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万見
- EMDB-2963: Cryo-electron microscopy structure of the unoccupied control CCT5... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2963
タイトルCryo-electron microscopy structure of the unoccupied control CCT5 complex (no substrate).
マップデータSingle particle tomography reconstruction of control CCT5 complex, no substrate.
試料
  • 試料: Control CCT5 complex with no substrate.
  • タンパク質・ペプチド: chaperonin containing TCP1, subunit 5 (epsilon) complex
キーワードchaperonin / Huntington's disease / protein aggregation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein localization to Cajal body / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / chaperonin-containing T-complex / : / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / Folding of actin by CCT/TriC / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis ...positive regulation of protein localization to Cajal body / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / chaperonin-containing T-complex / : / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / binding of sperm to zona pellucida / Folding of actin by CCT/TriC / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / beta-tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / protein folding chaperone / mRNA 3'-UTR binding / ATP-dependent protein folding chaperone / mRNA 5'-UTR binding / response to virus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / unfolded protein binding / protein folding / G-protein beta-subunit binding / cell body / microtubule / protein stabilization / centrosome / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 1, epsilon subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily ...T-complex protein 1, epsilon subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
T-complex protein 1 subunit epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Darrow MC / Sergeeva OA / Isas JM / Galaz-Montoya J / King JA / Langen R / Schmid MF / Chiu W
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2014
タイトル: Biochemical characterization of mutants in chaperonin proteins CCT4 and CCT5 associated with hereditary sensory neuropathy.
著者: Oksana A Sergeeva / Meme T Tran / Cameron Haase-Pettingell / Jonathan A King /
要旨: Hereditary sensory neuropathies are a class of disorders marked by degeneration of the nerve fibers in the sensory periphery neurons. Recently, two mutations were identified in the subunits of the ...Hereditary sensory neuropathies are a class of disorders marked by degeneration of the nerve fibers in the sensory periphery neurons. Recently, two mutations were identified in the subunits of the eukaryotic cytosolic chaperonin TRiC, a protein machine responsible for folding actin and tubulin in the cell. C450Y CCT4 was identified in a stock of Sprague-Dawley rats, whereas H147R CCT5 was found in a human Moroccan family. As with many genetically identified mutations associated with neuropathies, the underlying molecular basis of the mutants was not defined. We investigated the biochemical properties of these mutants using an expression system in Escherichia coli that produces homo-oligomeric rings of CCT4 and CCT5. Full-length versions of both mutant protein chains were expressed in E. coli at levels approaching that of the WT chains. Sucrose gradient centrifugation revealed chaperonin-sized complexes of both WT and mutant chaperonins, but with reduced recovery of C450Y CCT4 soluble subunits. Electron microscopy of negatively stained samples of C450Y CCT4 revealed few ring-shaped species, whereas WT CCT4, H147R CCT5, and WT CCT5 revealed similar ring structures. CCT5 complexes were assayed for their ability to suppress aggregation of and refold the model substrate γd-crystallin, suppress aggregation of mutant huntingtin, and refold the physiological substrate β-actin in vitro. H147R CCT5 was not as efficient in chaperoning these substrates as WT CCT5. The subtle effects of these mutations are consistent with the homozygous disease phenotype, in which most functions are carried out during development and adulthood, but some selective function is lost or reduced.
履歴
登録2015年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月15日-
マップ公開2015年6月3日-
更新2015年7月22日-
現状2015年7月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.141
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.141
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2963.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single particle tomography reconstruction of control CCT5 complex, no substrate.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.7 Å/pix.
x 72 pix.
= 338.688 Å		4.7 Å/pix.
x 72 pix.
= 338.688 Å		4.7 Å/pix.
x 72 pix.
= 338.688 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.704 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.141 / ムービー #1: 0.141
最小 - 最大-0.19344246 - 0.31542215
平均 (標準偏差)0.00149745 (±0.05576203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 338.688 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.7044.7044.704
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z338.688338.688338.688
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-0.1930.3150.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Control CCT5 complex with no substrate.

全体名称: Control CCT5 complex with no substrate.
要素
  • 試料: Control CCT5 complex with no substrate.
  • タンパク質・ペプチド: chaperonin containing TCP1, subunit 5 (epsilon) complex

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超分子 #1000: Control CCT5 complex with no substrate.

超分子名称: Control CCT5 complex with no substrate. / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 16 CCT5 subunits make up one CCT5 complex / Number unique components: 1
分子量実験値: 1 MDa / 理論値: 960 KDa / 手法: sucrose gradient sedimentation

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分子 #1: chaperonin containing TCP1, subunit 5 (epsilon) complex

分子名称: chaperonin containing TCP1, subunit 5 (epsilon) complex
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CCT5 Complex / 集合状態: Hexadecamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量実験値: 1.0 MDa / 理論値: 960 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: RIL / 組換プラスミド: pET21b
配列UniProtKB: T-complex protein 1 subunit epsilon / GO: chaperonin-containing T-complex, protein folding / InterPro: Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, glycerol
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil copper grid R 2/1 holey carbon support, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
手法: 1x double sided blotting for 1 or 2 seconds each blot before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度平均: 95 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
日付2014年7月22日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2 / カメラ長: 1200
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダー: LN2 cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -55 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 55 °

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画像解析

詳細Subvolumes were manually selected using IMOd for coordinates and EMAN2 for boxing. Futher processing was completed in EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, EMAN2 / 使用したサブトモグラム数: 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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