EMDB-29522: Asp-bound GltPh RSMR mutant in IFS-A4 state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-29522

タイトル

Asp-bound GltPh RSMR mutant in IFS-A4 state

マップデータ

Asp-bound GltPh RSMR mutant in IFS-A4 state

試料

複合体: GltPh

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Huang Y / Boudker O

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Environmentally Ultrasensitive Fluorine Probe to Resolve Protein Conformational Ensembles by 19F NMR and Cryo-EM
著者: Huang Y / Reddy KD / Bracken C / Qiu B / Zhan W / Eliezer D / Boudker O

履歴

登録	2023年1月23日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年5月3日	-
マップ公開	2023年5月3日	-
更新	2023年5月10日	-
現状	2023年5月10日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_29522.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_29522.map.gz	83.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-29522-v30.xml emd-29522.xml	12.4 KB 12.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_29522_fsc.xml	11.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_29522.png	105 KB
その他	emd_29522_half_map_1.map.gz emd_29522_half_map_2.map.gz	154.6 MB 154.6 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29522 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29522	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_29522_validation.pdf.gz	992.5 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_29522_full_validation.pdf.gz	992.1 KB	表示
XML形式データ	emd_29522_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_29522_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29522 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29522	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	26482C 26487C 26489C 26504C 26505C 29514C 7ug0C 7ugdC 7ugjC 7uh3C 7uh6C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_29522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Asp-bound GltPh RSMR mutant in IFS-A4 state

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.85 Å/pix. x 352 pix. = 299.904 Å	0.85 Å/pix. x 352 pix. = 299.904 Å	0.85 Å/pix. x 352 pix. = 299.904 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.852 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.401
最小 - 最大	-0.75270075 - 1.7874018
平均 (標準偏差)	0.002519177 (±0.037049178)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half Map 1

ファイル

emd_29522_half_map_1.map

注釈

Half Map 1

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map 2

ファイル

emd_29522_half_map_2.map

注釈

Half Map 2

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : GltPh

全体	名称: GltPh
要素	複合体: GltPh

-
超分子 #1: GltPh

超分子	名称: GltPh / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Pyrococcus horikoshii (古細菌)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	4.5 mg/mL
緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 303 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.94 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 3kbc
最終再構成	アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 327913
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化	プロトコル: FLEXIBLE FIT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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