[日本語] English
万見
- EMDB-29903: Structure of LARP7 protein p65-telomerase RNA complex in telomerase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29903
タイトルStructure of LARP7 protein p65-telomerase RNA complex in telomerase
マップデータ
試料
  • 複合体: tetrahymena telomerase holoenzyme
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase reverse transcriptase
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme Teb1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme Teb2 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme Teb3 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase associated protein p50
    • DNA: telomere DNA
    • RNA: Telomerase RNA
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase La-related protein p65
  • リガンド: ZINC ION
キーワードLa protein / La-related protein / telomerase / ribonucleoprotein / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


telomerase catalytic core complex assembly / telomerase RNA stabilization / telomerase catalytic core complex / DNA replication factor A complex / single-stranded telomeric DNA binding / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase ...telomerase catalytic core complex assembly / telomerase RNA stabilization / telomerase catalytic core complex / DNA replication factor A complex / single-stranded telomeric DNA binding / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / telomeric DNA binding / telomere maintenance via telomerase / RNA-directed DNA polymerase / telomerase activity / DNA recombination / chromosome, telomeric region / DNA replication / DNA repair / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Telomerase reverse transcriptase, TEN domain / Telomerase reverse transcriptase, CTE domain / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function ...: / Telomerase reverse transcriptase, TEN domain / Telomerase reverse transcriptase, CTE domain / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / : / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication protein A 32 kDa subunit / Replication protein A 14 kDa subunit / Telomeric repeat-binding subunit 1 / Telomerase-associated protein of 50 kDa / Telomerase reverse transcriptase / La-related protein 7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wang Y / He Y / Yang Y / Singh M / Eichhorn CD / Zhou ZH / Feigon J
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131901 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB2016540 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of LARP7 Protein p65-telomerase RNA Complex in Telomerase Revealed by Cryo-EM and NMR.
著者: Yaqiang Wang / Yao He / Yanjiao Wang / Yuan Yang / Mahavir Singh / Catherine D Eichhorn / Xinyi Cheng / Yi Xiao Jiang / Z Hong Zhou / Juli Feigon /
要旨: La-related protein 7 (LARP7) are a family of RNA chaperones that protect the 3'-end of RNA and are components of specific ribonucleoprotein complexes (RNP). In Tetrahymena thermophila telomerase, ...La-related protein 7 (LARP7) are a family of RNA chaperones that protect the 3'-end of RNA and are components of specific ribonucleoprotein complexes (RNP). In Tetrahymena thermophila telomerase, LARP7 protein p65 together with telomerase reverse transcriptase (TERT) and telomerase RNA (TER) form the core RNP. p65 has four known domains-N-terminal domain (NTD), La motif (LaM), RNA recognition motif 1 (RRM1), and C-terminal xRRM2. To date, only the xRRM2 and LaM and their interactions with TER have been structurally characterized. Conformational dynamics leading to low resolution in cryo-EM density maps have limited our understanding of how full-length p65 specifically recognizes and remodels TER for telomerase assembly. Here, we combined focused classification of Tetrahymena telomerase cryo-EM maps with NMR spectroscopy to determine the structure of p65-TER. Three previously unknown helices are identified, one in the otherwise intrinsically disordered NTD that binds the La module, one that extends RRM1, and another preceding xRRM2, that stabilize p65-TER interactions. The extended La module (αN, LaM and RRM1) interacts with the four 3' terminal U nucleotides, while LaM and αN additionally interact with TER pseudoknot, and LaM with stem 1 and 5' end. Our results reveal the extensive p65-TER interactions that promote TER 3'-end protection, TER folding, and core RNP assembly and stabilization. The structure of full-length p65 with TER also sheds light on the biological roles of genuine La and LARP7 proteins as RNA chaperones and core RNP components.
履歴
登録2023年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_29903.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 256 pix.
= 348.16 Å		1.36 Å/pix.
x 256 pix.
= 348.16 Å		1.36 Å/pix.
x 256 pix.
= 348.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.022916643 - 0.073858164
平均 (標準偏差)0.0003023681 (±0.002483133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 348.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_29903_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_29903_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : tetrahymena telomerase holoenzyme

全体名称: tetrahymena telomerase holoenzyme
要素
  • 複合体: tetrahymena telomerase holoenzyme
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase reverse transcriptase
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme Teb1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme Teb2 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase holoenzyme Teb3 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase associated protein p50
    • DNA: telomere DNA
    • RNA: Telomerase RNA
    • タンパク質・ペプチド: Telomerase La-related protein p65
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: tetrahymena telomerase holoenzyme

超分子名称: tetrahymena telomerase holoenzyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

+
分子 #1: Telomerase reverse transcriptase

分子名称: Telomerase reverse transcriptase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 133.486938 KDa
配列文字列: MQKINNINNN KQMLTRKEDL LTVLKQISAL KYVSNLYEFL LATEKIVQTS ELDTQFQEFL TTTIIASEQN LVENYKQKYN QPNFSQLTI KQVIDDSIIL LGNKQNYVQQ IGTTTIGFYV EYENINLSRQ TLYSSNFRNL LNIFGEEDFK YFLIDFLVFT K VEQNGYLQ ...文字列:
MQKINNINNN KQMLTRKEDL LTVLKQISAL KYVSNLYEFL LATEKIVQTS ELDTQFQEFL TTTIIASEQN LVENYKQKYN QPNFSQLTI KQVIDDSIIL LGNKQNYVQQ IGTTTIGFYV EYENINLSRQ TLYSSNFRNL LNIFGEEDFK YFLIDFLVFT K VEQNGYLQ VAGVCLNQYF SVQVKQKKWY KNNFNMNGKA TSNNNQNNAN LSNEKKQENQ YIYPEIQRSQ IFYCNHMGRE PG VFKSSFF NYSEIKKGFQ FKVIQEKLQG RQFINSDKIK PDHPQTIIKK TLLKEYQSKN FSCQEERDLF LEFTEKIVQN FHN INFNYL LKKFCKLPEN YQSLKSQVKQ IVQSENKANQ QSCENLFNSL YDTEISYKQI TNFLRQIIQN CVPNQLLGKK NFKV FLEKL YEFVQMKRFE NQKVLDYICF MDVFDVEWFV DLKNQKFTQK RKYISDKRKI LGDLIVFIIN KIVIPVLRYN FYITE KHKE GSQIFYYRKP IWKLVSKLTI VKLEEENLEK VEEKLIPEDS FQKYPQGKLR IIPKKGSFRP IMTFLRKDKQ KNIKLN LNQ ILMDSQLVFR NLKDMLGQKI GYSVFDNKQI SEKFAQFIEK WKNKGRPQLY YVTLDIKKCY DSIDQMKLLN FFNQSDL IQ DTYFINKYLL FQRNKRPLLQ IQQTNNLNSA MEIEEEKINK KPFKMDNINF PYYFNLKERQ IAYSLYDDDD QILQKGFK E IQSDDRPFIV INQDKPRCIT KDIIHNHLKH ISQYNVISFN KVKFRQKRGI PQGLNISGVL CSFYFGKLEE EYTQFLKNA EQVNGSINLL MRLTDDYLFI SDSQQNALNL IVQLQNCANN NGFMFNDQKI TTNFQFPQED YNLEHFKISV QNECQWIGKS IDMNTLEIK SIQKQTQQEI NQTINVAISI KNLKSQLKNK LRSLFLNQLI DYFNPNINSF EGLCRQLYHH SKATVMKFYP F MTKLFQID LKKSKQYSVQ YGKENTNENF LKDILYYTVE DVCKILCYLQ FEDEINSNIK EIFKNLYSWI MWDIIVSYLK KK KQFKGYL NKLLQKIRKS RFFYLKEGCK SLQLILSQQK YQLNKKELEA IEFIDLNNLI QDIKTLIPKI SAKSNQQNTN

