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- EMDB-29607: HIV-2 Gag Capsid from Immature Virus-like Particles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29607
タイトルHIV-2 Gag Capsid from Immature Virus-like Particles
マップデータPostprocessed masked map.
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spacer peptide 2
キーワードRetrovirus / Lentivirus / Gag / Capsid / HIV-2 / lattice / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal ...: / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Talledge N / Zhang W / Mansky LM
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)124279 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)118047 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-2011401 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)124165 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)007097 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)150351 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)83196 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: HIV-2 Immature Particle Morphology Provides Insights into Gag Lattice Stability and Virus Maturation.
著者: Nathaniel Talledge / Huixin Yang / Ke Shi / Raffaele Coray / Guichuan Yu / William G Arndt / Shuyu Meng / Gloria C Baxter / Luiza M Mendonça / Daniel Castaño-Díez / Hideki Aihara / Louis M ...著者: Nathaniel Talledge / Huixin Yang / Ke Shi / Raffaele Coray / Guichuan Yu / William G Arndt / Shuyu Meng / Gloria C Baxter / Luiza M Mendonça / Daniel Castaño-Díez / Hideki Aihara / Louis M Mansky / Wei Zhang /
要旨: Retrovirus immature particle morphology consists of a membrane enclosed, pleomorphic, spherical and incomplete lattice of Gag hexamers. Previously, we demonstrated that human immunodeficiency virus ...Retrovirus immature particle morphology consists of a membrane enclosed, pleomorphic, spherical and incomplete lattice of Gag hexamers. Previously, we demonstrated that human immunodeficiency virus type 2 (HIV-2) immature particles possess a distinct and extensive Gag lattice morphology. To better understand the nature of the continuously curved hexagonal Gag lattice, we have used the single particle cryo-electron microscopy method to determine the HIV-2 Gag lattice structure for immature virions. The reconstruction map at 5.5 Å resolution revealed a stable, wineglass-shaped Gag hexamer structure with structural features consistent with other lentiviral immature Gag lattice structures. Cryo-electron tomography provided evidence for nearly complete ordered Gag lattice structures in HIV-2 immature particles. We also solved a 1.98 Å resolution crystal structure of the carboxyl-terminal domain (CTD) of the HIV-2 capsid (CA) protein that identified a structured helix 12 supported via an interaction of helix 10 in the absence of the SP1 region of Gag. Residues at the helix 10-12 interface proved critical in maintaining HIV-2 particle release and infectivity. Taken together, our findings provide the first 3D organization of HIV-2 immature Gag lattice and important insights into both HIV Gag lattice stabilization and virus maturation.
履歴
登録2023年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29607.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed masked map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 400 pix.
= 528. Å		1.32 Å/pix.
x 400 pix.
= 528. Å		1.32 Å/pix.
x 400 pix.
= 528. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011
最小 - 最大-0.031590365 - 0.03839835
平均 (標準偏差)0.000089975045 (±0.0012553501)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 528.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29607_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Postprocessed unmasked map.

ファイルemd_29607_additional_1.map
注釈Postprocessed unmasked map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map even set.

ファイルemd_29607_half_map_1.map
注釈Half map even set.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map odd set.

ファイルemd_29607_half_map_2.map
注釈Half map odd set.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD)

全体名称: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spacer peptide 2

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD)

超分子名称: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: HIV-2 VLPs generated by Gag co-overexpressed with HIV-2 Env in Hek293T cells and purified from media supernatant
NCBI-ID: 11720
生物種: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD)
ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 2100.0 Å

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分子 #1: Spacer peptide 2

分子名称: Spacer peptide 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus type 2 (ISOLATE ROD) (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 25.109822 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SPRTLNAWVK LVEEKKFGAE VVPGFQALSE GCTPYDINQM LNCVGDHQAA MQIIREIINE EAAEWDVQHP IPGPLPAGQL REPRGSDIA GTTSTVEEQI QWMFRPQNPV PVGNIYRRWI QIGLQKCVRM YNPTNILDIK QGPKEPFQSY VDRFYKSLRA E QTDPAVKN ...文字列:
SPRTLNAWVK LVEEKKFGAE VVPGFQALSE GCTPYDINQM LNCVGDHQAA MQIIREIINE EAAEWDVQHP IPGPLPAGQL REPRGSDIA GTTSTVEEQI QWMFRPQNPV PVGNIYRRWI QIGLQKCVRM YNPTNILDIK QGPKEPFQSY VDRFYKSLRA E QTDPAVKN WMTQTLLVQN ANPDCKLVLK GLGMNPTLEE MLTACQGVGG PGQKARLMAE ALKEVI

UniProtKB: Gag polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMC4H11NO3Tris-HCl
1.0 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic acid

詳細: 100 mM NaCl, 10 mM Tris-HCL pH 8.0, 1mM EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Leica ACE600 Glow Discharger.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 292.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Leica GP2 Grid Plunger..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 10 / 実像数: 2508 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4015


詳細: Low pass filtered to 60 Angstroms.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 46017
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 43864 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2wlv

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5l93

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8fzc:
HIV-2 Gag Capsid from Immature Virus-like Particles

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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