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- EMDB-29407: 60S subunit of the Giardia lamblia 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29407
タイトル60S subunit of the Giardia lamblia 80S ribosome
マップデータ
試料
  • 複合体: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome
    • タンパク質・ペプチド: x 40種
    • RNA: x 3種
  • リガンド: x 6種
キーワードGiardia lamblia / Ribosome structure / Translation / parasite / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / : / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family ...Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / : / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / 60S ribosomal protein L19 / : / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L15e
類似検索 - ドメイン・相同性
LSU ribosomal protein L29P/L35 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal L38e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Ribosomal protein L15 ...LSU ribosomal protein L29P/L35 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal L38e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L11 / Ribosomal protein L35a / 60S ribosomal protein L7a / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L23A / Ribosomal protein L37a / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L24A / Ribosomal protein L7 / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L13a / Large ribosomal subunit protein eL22 / 50S ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L27a / Ribosomal protein L8 / Ribosomal protein L5 / 60S ribosomal protein L29 / LSU ribosomal protein L18AE / LSU ribosomal protein L24P / LSU ribosomal protein L3P / Ribosomal protein L37
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Eiler DR / Wimberly BT / Bilodeau DY / Rissland OS / Kieft JS
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118070 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R21AI149210 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128680 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: The Giardia lamblia ribosome structure reveals divergence in several biological pathways and the mode of emetine function.
著者: Daniel R Eiler / Brian T Wimberly / Danielle Y Bilodeau / J Matthew Taliaferro / Philip Reigan / Olivia S Rissland / Jeffrey S Kieft /
要旨: Giardia lamblia is a deeply branching protist and a human pathogen. Its unusual biology presents the opportunity to explore conserved and fundamental molecular mechanisms. We determined the structure ...Giardia lamblia is a deeply branching protist and a human pathogen. Its unusual biology presents the opportunity to explore conserved and fundamental molecular mechanisms. We determined the structure of the G. lamblia 80S ribosome bound to tRNA, mRNA, and the antibiotic emetine by cryo-electron microscopy, to an overall resolution of 2.49 Å. The structure reveals rapidly evolving protein and nucleotide regions, differences in the peptide exit tunnel, and likely altered ribosome quality control pathways. Examination of translation initiation factor binding sites suggests these interactions are conserved despite a divergent initiation mechanism. Highlighting the potential of G. lamblia to resolve conserved biological principles; our structure reveals the interactions of the translation inhibitor emetine with the ribosome and mRNA, thus providing insight into the mechanism of action for this widely used antibiotic. Our work defines key questions in G. lamblia and motivates future experiments to explore the diversity of eukaryotic gene regulation.
履歴
登録2023年1月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29407.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 450 pix.
= 369.495 Å		0.82 Å/pix.
x 450 pix.
= 369.495 Å		0.82 Å/pix.
x 450 pix.
= 369.495 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8211 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.461
最小 - 最大-1.459785 - 3.9904838
平均 (標準偏差)-0.0012536786 (±0.15223372)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 369.495 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29407_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29407_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage ...

全体名称: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome
要素
  • 複合体: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL15
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL43
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL18
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL8
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL5
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL13
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL14
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL15
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL18
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL20
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL19
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL21
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL24
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL27
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL29
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL31
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL32
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL34
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL33
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL36
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL38
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL42
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL22
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL30
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL37
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL39
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL40
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein eL41
    • RNA: 5S rRNA
    • RNA: 5.8S rRNA
    • RNA: 28S rRNA
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: SPERMIDINE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage ...

超分子名称: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#43
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)