UniProtKB: Telomerase reverse transcriptase

+
分子 #2: Telomerase holoenzyme Teb1 subunit

分子名称: Telomerase holoenzyme Teb1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 82.040289 KDa
配列文字列: MKLTKGGSYI LKKVDRKQFY QDEEIVMQIK KILGQKTTDC KQYIKCECID GLGDEALIYF EMLANQNQHL QKNDVIMIQD YLNDKTQND KIVVLVTRFQ FCKASHVQPK TAQKESIQLL NTEKTIIQKS KITKNPAEEV LKFIEVNEKD NSSNSEDMII E QQKQEIKN ...文字列:
MKLTKGGSYI LKKVDRKQFY QDEEIVMQIK KILGQKTTDC KQYIKCECID GLGDEALIYF EMLANQNQHL QKNDVIMIQD YLNDKTQND KIVVLVTRFQ FCKASHVQPK TAQKESIQLL NTEKTIIQKS KITKNPAEEV LKFIEVNEKD NSSNSEDMII E QQKQEIKN NQKEKQSING FNLEDSYSNI SDITNFGGKS NFNIGSLSDQ LSKQTLLISQ LQVGKNRFSF KFEGRVVYKS ST FQNQQDS KYFFITAQDA NNQEINLSFW QKVDQSYQTL KVGQYYYFIG GEVKQFKNNL ELKFKFGDYQ IIPKETLSAN YVQ PLALQP SKQFGNDSIG DSDYSIHNLI EKEESIAQKG YNGQKNNKYR QNNNNSKHTL LISEVLKTSK QYLSVLAQVV DIQS SDKNI RLKICDNSCN QELKVVIFPD LCYEWRDKFS INKWYYFNEF VRQIYNDEVQ LKNNIHSSIK ESDDQRKVIT YNQEQ GVFK KSISINSNDS FEIKPKISYK NNSNQEQRIY SSIEEIIQQA QASEIGQKKE FYVYGNLVSI QMKNKLYYYR CTCQGK SVL KYHGDSFFCE SCQQFINPQV HLMLRAFVQD STGTIPVMIF DQQSSQLINQ IDPSIHVQEA GQYVKNCIEN GQEEIIR QL FSKLDFARFI FEIQFENKEF NNEQEIAYKV LKIEKENIKE ESKYLLKKLE HLINNNQNN

UniProtKB: Telomeric repeat-binding subunit 1

+
分子 #3: Telomerase holoenzyme Teb2 subunit

分子名称: Telomerase holoenzyme Teb2 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 30.993035 KDa
配列文字列: MSNRVQGGFD NNSGNNQSAQ KQQAEKIPQI TVPLNCFMIN QIVKAAKENP QAHSGNHYEW YGAFENAIIT AKFEFLQSIN DSPKIMGKL SDSTGCIEVV IQKSKMSDEL PEFVQAYEIE LQNNGNRHKY VRAMLKMRKN AQIQLLYFSI VNDANEISRH G LDLCLRYL ...文字列:
MSNRVQGGFD NNSGNNQSAQ KQQAEKIPQI TVPLNCFMIN QIVKAAKENP QAHSGNHYEW YGAFENAIIT AKFEFLQSIN DSPKIMGKL SDSTGCIEVV IQKSKMSDEL PEFVQAYEIE LQNNGNRHKY VRAMLKMRKN AQIQLLYFSI VNDANEISRH G LDLCLRYL QRKHGIEDFM HMTNDKAHNN HNASAQKVHY QIDRNQQPKE QVLELMRQIL KHNPNDQIPK SKIIEFFQSQ LN QVQINQI LQQLVSANEI FSVGSDNYLL NV

UniProtKB: Replication protein A 32 kDa subunit

+
分子 #4: Telomerase holoenzyme Teb3 subunit

分子名称: Telomerase holoenzyme Teb3 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 14.007626 KDa
配列文字列:
MDAEQEQVMY PRILFEQMAQ FRGKKVTVVG NVCNEDQNDS LVIEFGPTGL NQHVVIDNYR RVDLNNTTKF VEIRGVVLNQ NIVSCEELT EFEQKDPFDF DTYSKLIHLS QSDKLSSLFT DQ

