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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29598 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of genome containing AAV2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | capsid / genome / assembly / symmetry / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Bennett AD / Mckenna R | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM Structure of genome containing AAV2 著者: Bennett AD / Mckenna R | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29598.map.gz | 139.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29598-v30.xml emd-29598.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29598.png | 69.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29598.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_29598_half_map_1.map.gz emd_29598_half_map_2.map.gz | 92 MB 92.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29598 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29598 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29598_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29598_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29598_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29598_validation.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29598 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29598 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29598.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.099 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29598_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29598_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : adeno-associated virus 2
全体 | 名称: adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: adeno-associated virus 2
超分子 | 名称: adeno-associated virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 10804 / 生物種: adeno-associated virus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 3.9 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 26.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス) |
分子量 | 理論値: 82.031352 KDa |
組換発現 | 生物種: Baculoviridae (ウイルス) |
配列 | 文字列: MAADGYLPDW LEDTLSEGIR QWWKLKPGPP PPKPAERHKD DSRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNEADA AALEHDKAYD RQLDSGDNP YLKYNHADAE FQERLKEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEPVKTA PGKKRPVEHS PVEPDSSSGT G KAGQQPAR ...文字列: MAADGYLPDW LEDTLSEGIR QWWKLKPGPP PPKPAERHKD DSRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNEADA AALEHDKAYD RQLDSGDNP YLKYNHADAE FQERLKEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEPVKTA PGKKRPVEHS PVEPDSSSGT G KAGQQPAR KRLNFGQTGD ADSVPDPQPL GQPPAAPSGL GTNTMATGSG APMADNNEGA DGVGNSSGNW HCDSTWMGDR VI TTSTRTW ALPTYNNHLY KQISSQSGAS NDNHYFGYST PWGYFDFNRF HCHFSPRDWQ RLINNNWGFR PKRLNFKLFN IQV KEVTQN DGTTTIANNL TSTVQVFTDS EYQLPYVLGS AHQGCLPPFP ADVFMVPQYG YLTLNNGSQA VGRSSFYCLE YFPS QMLRT GNNFTFSYTF EDVPFHSSYA HSQSLDRLMN PLIDQYLYYL SRTNTPSGTT TQSRLQFSQA GASDIRDQSR NWLPG PCYR QQRVSKTSAD NNNSEYSWTG ATKYHLNGRD SLVNPGPAMA SHKDDEEKFF PQSGVLIFGK QGSEKTNVDI EKVMIT DEE EIRTTNPVAT EQYGSVSTNL QRGNRQAATA DVNTQGVLPG MVWQDRDVYL QGPIWAKIPH TDGHFHPSPL MGGFGLK HP PPQILIKNTP VPANPSTTFS AAKFASFITQ YSTGQVSVEI EWELQKENSK RWNPEIQYTS NYNKSVNVDF TVDTNGVY S EPRPIGTRYL TRNL UniProtKB: Capsid protein VP1 |
-分子 #2: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 60 / 式: D5M |
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分子量 | 理論値: 331.222 Da |
Chemical component information | ChemComp-D5M: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.3 / 構成要素 - 濃度: 1.0 mM / 構成要素 - 式: PBS-MK / 構成要素 - 名称: TD / 詳細: 1X PBS, 1 mM MgCl2, 2.5 mM KCl pH7.3 |
グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k) 実像数: 1674 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 3838 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8fyw: |