+
分子 #1: 60S ribosomal protein uL3

分子名称: 60S ribosomal protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 42.68852 KDa
配列文字列: MSHRKFSCCR KGNLGYLPRK RCTRGRGRCK TFPPDVQGAP IHLTAFLGYK AGCTHVMRFI DHRGSNLHNR QAIDQATIID APPMICTAI IGYAKTPKGL RAVTTVWAAH IAEPAMRRFY RNYFHAEKTA FSTYMKKAAD GTYIKEQLGR LKQHADVIRI V AHTQPALT ...文字列:
MSHRKFSCCR KGNLGYLPRK RCTRGRGRCK TFPPDVQGAP IHLTAFLGYK AGCTHVMRFI DHRGSNLHNR QAIDQATIID APPMICTAI IGYAKTPKGL RAVTTVWAAH IAEPAMRRFY RNYFHAEKTA FSTYMKKAAD GTYIKEQLGR LKQHADVIRI V AHTQPALT PLKQKKADIM EIQVNGGASV AEKVDYAYAL MEKPISIKDV FSVGAQIDTI SITRGRGFEG VVTRWGVTRL PR KTRRGNR KVACIGAWHP ANVQYTVARA GQMGYFHRTD TNKQVFMIDT AENPRCCTTE FDLTDKSINP VGGFVNYGRV QGD FIMIKG TCPGPKRRPV VMRNALLPHR NCPPVQLQWI STASKFGHGI FETVEERRQF YAK

UniProtKB: LSU ribosomal protein L3P

+
分子 #2: 60S ribosomal protein uL15

分子名称: 60S ribosomal protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 17.166957 KDa
配列文字列:
MPTRIRKSRK RRGHRQMGYG RVGGHRKHPS GRGKAGGLQH KRTSFDKYHP GYFGKLGMRN YHVRRNIEYN PTINIDKIWS LIPEEQRDG FLQRKSTTEA PVVDVTRFGF FKVLGRGSLP QCPIIIKARY FSSDAEKKLR EVGGVPLLVP

UniProtKB: Ribosomal protein L27a

+
分子 #3: 60S ribosomal protein uL4

分子名称: 60S ribosomal protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 35.048707 KDa
配列文字列: MNPTVKVFGP TGTQVAELPR PKVFNVPLRP DIINFVHTQL RKCLRTPYAV SRYAGVQCTA HSWGPGRAVA RLPRKHGGIG AYANFARGG HMAHPTTVIR RWCRKVNLNQ RRYAVASALA ASANAALVEA RGHRIADVPS IPLVVDTDNV TKTKDALAII K AVGVLRDV ...文字列:
MNPTVKVFGP TGTQVAELPR PKVFNVPLRP DIINFVHTQL RKCLRTPYAV SRYAGVQCTA HSWGPGRAVA RLPRKHGGIG AYANFARGG HMAHPTTVIR RWCRKVNLNQ RRYAVASALA ASANAALVEA RGHRIADVPS IPLVVDTDNV TKTKDALAII K AVGVLRDV ERCKDSRHIR AGRGKMRNRR YITRKGPLVI YNTEDVARGF RNLPGVDLCH VSSIRLLELA PGSHPGRLIL WT KSAFASL DDVYAAKQNY TLPRSCITQT DIERILQSDA VQKTFVPKRD PLVIERKVDP FSSKEALARL DPSGTVMPK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #4: 60S ribosomal protein uL16

分子名称: 60S ribosomal protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 24.283172 KDa
配列文字列: MGRRPARCYR YQKNKPYPKS RFCRGVPDPK IRYFDLGNRR AKVNDFPYCF HLLSGEKEQV SSEALEACRI ACNKYIAKKA GKDSFHLRI RVHPFHVIRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAW GKPQGTVARV SIGQPLLSVR CRASAKDYVK DALRRAKFKI P GRQAIVES ...文字列:
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UniProtKB: Ribosomal protein L10

+
分子 #5: 60S ribosomal protein eL43

分子名称: 60S ribosomal protein eL43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 10.508366 KDa
配列文字列:
MAKRTKKVGL TGKYGTRYGR AARKQLLKIE TSQKAKYTCP FCAKDKVRRT ACGIWTCRSC SKTMAGGAYS LHTEPANAAR ATIRRLRLA REDAQ

