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万見
- EMDB-29755: Cryptosporidium parvum sporozoite basal end -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29755
タイトルCryptosporidium parvum sporozoite basal end
マップデータCryptosporidium parvum sporozoite basal end
試料
  • 細胞: Cryptosporidium parvum sporozoite basal end
キーワードConoid / Parasite / basal / CELL INVASION
生物種Cryptosporidium parvum Iowa (小形クリプトスポリジウム)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Martinez M / Chang Y-W / Mageswaran SK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
David and Lucile Packard Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Origin and arrangement of actin filaments for gliding motility in apicomplexan parasites revealed by cryo-electron tomography.
著者: Matthew Martinez / Shrawan Kumar Mageswaran / Amandine Guérin / William David Chen / Cameron Parker Thompson / Sabine Chavin / Dominique Soldati-Favre / Boris Striepen / Yi-Wei Chang /
要旨: The phylum Apicomplexa comprises important eukaryotic parasites that invade host tissues and cells using a unique mechanism of gliding motility. Gliding is powered by actomyosin motors that ...The phylum Apicomplexa comprises important eukaryotic parasites that invade host tissues and cells using a unique mechanism of gliding motility. Gliding is powered by actomyosin motors that translocate host-attached surface adhesins along the parasite cell body. Actin filaments (F-actin) generated by Formin1 play a central role in this critical parasitic activity. However, their subcellular origin, path and ultrastructural arrangement are poorly understood. Here we used cryo-electron tomography to image motile Cryptosporidium parvum sporozoites and reveal the cellular architecture of F-actin at nanometer-scale resolution. We demonstrate that F-actin nucleates at the apically positioned preconoidal rings and is channeled into the pellicular space between the parasite plasma membrane and the inner membrane complex in a conoid extrusion-dependent manner. Within the pellicular space, filaments on the inner membrane complex surface appear to guide the apico-basal flux of F-actin. F-actin concordantly accumulates at the basal end of the parasite. Finally, analyzing a Formin1-depleted Toxoplasma gondii mutant pinpoints the upper preconoidal ring as the conserved nucleation hub for F-actin in Cryptosporidium and Toxoplasma. Together, we provide an ultrastructural model for the life cycle of F-actin for apicomplexan gliding motility.
履歴
登録2023年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2023年9月13日-
現状2023年9月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29755.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29755.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 842.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Cryptosporidium parvum sporozoite basal end
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.6 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)48.817787000000003 (±4.6301994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-209209-300
サイズ14401023600
Spacing10231440600
セルA: 10843.801 Å / B: 15264.001 Å / C: 6360.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryptosporidium parvum sporozoite basal end

全体名称: Cryptosporidium parvum sporozoite basal end
要素
  • 細胞: Cryptosporidium parvum sporozoite basal end

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超分子 #1: Cryptosporidium parvum sporozoite basal end

超分子名称: Cryptosporidium parvum sporozoite basal end / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Cryptosporidium parvum Iowa (小形クリプトスポリジウム)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Front blot for 4 seconds before plunging.
詳細Excysted sporozoites from isolated oocysts
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Ted Pella, Inc / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
ソフトウェア名称: SerialEM (ver. 3.8)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 61 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Raw frames were gain normalized in serialEM and motion corrected using the alignframes command in IMOD
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.5) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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