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- EMDB-29738: Influenza A H3N2 X-31 Hemagglutinin in complex with FL-1061 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29738
タイトルInfluenza A H3N2 X-31 Hemagglutinin in complex with FL-1061
マップデータHA X-31 head in complex with FL-1061, FL-1086, and S5V2-29 Fabs
試料
  • 複合体: Influenza A H3N
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: FL-1086 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: FL-1061 heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: S5V2-29 heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: FL-1086 light chain
  • タンパク質・ペプチド: FL-1061 light chain
  • タンパク質・ペプチド: S5V2-29 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードinfluenza / fusogen / antibody / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Windsor IW / Thornlow D / Schmidt AG
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI146779 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI089618 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00050 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fabs elicited by hyperglycosylated immunogen
著者: Windsor IW / Schmidt AG
履歴
登録2023年2月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29738.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29738.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HA X-31 head in complex with FL-1061, FL-1086, and S5V2-29 Fabs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198. Å		0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198. Å		0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.12677282 - 0.19378576
平均 (標準偏差)0.00016927502 (±0.0064102993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 198.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_29738_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_29738_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A H3N

全体名称: Influenza A H3N
要素
  • 複合体: Influenza A H3N
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: FL-1086 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: FL-1061 heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: S5V2-29 heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: FL-1086 light chain
  • タンパク質・ペプチド: FL-1061 light chain
  • タンパク質・ペプチド: S5V2-29 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Influenza A H3N

超分子名称: Influenza A H3N / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 41.643637 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAST NATELVQSSS TGKICNNPHR ILDGIDCTLI DALLGDPHCD VFQNETWDL FVERSKAFSN CYPYDVPDYA SLRSLVASSG TLEFITEGFT WTGVTQNGGS NACKRGPGSG FFSRLNWLTK S GSTYPVLN ...文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAST NATELVQSSS TGKICNNPHR ILDGIDCTLI DALLGDPHCD VFQNETWDL FVERSKAFSN CYPYDVPDYA SLRSLVASSG TLEFITEGFT WTGVTQNGGS NACKRGPGSG FFSRLNWLTK S GSTYPVLN VTMPNNDNFD KLYIWGIHHP STDQEQTSLY VQASGRVTVS TRRSQQTIIP NIGSRPWVRG LSSRISIYWT IV KPGDVLV INSNGNLIAP RGYFKMRTGK SSIMRSDAPI DTCISECITP NGSIPNDKPF QNVNKITYGA CPKYVKQNTL KLA TGAGGA GSGGGGAGSG GPGSGYIPEA PRDGQAYVRK DGEWVLLSTF LGGGLEVLFQ GPGGHHHHHH

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: FL-1086 heavy chain

分子名称: FL-1086 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.499045 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASEVQLQESG AELVMPGASV KLSCKASGYT FTRYWMHWVK QRPGQGLEWI GEIDPSDSYT YYNQKFKGK STLTVDKSSS TAYMQLNSLT SEDSAVYYCA RNYGSSYGYF DVWGTGTTVT VGASTKGPSV FPLAPSSKST S GGTAALGC ...文字列:
MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASEVQLQESG AELVMPGASV KLSCKASGYT FTRYWMHWVK QRPGQGLEWI GEIDPSDSYT YYNQKFKGK STLTVDKSSS TAYMQLNSLT SEDSAVYYCA RNYGSSYGYF DVWGTGTTVT VGASTKGPSV FPLAPSSKST S GGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VE PKSCDKG SSLEVLFQGP LGHHHHHH

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分子 #3: FL-1061 heavy chain

分子名称: FL-1061 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.099656 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASQVQLQQSG AELMQPGASV KLSCKATGYT FAGYWIEWVK QRPGHGLEWI GEILPGIGST NYNGKFKGK ATFTADSSSN TAYMELSSLT TEDSAIYYCA RSGAQATFAM DYWGQGTSVT VSGASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG ...文字列:
MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASQVQLQQSG AELMQPGASV KLSCKATGYT FAGYWIEWVK QRPGHGLEWI GEILPGIGST NYNGKFKGK ATFTADSSSN TAYMELSSLT TEDSAIYYCA RSGAQATFAM DYWGQGTSVT VSGASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RV EPKSCDK GSSLEVLFQG PLGHHHHHH

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分子 #4: S5V2-29 heavy chain

分子名称: S5V2-29 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.984266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSVS SNIYYWSWIR QTPGKGLEWL GYFYHSGSSN YNPSLKSRVT ISGDMSKNQF SLKLKSVTA ADTAIYYCAR GGVENLMLVA VIQEMWYFDL WGRGTLVTVS GASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSVS SNIYYWSWIR QTPGKGLEWL GYFYHSGSSN YNPSLKSRVT ISGDMSKNQF SLKLKSVTA ADTAIYYCAR GGVENLMLVA VIQEMWYFDL WGRGTLVTVS GASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPKSCDKHHH HH H

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分子 #5: FL-1086 light chain

分子名称: FL-1086 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.255592 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASDIVMTQAA FSNPVTLGTS ASISCRSSKS LLHSNGITYL YWYLQRPGQS PQLLIYQMSN LASGVPDRF SSSGSGTDFT LRISRVEAED VGVYYCAQNL ELPWTFGGGT KLEIKRTVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV V CLLNNFYP ...文字列:
MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASDIVMTQAA FSNPVTLGTS ASISCRSSKS LLHSNGITYL YWYLQRPGQS PQLLIYQMSN LASGVPDRF SSSGSGTDFT LRISRVEAED VGVYYCAQNL ELPWTFGGGT KLEIKRTVAA PSVFIFPPSD EQLKSGTASV V CLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE SVTEQDSKDS TYSLSSTLTL SKADYEKHKV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR GE C

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分子 #6: FL-1061 light chain

分子名称: FL-1061 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.773969 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASDVQMTQSP SYLAASPGET ITINCRASKS ISKFLAWYQE KPGKTNKLLI YSGSTLQSGI PSRFSGSGS GTDFTLTISS LEPEDFAMYY CQQHNEYPYT FGAGTKLELK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPREAKV ...文字列:
MKRGLCCVLL LCGAVFVSPS ASDVQMTQSP SYLAASPGET ITINCRASKS ISKFLAWYQE KPGKTNKLLI YSGSTLQSGI PSRFSGSGS GTDFTLTISS LEPEDFAMYY CQQHNEYPYT FGAGTKLELK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPREAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #7: S5V2-29 light chain

分子名称: S5V2-29 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.803189 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQTPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIG ASLNWYQQKP GEAPKFLIYA ASNLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QQGTFGQGTK LEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST ...文字列:
DIQMTQTPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIG ASLNWYQQKP GEAPKFLIYA ASNLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QQGTFGQGTK LEIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SPVTKSFNRG EC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.06 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 396166
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る