UniProtKB: Ribosomal protein L37a

+
分子 #6: 60S ribosomal protein uL18

分子名称: 60S ribosomal protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 33.961375 KDa
配列文字列: MGWVKVQKTR SYFKRFQVQF RRRREGKTDY QARKALIIQD KNKYATPRYR FVVRRTNKDI ICQVTAAELT KDRVVCAAYS HELPRYGIP VGLTNYAAAY ATGLLCGRRL LEKLSVGIKE NALAQLYPGL DKATGEEYHP DENENEEVHA FKAFLDIGLA R ASTGARVF ...文字列:
MGWVKVQKTR SYFKRFQVQF RRRREGKTDY QARKALIIQD KNKYATPRYR FVVRRTNKDI ICQVTAAELT KDRVVCAAYS HELPRYGIP VGLTNYAAAY ATGLLCGRRL LEKLSVGIKE NALAQLYPGL DKATGEEYHP DENENEEVHA FKAFLDIGLA R ASTGARVF AAMKGAVDAG LNIPHSMKRF PGYSKDGFDS SALRDRIMGK HVGDYMAELK AEDEETYRKR FSKYIAAKVE PL RLEAMYT KAHAAIRANP QAVKAKFEIK KPVRQARLTL KERKERIDAK KLEALKQLTK

UniProtKB: Ribosomal protein L5

+
分子 #7: 60S ribosomal protein uL6

分子名称: 60S ribosomal protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 20.889379 KDa
配列文字列:
MPLCSSMTIK VPTDVECTIN KRVVTVKGKK GTLVRDFSHA PLDITHANDT ISVAVWFPRG KRNALPRTIC SHIENMFKGV TYGFEYKMR LAYAHFPIAA TVVDNNKAIE IRNFMHQIKT RRIECLPGVT IAMSTNVKDE LILRGISIED VSHTAARIHE S LKVPNKDL RKFLDGCYVS SRGLQEQ

UniProtKB: Ribosomal protein L6

+
分子 #8: 60S ribosomal protein eL8

分子名称: 60S ribosomal protein eL8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 25.427725 KDa
配列文字列: MSKVSGSDIK RALAVPENKS RSKCDFDLTP FVRWPRQVRI QRQKAVLQRR LKVPPTVNQF MNPISRNLTN EIFNLARKYS PESKEEHKA RLLQIADAKA NGKPLPEKSD KLVIASGIRR ITSLVESKRA KLVLIANDVD PLELVLWLPT LCHKMGVPYA I VRTKGDLG ...文字列:
MSKVSGSDIK RALAVPENKS RSKCDFDLTP FVRWPRQVRI QRQKAVLQRR LKVPPTVNQF MNPISRNLTN EIFNLARKYS PESKEEHKA RLLQIADAKA NGKPLPEKSD KLVIASGIRR ITSLVESKRA KLVLIANDVD PLELVLWLPT LCHKMGVPYA I VRTKGDLG KLVHLKKTTS VCFTDVNPED KPTFDKILAA VAHEVDYAKA MKTYGGGVRR EDEAQQM

UniProtKB: 60S ribosomal protein L7a

+
分子 #9: 60S ribosomal protein uL5

分子名称: 60S ribosomal protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 19.767684 KDa
配列文字列:
MSQESENPMR RIRIEKLVLN ICIGGEGDAL TKAAKVLQQL TDQEPTFSKS RLTIRGFGIR RGQKISTHVT VRGEKAREII ERGLRVKNF ELPYSCFSTT GNFGFGITEH IDLGIKYDPS MGIYGMDFYV VLSRPGFRVN KRRAQQQHVG ASHKITPDEA R AWVEREFE VVYTK

UniProtKB: Ribosomal protein L11

+
分子 #10: 60S ribosomal protein uL13

分子名称: 60S ribosomal protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 22.921914 KDa
配列文字列: MSRIVIDCKG HILGRLSAIV AKELLHGHEV ALVRCEKAII SGAFRDVKAH YLKKMHKRTN FNHLRGPFHF RAPAEIVRRT IRGMIPYKT VRGSDAMSRL RVYDGIPPCC ARYKRVVCPS AMAYLCLRPE RRRCEVGRVA HEIGWQHAAD VERYEKRRLE E CDKWYQDK ...文字列:
MSRIVIDCKG HILGRLSAIV AKELLHGHEV ALVRCEKAII SGAFRDVKAH YLKKMHKRTN FNHLRGPFHF RAPAEIVRRT IRGMIPYKT VRGSDAMSRL RVYDGIPPCC ARYKRVVCPS AMAYLCLRPE RRRCEVGRVA HEIGWQHAAD VERYEKRRLE E CDKWYQDK IQIDKKIAEA AEKDAELQRI NAELAKYGY

UniProtKB: Ribosomal protein L13a

+
分子 #11: 60S ribosomal protein eL13

分子名称: 60S ribosomal protein eL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 26.640346 KDa
配列文字列: MASYASFILR LIHFNLNFVT AFCPLPRAMG RNVAFSNMRR YKCTNKGPNL IKNWFNQPAR KIRRRQTRLQ KAKAIFPCPL QKLRPSVTR CSQKFNLTQR IGRGFTLREL QGVGLSAGKA RQIGIAVDPR RKNKSEESVA RNVARLKEYL SKVTIFSKQA K PEEIQQAI ...文字列:
MASYASFILR LIHFNLNFVT AFCPLPRAMG RNVAFSNMRR YKCTNKGPNL IKNWFNQPAR KIRRRQTRLQ KAKAIFPCPL QKLRPSVTR CSQKFNLTQR IGRGFTLREL QGVGLSAGKA RQIGIAVDPR RKNKSEESVA RNVARLKEYL SKVTIFSKQA K PEEIQQAI QHQGVVMPVV NPKPVITTGS IAEAKKEVPE NLFMYLRNAR TARNRARLAK RDAEREAAAK TKGGKK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L13

+
分子 #12: 60S ribosomal protein eL14

分子名称: 60S ribosomal protein eL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 14.785472 KDa
配列文字列:
MSYHRFVEAG RLVYLGDGPD KGKLAVIVDI LSTAAVLIDG PTTGVKRQVV SLRWAMLTDQ VINISEKPTT EQLKKEIEAS PAIDTFMNS VWGKKIQQQR LRAKATFEDM GKIAKLRRER KMAMKRIAMS IK

UniProtKB: Ribosomal protein L14

+
分子 #13: 60S ribosomal protein eL15

分子名称: 60S ribosomal protein eL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 24.35373 KDa
配列文字列: MGAYKYVQEL WRKKQSEALH YLFRLRTWEY RQLNAIKRCS HPTRPEKARR LGYKAKRGYV VYRVRVRRGG RKRQCVHGIS YGKPRNIGI VGLKPSRSLR ALAEQKVGRR LPSLRVLNSY WVAQDGSYKW YEVILIDPFH PWIRNDPKIN WICNPVMKRR E CRGLTSAG ...文字列:
MGAYKYVQEL WRKKQSEALH YLFRLRTWEY RQLNAIKRCS HPTRPEKARR LGYKAKRGYV VYRVRVRRGG RKRQCVHGIS YGKPRNIGI VGLKPSRSLR ALAEQKVGRR LPSLRVLNSY WVAQDGSYKW YEVILIDPFH PWIRNDPKIN WICNPVMKRR E CRGLTSAG RKARGLHNKG IGAMKLRPSK RAAWKRNHTR SLRRYR

UniProtKB: Ribosomal protein L15

+
分子 #14: 60S ribosomal protein eL18

分子名称: 60S ribosomal protein eL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 20.207768 KDa
配列文字列:
MGIDLKTGIK KRKVERKEPK SPNPYIRLLH NAFKVVYENT GEDFTKVLTK RLCLSKTNRP VLSVSRLAHL MHKREDKIAV VASTVTNDE RLVTIPRMTI CALKFSATAR SRIEKAGGRC MSFDELLAEK PTGDNCVLLQ GRRSCRAVCK KFGSPGRPNS H VKPKGEHK GRRGARGRHS W

UniProtKB: Ribosomal protein L18

+
分子 #15: 60S ribosomal protein eL20

分子名称: 60S ribosomal protein eL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 24.389225 KDa
配列文字列: MDAWTVLLFY QVLKQFQSEF VDALKSRAET RGMMQKYIVY GRRLPSEKFP EPEVFRMTIY APNEIVAKSR FWYHLKSLKK IKRTHGEIL DCQHIEENGD FVKNFGVLLR YRSRVGQHNM YREVRETTSA RAMDKVYSEM AGQCRARYHD IQIINVKEVA D EDVRREKV ...文字列:
MDAWTVLLFY QVLKQFQSEF VDALKSRAET RGMMQKYIVY GRRLPSEKFP EPEVFRMTIY APNEIVAKSR FWYHLKSLKK IKRTHGEIL DCQHIEENGD FVKNFGVLLR YRSRVGQHNM YREVRETTSA RAMDKVYSEM AGQCRARYHD IQIINVKEVA D EDVRREKV AMFTQKGVRF PHPCPYVHVK RAARTARFQD RAPHVPQ

