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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29886 | ||||||||||||
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タイトル | Partial DNA termination subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase | ||||||||||||
マップデータ | Partial DNA termination subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Mullins EA / Chazin WJ / Eichman BF | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: A mechanistic model of primer synthesis from catalytic structures of DNA polymerase α-primase. 著者: Elwood A Mullins / Lauren E Salay / Clarissa L Durie / Noah P Bradley / Jane E Jackman / Melanie D Ohi / Walter J Chazin / Brandt F Eichman 要旨: The mechanism by which polymerase α-primase (polα-primase) synthesizes chimeric RNA-DNA primers of defined length and composition, necessary for replication fidelity and genome stability, is ...The mechanism by which polymerase α-primase (polα-primase) synthesizes chimeric RNA-DNA primers of defined length and composition, necessary for replication fidelity and genome stability, is unknown. Here, we report cryo-EM structures of polα-primase in complex with primed templates representing various stages of DNA synthesis. Our data show how interaction of the primase regulatory subunit with the primer 5'-end facilitates handoff of the primer to polα and increases polα processivity, thereby regulating both RNA and DNA composition. The structures detail how flexibility within the heterotetramer enables synthesis across two active sites and provide evidence that termination of DNA synthesis is facilitated by reduction of polα and primase affinities for the varied conformations along the chimeric primer/template duplex. Together, these findings elucidate a critical catalytic step in replication initiation and provide a comprehensive model for primer synthesis by polα-primase. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29886.map.gz | 121.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29886-v30.xml emd-29886.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29886_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29886.png | 19 KB | ||
その他 | emd_29886_half_map_1.map.gz emd_29886_half_map_2.map.gz | 226.4 MB 226.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29886 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29886 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29886_validation.pdf.gz | 957.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29886_full_validation.pdf.gz | 956.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29886_validation.xml.gz | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29886_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29886 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29886 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29886.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Partial DNA termination subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Partial DNA termination subcomplex of Xenopus laevis DNA...
ファイル | emd_29886_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Partial DNA termination subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase (half 2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Partial DNA termination subcomplex of Xenopus laevis DNA...
ファイル | emd_29886_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Partial DNA termination subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase (half 1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Polymerase alpha-primase with a DNA termination substrate
全体 | 名称: Polymerase alpha-primase with a DNA termination substrate |
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要素 |
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-超分子 #1: Polymerase alpha-primase with a DNA termination substrate
超分子 | 名称: Polymerase alpha-primase with a DNA termination substrate タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Heterotetrameric protein complex with an RNA-DNA/DNA duplex |
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分子量 | 理論値: 330 KDa |
-超分子 #2: Polymerase alpha
超分子 | 名称: Polymerase alpha / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Heterodimer consisting of POLA1 and POLA2 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-超分子 #3: Primase
超分子 | 名称: Primase / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 詳細: Heterodimer consisting of PRIM1 and PRIM2 |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 110 KDa |
-超分子 #4: DNA termination substrate
超分子 | 名称: DNA termination substrate / タイプ: complex / ID: 4 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 / 詳細: RNA-DNA/DNA duplex |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 30 KDa |
-分子 #1: POLA1
分子 | 名称: POLA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: SNAADGSQVF RFYWLDAYED QYSQPGVVYL FGKVWIESAD AYVSCCVSVK NIERTVYLLP RENRVQLSTG KDTGAPVSMM HVYQEFNEAV AEKYKIMKFK SKKVDKDYAF EIPDVPASSE YLEVRYSADS PQLPQDLKGE TFSHVFGTNT SSLELFLLSR KIKGPSWLEI ...文字列: SNAADGSQVF RFYWLDAYED QYSQPGVVYL FGKVWIESAD AYVSCCVSVK NIERTVYLLP RENRVQLSTG KDTGAPVSMM HVYQEFNEAV AEKYKIMKFK SKKVDKDYAF EIPDVPASSE YLEVRYSADS PQLPQDLKGE TFSHVFGTNT SSLELFLLSR KIKGPSWLEI KSPQLSSQPM SWCKVEAVVT RPDQVSVVKD LAPPPVVVLS LSMKTVQNAK THQNEIVAIA ALVHHTFPLD KAPPQPPFQT HFCVLSKLND CIFPYDYNEA VKQKNANIEI ALTERTLLGF FLAKIHKIDP DVIVGHDIYG FDLEVLLQRI NSCKVPFWSK IGRLRRSVMP KLGGRSGFAE RNAACGRIIC DIEISAKELI RCKSYHLSEL VHQILKAERV VIPPENIRNA YNDSVHLLYM LENTWIDAKF ILQIMCELNV LPLALQITNI AGNVMSRTLM GGRSERNEYL LLHAFTENNF IVPDKPVFKK MQQTTVEDND DMGTDQNKNK SRKKAAYAGG LVLEPKVGFY DKFILLLDFN SLYPSIIQEY NICFTTVHRE APSTQKGEDQ DEIPELPHSD LEMGILPREI RKLVERRRHV KQLMKQPDLN PDLYLQYDIR QKALKLTANS MYGCLGFSYS RFYAKPLAAL VTHQGREILL HTKEMVQKMN LEVIYGDTDS IMINTNCNNL EEVFKLGNRV KSEINKSYKL LEIDIDGIFK SLLLLKKKKY AALTVEPTGD GKYVTKQELK GLDIVRRDWC ELAKQAGNYV ISQILSDQPR DSIVENIQKK LTEIGENVTN GTVPITQYEI NKALTKDPQD YPDKKSLPHV HVALWINSQG GRKVKAGDTI SYVICQDGSN LSASQRAYAQ EQLQKQENLS IDTQYYLSQQ VHPVVARICE PIDGIDSALI AMWLGLDPSQ FRAHRHYQQD EENDALLGGP SQLTDEEKYR DCERFKFFCP KCGTENIYDN VFDGSGLQIE PGLKRCSKPE CDASPLDYVI QVHNKLLLDI RRYIKKYYSG WLVCEEKTCQ NRTRRLPLSF SRNGPICQAC SKATLRSEYP EKALYTQLCF YRFIFDWDYA LEKVVSEQER GHLKKKLFQE SENQYKKLKS TVDQVLSRSG YSEVNLSKLF QTLNTIK |
-分子 #2: DNA template
分子 | 名称: DNA template / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA) (DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA) (DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT) ...文字列: (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA) (DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA) (DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG) |
-分子 #3: RNA-DNA primer
分子 | 名称: RNA-DNA primer / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
配列 | 文字列: (GTP)GAUACUGC(DG) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC) (DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DOC) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22893 / 平均電子線量: 55.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |