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- EMDB-29548: Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29548
タイトルCryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (hexameric ring)
マップデータHEX M2 with B7.2
試料
  • 複合体: Complex of 6 member ring-like M2 oligomers bound to B7.2 ectodomans
    • タンパク質・ペプチド: T-lymphocyte activation antigen CD86
  • タンパク質・ペプチド: CPXV040 protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードpoxvirus M2 protein / OPG038 / T-cell costimulation / poxviral immune evasion domain PIE / B7.2 / Structural Genomics / CSGID / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphotoxin A production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / Co-stimulation by CD28 / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of immunoglobulin production / host cell endoplasmic reticulum / Co-inhibition by CTLA4 / positive regulation of interleukin-4 production / Interleukin-10 signaling / B cell activation ...positive regulation of lymphotoxin A production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / Co-stimulation by CD28 / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of immunoglobulin production / host cell endoplasmic reticulum / Co-inhibition by CTLA4 / positive regulation of interleukin-4 production / Interleukin-10 signaling / B cell activation / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / coreceptor activity / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / centriolar satellite / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / virus receptor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD86, IgV domain / Poxvirus M2 / Poxvirus M2 protein / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...CD86, IgV domain / Poxvirus M2 / Poxvirus M2 protein / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-lymphocyte activation antigen CD86 / Early protein OPG038
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Cowpox virus (Brighton Red) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Elliott JI / Adams LJ / Nelson CA / Fremont DH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure basis of poxvirus mediated sabotage of T-cell costimulation
著者: Elliott JI / Adams LJ / Jethva PN / Gross ML / Nelson CA / Fremont DH
履歴
登録2023年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29548.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29548.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HEX M2 with B7.2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-0.017325995 - 1.8501046
平均 (標準偏差)0.0013657963 (±0.024592368)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 308.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_29548_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_29548_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of 6 member ring-like M2 oligomers bound to B7.2 ectodomans

全体名称: Complex of 6 member ring-like M2 oligomers bound to B7.2 ectodomans
要素
  • 複合体: Complex of 6 member ring-like M2 oligomers bound to B7.2 ectodomans
    • タンパク質・ペプチド: T-lymphocyte activation antigen CD86
  • タンパク質・ペプチド: CPXV040 protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of 6 member ring-like M2 oligomers bound to B7.2 ectodomans

超分子名称: Complex of 6 member ring-like M2 oligomers bound to B7.2 ectodomans
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: CPXV040 protein

分子名称: CPXV040 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cowpox virus (Brighton Red) (ウイルス)
分子量理論値: 23.396398 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KPEAEYKNTI CPPRQDYRYW YFAAELTIGV NYDINSTIMG ECHMSESYID RNANIVLTGY GLEINMTIMD TDQRFVAAAE GVGKDNKLS VLLFTTQRLD KVHHNISVTI TCMEMNCGTT KYDSDLPESI HHKSSCDITI NGSCVTCVNL ETDPTKINPH Y LHPKDKYL ...文字列:
KPEAEYKNTI CPPRQDYRYW YFAAELTIGV NYDINSTIMG ECHMSESYID RNANIVLTGY GLEINMTIMD TDQRFVAAAE GVGKDNKLS VLLFTTQRLD KVHHNISVTI TCMEMNCGTT KYDSDLPESI HHKSSCDITI NGSCVTCVNL ETDPTKINPH Y LHPKDKYL YRNSEYGMRG SYGVTFMDEL NQCFLDIKEV SYDICY

UniProtKB: Early protein OPG038

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分子 #2: T-lymphocyte activation antigen CD86

分子名称: T-lymphocyte activation antigen CD86 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.082463 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLKIQAYFNE TADLPCQFAN SQNQSLSELV VFWQDQENLV LNEVYLGKEK FDSVHSKYMG RTSFDSDSWT LRLHNLQIKD KGLYQCIIH HKKPTGMIRI HQMNSELSVL ANFSQPEIVP ISNITENVYI NLTCSSIHGY PEPKKMSVLL RTKNSTIEYD G IMQKSQDN ...文字列:
MLKIQAYFNE TADLPCQFAN SQNQSLSELV VFWQDQENLV LNEVYLGKEK FDSVHSKYMG RTSFDSDSWT LRLHNLQIKD KGLYQCIIH HKKPTGMIRI HQMNSELSVL ANFSQPEIVP ISNITENVYI NLTCSSIHGY PEPKKMSVLL RTKNSTIEYD G IMQKSQDN VTELYDVSIS LSVSFPDVTS NMTIFCILET DKTRLLSSPF SIELEDPQPP P

UniProtKB: T-lymphocyte activation antigen CD86

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
8.7 g/LNaClsodium chloride
6.0 g/LHEPESHEPES

詳細: 150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5yxk

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75929
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8fxy:
Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (hexameric ring)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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