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- EMDB-29860: Structure of inhibitor 16d-bound SPNS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29860
タイトルStructure of inhibitor 16d-bound SPNS2
マップデータStructure of inhibitor 16d-bound SPNS2
試料
  • 複合体: SPNS2 in complex with inhibitor 16d
    • タンパク質・ペプチド: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
  • リガンド: 3-[3-(4-decylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]propan-1-amine
キーワードSPNS2 / Sphingosine-1-phosphate / major facilitator superfamily / transporter / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis ...regulation of eye pigmentation / regulation of humoral immune response / regulation of T cell migration / sphingolipid transporter activity / lymphocyte migration / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / lipid transport / T cell homeostasis / B cell homeostasis / transmembrane transporter activity / lymph node development / sensory perception of sound / bone development / endosome membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein spinster-like / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chen H / Li X
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM135343 米国
Welch FoundationI-1957 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01 HL160487-01 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRR-53S-19 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Structural and functional insights into Spns2-mediated transport of sphingosine-1-phosphate.
著者: Hongwen Chen / Shahbaz Ahmed / Hongtu Zhao / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Yaxin Dai / Jae Hun Kim / Jeffrey G McDonald / Xiaochun Li / Chia-Hsueh Lee /
要旨: Sphingosine-1-phosphate (S1P) is an important signaling sphingolipid that regulates the immune system, angiogenesis, auditory function, and epithelial and endothelial barrier integrity. Spinster ...Sphingosine-1-phosphate (S1P) is an important signaling sphingolipid that regulates the immune system, angiogenesis, auditory function, and epithelial and endothelial barrier integrity. Spinster homolog 2 (Spns2) is an S1P transporter that exports S1P to initiate lipid signaling cascades. Modulating Spns2 activity can be beneficial in treatments of cancer, inflammation, and immune diseases. However, the transport mechanism of Spns2 and its inhibition remain unclear. Here, we present six cryo-EM structures of human Spns2 in lipid nanodiscs, including two functionally relevant intermediate conformations that link the inward- and outward-facing states, to reveal the structural basis of the S1P transport cycle. Functional analyses suggest that Spns2 exports S1P via facilitated diffusion, a mechanism distinct from other MFS lipid transporters. Finally, we show that the Spns2 inhibitor 16d attenuates the transport activity by locking Spns2 in the inward-facing state. Our work sheds light on Spns2-mediated S1P transport and aids the development of advanced Spns2 inhibitors.
履歴
登録2023年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29860.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of inhibitor 16d-bound SPNS2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.408
最小 - 最大-2.2248669 - 3.3229718
平均 (標準偏差)0.0015938266 (±0.04975885)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_29860_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_29860_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SPNS2 in complex with inhibitor 16d

全体名称: SPNS2 in complex with inhibitor 16d
要素
  • 複合体: SPNS2 in complex with inhibitor 16d
    • タンパク質・ペプチド: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2
  • リガンド: 3-[3-(4-decylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]propan-1-amine

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超分子 #1: SPNS2 in complex with inhibitor 16d

超分子名称: SPNS2 in complex with inhibitor 16d / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2

分子名称: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.770148 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EKRKAEEEKR KAAAAILSLG NVLNYLDRYT VAGVLLDIQQ HFGVKDRGAG LLQSVFICSF MVAAPIFGYL GDRFNRKVIL SCGIFFWSA VTFSSSFIPQ QYFWLLVLSR GLVGIGEASY STIAPTIIGD LFTKNTRTLM LSVFYFAIPL GSGLGYITGS S VKQAAGDW ...文字列:
EKRKAEEEKR KAAAAILSLG NVLNYLDRYT VAGVLLDIQQ HFGVKDRGAG LLQSVFICSF MVAAPIFGYL GDRFNRKVIL SCGIFFWSA VTFSSSFIPQ QYFWLLVLSR GLVGIGEASY STIAPTIIGD LFTKNTRTLM LSVFYFAIPL GSGLGYITGS S VKQAAGDW HWALRVSPVL GMITGTLILI LVPATKRGHA DQLGDQLKAR TSWLRDMKAL IRNRSYVFSS LATSAVSFAT GA LGMWIPL YLHRAQVVQK TAETCNSPPC GAKDSLIFGA ITCFTGFLGV VTGAGATRWC RLKTQRADPL VCAVGMLGSA IFI CLIFVA AKSSIVGAYI CIFVGETLLF SNWAITADIL MYVVIPTRRA TAVALQSFTS HLLGDAGSPY LIGFISDLIR QSTK DSPLW EFLSLGYALM LCPFVVVLGG MFFLATALFF VSDRARAEQQ VNQLAMPPAS VKV

UniProtKB: Sphingosine-1-phosphate transporter SPNS2

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分子 #2: 3-[3-(4-decylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]propan-1-amine

分子名称: 3-[3-(4-decylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]propan-1-amine
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: YUX
分子量理論値: 343.506 Da
Chemical component information

ChemComp-YUX:
3-[3-(4-decylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]propan-1-amine

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 214617
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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