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万見
- EMDB-29498: Cryo-EM structure of full-length human NLRC4 inflammasome with C1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29498
タイトルCryo-EM structure of full-length human NLRC4 inflammasome with C12 symmetry
マップデータMap of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry focused on three consecutive protomers
試料
  • 複合体: the complex of Needle, human NAIP and NLRC4
    • タンパク質・ペプチド: NLR family CARD domain-containing protein 4
キーワードNLRC4 / NAIP / Inflammasome / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


The IPAF inflammasome / IPAF inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / canonical inflammasome complex / positive regulation of protein processing / caspase binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response ...The IPAF inflammasome / IPAF inflammasome complex / icosanoid biosynthetic process / canonical inflammasome complex / positive regulation of protein processing / caspase binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / pyroptotic inflammatory response / endopeptidase activator activity / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / defense response to bacterium / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / apoptotic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
NLR family CARD domain-containing protein 4 / NLRC4, helical domain / NLRC4 helical domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily ...NLR family CARD domain-containing protein 4 / NLRC4, helical domain / NLRC4 helical domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NLR family CARD domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å
データ登録者Matico RE / Yu X / Miller R / Somani S / Ricketts MD / Kumar N / Steele RA / Medley Q / Berger S / Faustin B / Sharma S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of the human NAIP/NLRC4 inflammasome assembly and pathogen sensing.
著者: Rosalie E Matico / Xiaodi Yu / Robyn Miller / Sandeep Somani / M Daniel Ricketts / Nikit Kumar / Ruth A Steele / Quintus Medley / Scott Berger / Benjamin Faustin / Sujata Sharma /
要旨: The NLR family caspase activation and recruitment domain-containing 4 (NLRC4) inflammasome is a critical cytosolic innate immune machine formed upon the direct sensing of bacterial infection and in ...The NLR family caspase activation and recruitment domain-containing 4 (NLRC4) inflammasome is a critical cytosolic innate immune machine formed upon the direct sensing of bacterial infection and in response to cell stress during sterile chronic inflammation. Despite its major role in instigating the subsequent host immune response, a more complete understanding of the molecular events in the formation of the NLRC4 inflammasome in humans is lacking. Here we identify Bacillus thailandensis type III secretion system needle protein (Needle) as a potent trigger of the human NLR family apoptosis inhibitory protein (NAIP)/NLRC4 inflammasome complex formation and determine its structural features by cryogenic electron microscopy. We also provide a detailed understanding of how type III secretion system pathogen components are sensed by human NAIP to form a cascade of NLRC4 protomer through a critical lasso-like motif, a 'lock-key' activation model and large structural rearrangement, ultimately forming the full human NLRC4 inflammasome. These results shed light on key regulatory mechanisms specific to the NLRC4 inflammasome assembly, and the innate immune modalities of pathogen sensing in humans.
履歴
登録2023年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月3日-
マップ公開2024年1月3日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29498.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29498.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry focused on three consecutive protomers
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.948 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.084
最小 - 最大-0.20119427 - 0.40812448
平均 (標準偏差)0.001268265 (±0.0110196015)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 455.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry

ファイルemd_29498_additional_1.map
注釈Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry

ファイルemd_29498_additional_2.map
注釈Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry

ファイルemd_29498_additional_3.map
注釈Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry...

ファイルemd_29498_half_map_1.map
注釈Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry focused on three consecutive protomers
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry...

ファイルemd_29498_half_map_2.map
注釈Map of full-length NLRC4 inflammasome with C12 symmetry focused on three consecutive protomers
投影像・断面図
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試料の構成要素

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全体 : the complex of Needle, human NAIP and NLRC4

全体名称: the complex of Needle, human NAIP and NLRC4
要素
  • 複合体: the complex of Needle, human NAIP and NLRC4
    • タンパク質・ペプチド: NLR family CARD domain-containing protein 4

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超分子 #1: the complex of Needle, human NAIP and NLRC4

超分子名称: the complex of Needle, human NAIP and NLRC4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: NLR family CARD domain-containing protein 4

分子名称: NLR family CARD domain-containing protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 117.027656 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: AEYCFNMNFI KDNSRALIQR MGMTVIKQIT DDLFVWNVLN REEVNIICCE KVEQDAARGI IHMILKKGSE SCNLFLKSLK EWNYPLFQD LNGQSLFHQT SEGDLDDLAQ DLKDLYHTPS FLNFYPLGED IDIIFNLKST FTEPVLWRKD QHHHRVEQLT L NGLLQALQ ...文字列:
AEYCFNMNFI KDNSRALIQR MGMTVIKQIT DDLFVWNVLN REEVNIICCE KVEQDAARGI IHMILKKGSE SCNLFLKSLK EWNYPLFQD LNGQSLFHQT SEGDLDDLAQ DLKDLYHTPS FLNFYPLGED IDIIFNLKST FTEPVLWRKD QHHHRVEQLT L NGLLQALQ SPCIIEGESG KGKSTLLQRI AMLWGSGKCK ALTKFKFVFF LRLSRAQGGL FETLCDQLLD IPGTIRKQTF MA MLLKLRQ RVLFLLDGYN EFKPQNCPEI EALIKENHRF KNMVIVTTTT ECLRHIRQFG ALTAEVGDMT EDSAQALIRE VLI KELAEG LLLQIQKSRC LRNLMKTPLF VVITCAIQMG ESEFHSHTQT TLFHTFYDLL IQKNKHKHKG VAASDFIRSL DHCG DLALE GVFSHKFDFE LQDVSSVNED VLLTTGLLCK YTAQRFKPKY KFFHKSFQEY TAGRRLSSLL TSHEPEEVTK GNGYL QKMV SISDITSTYS SLLRYTCGSS VEATRAVMKH LAAVYQHGCL LGLSIAKRPL WRQESLQSVK NTTEQEILKA ININSF VEC GIHLYQESTS KSALSQEFEA FFQGKSLYIN SGNIPDYLFD FFEHLPNCAS ALDFIKLDFY GGAMASWEKA AEDTGGI HM EEAPETYIPS RAVSLFFNWK QEFRTLEVTL RDFSKLNKQD IRYLGKIFSS ATSLRLQIKR CAGVAGSLSL VLSTCKNI Y SLMVEASPLT IEDERHITSV TNLKTLSIHD LQNQRLPGGL TDSLGNLKNL TKLIMDNIKM NEEDAIKLAE GLKNLKKMC LFHLTHLSDI GEGMDYIVKS LSSEPCDLEE IQLVSCCLSA NAVKILAQNL HNLVKLSILD LSENYLEKDG NEALHELIDR MNVLEQLTA LMLPWGCDVQ GSLSSLLKHL EEVPQLVKLG LKNWRLTDTE IRILGAFFGK NPLKNFQQLN LAGNRVSSDG W LAFMGVFE NLKQLVFFDF STKEFLPDPA LVRKLSQVLS KLTFLQEARL VGWQFDDDDL SVITGAFKLV TA

UniProtKB: NLR family CARD domain-containing protein 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 21406
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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