATVSDSPV EITKELIRAF KEITEELIKA GVDGKHLNEA VRLGSEAVNE LVEEAVKEGT PVEEVTESAI KGLEAVTEMA IEAMKAGGDP LEMARIVAEL AEKAIDVVAK MGAPGTYMLA MIMAASVAHR RIVEAAIKAG APGEVLEEAV RLAGRVQVRG VEKAAELGTP KTLVEAAGEL GLATVRRMAE LAIEAGGDRE RMEEIIREVE EAMERVIERI EGGSGGSWGH HHHHHG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 25mM Tris, 300mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TUNDRA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 42.6 e/Å2
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 17.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59904
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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