UniProtKB: Replication protein A 14 kDa subunit

+
分子 #5: Telomerase associated protein p50

分子名称: Telomerase associated protein p50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 50.049688 KDa
配列文字列: MKLLLQNQNI FQKLKNTLNG CIKKFYDTYQ DLEQMQKFEM IVEDKLLFRY SCSQSEMFSA QIQAHYLEKR VLQLTDGNVK YIVNFRDKG VLDKANFFDT PNNSLVIIRQ WSYEIYYTKN TFQINLVIDE MRCIDIITTI FYCKLELDFT QGIKGISKSS S FSNQIYEY ...文字列:
MKLLLQNQNI FQKLKNTLNG CIKKFYDTYQ DLEQMQKFEM IVEDKLLFRY SCSQSEMFSA QIQAHYLEKR VLQLTDGNVK YIVNFRDKG VLDKANFFDT PNNSLVIIRQ WSYEIYYTKN TFQINLVIDE MRCIDIITTI FYCKLELDFT QGIKGISKSS S FSNQIYEY SAQYYKAIQL LKKLLINDSY ISELYNSTKS KQQPRLFIFQ SFKPKMNLAE QNLSRQFEQC QQDDFGDGCL LQ IVNYTHQ SLKQIENKNN SNQIVNGQNE ISKKKRVLKS NEDLYKISLQ KQLKIFQEEE IELHSQSTIR NQTNQQLETF ESD TSKRNS EKILHSINEL NTSKQKVNQM NSSQHQIQKL ENNNLNKNIL NQINENDIKN ELEERQQQHL TQSFNSKAQL KKII TLKKN QDILLFKPQE QEGSKKY

UniProtKB: Telomerase-associated protein of 50 kDa

+
分子 #8: Telomerase La-related protein p65

分子名称: Telomerase La-related protein p65 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 64.207363 KDa
配列文字列: MDEYLENTNL EELEQECFME DYQHEDVVEQ ENHQVDANDI YENQQMNDES QLNQDVKISQ QKEQAVEMIE EQQQNNQDKF KQFQDCMAH ITELNFKRNY QNLTEQSSSN NVVAEELDIK ESLKLQMEYY FCDTNLTHDS YLRGIISKSP KNCVDIKVFL K FNKIQQIL ...文字列:
MDEYLENTNL EELEQECFME DYQHEDVVEQ ENHQVDANDI YENQQMNDES QLNQDVKISQ QKEQAVEMIE EQQQNNQDKF KQFQDCMAH ITELNFKRNY QNLTEQSSSN NVVAEELDIK ESLKLQMEYY FCDTNLTHDS YLRGIISKSP KNCVDIKVFL K FNKIQQIL KQIQDKQIVS TYGIENQSQK KNHKNYKNQN ATFSKKDLIH LIRDSLKESK ILKVKMDSLK VKRRFPFNLE QA LKNSKQR TLYIDFLPPK CSKQTLVSIF GNFRIININL PLQKNSQLCQ GFAFIEFFSE EEANQALITK NSSIPKELIL LTE KKIGQG SIRIITYKKW QEEKQSFKEL SKNQNEQKNK NMNQSRKASD EFVSIDVEIK QNCLIKIINI PQGTLKAEVV LAVR HLGYE FYCDYIDENS NQINSNKISL STQQQNTAQC SNIQIENNLI QQDQHPQLND LLKEGQAMIR FQNSDEQRLA IQKLL NHNN NKLQIEIRGQ ICDVISTIPE DEEKNYWNYI KFKKNEFRKF FFMKKQQKKQ NITQNYNK

UniProtKB: La-related protein 7 homolog

+
分子 #6: telomere DNA

分子名称: telomere DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.581087 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG) (DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT) (DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG) (DG)

+
分子 #7: Telomerase RNA

分子名称: Telomerase RNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 50.746984 KDa
配列文字列:
AUACCCGCUU AAUUCAUUCA GAUCUGUAAU AGAACUGUCA UUCAACCCCA AAAAUCUAGU GCUGAUAUAA CCUUCACCAA UUAGGUUCA AAUAAGUGGU AAUGCGGGAC AAAAGACUAU CGACAUUUGA UACACUAUUU AUCAAUGGAU GUCUUAUUUU

GENBANK: GENBANK: AF399707.1

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

23437

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 162358
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る