UniProtKB: LSU ribosomal protein L18AE

+
分子 #16: 60S ribosomal protein eL19

分子名称: 60S ribosomal protein eL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 23.199238 KDa
配列文字列: MANLRLQKRL AADVLKCGKR RVRFNPAHEK YIEQASSREA IRSLIESKII AKLDIKGSSR GRIRARHAAK RLGRHSGHGK RRGTREARM PSKTLWIQRQ RVLRRLLSRY RDDEKIDRHL YETLYAKAKG NMFKNKRVLL EHIVGMQKEQ ELEKKKKEEL E QRRKKAEQ ...文字列:
MANLRLQKRL AADVLKCGKR RVRFNPAHEK YIEQASSREA IRSLIESKII AKLDIKGSSR GRIRARHAAK RLGRHSGHGK RRGTREARM PSKTLWIQRQ RVLRRLLSRY RDDEKIDRHL YETLYAKAKG NMFKNKRVLL EHIVGMQKEQ ELEKKKKEEL E QRRKKAEQ RCKERAEKVA ANRLAFAQTG IFTEKTNK

UniProtKB: Ribosomal protein L19

+
分子 #17: 60S ribosomal protein eL21

分子名称: 60S ribosomal protein eL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 18.296393 KDa
配列文字列:
MTHSQGYRCK TRYCFARKFR RHGMANLTTY NRVYKLGQYV NIKVNGAYHK GMPHRYYNGR TGTIFNIGPR ALGVQIQKRV RGRIMLKRI NVRLEHVHPS DCRKNHLERV AANDAARRLA KETGQPVPCL KRQNALPRAA HVVSIASAID ITPLKYDGVF

UniProtKB: Ribosomal protein L21

+
分子 #18: 60S ribosomal protein uL14

分子名称: 60S ribosomal protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 15.45004 KDa
配列文字列:
MASKRGRSGG IGNKFRISCG LPVGAVINCA DNSGAKSLNM IAVKNWKGHL NRFPKASVGD MVLITVGRDG KPELRRKVTP AVVVRQRKV WRRKDGVWIY FQDNAGVIIN PKGELKGSSI TGPVAKEAAD RWPKISTTAE CVH

UniProtKB: Ribosomal protein L23

+
分子 #19: 60S ribosomal protein uL22

分子名称: 60S ribosomal protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 18.722785 KDa
配列文字列:
MVKYAFKSDN LLVGKSRRDG VKASFKNTYS TCRAIKGMGV KRAFAYLDNV LNHKEIVPFF KFYKGVGRHS QARGSGTDKG RWPEKSVVV VKDILKQAVS NAKHAHKKEE DELYVISYCV NRARGRRRRT FRAHGRISKY ESQPCHVELI VGPKPLDVEK A KALQ

UniProtKB: Ribosomal protein L17

+
分子 #20: 60S ribosomal protein uL23

分子名称: 60S ribosomal protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 16.053919 KDa
配列文字列:
MSEKAQALKA QKAILHGTRV EAKKIRTNVH FFRPKTLVHK KAPLYPRNPI KKGSWDDPCD LLRYPIKTDE NTTQIEKNNT IVFIVDRRA SKPEIRKAFE TVFETKVARV NTLITPLGLK KAFIRLAPDV QAMDVASKMG LA

UniProtKB: Ribosomal protein L23A

+
分子 #21: 60S ribosomal protein uL24

分子名称: 60S ribosomal protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 15.621398 KDa
配列文字列:
MKLNSAVTAS RRKCRKAYFT ANAETRAKMM SSRLSKELRA EHKIKTMPIR RGDIVEIFTG GHKGTGKVVE VRRRDYKICV EGINQKARN PEAKPVPYPI HPSNCIIKEL YMNGSRYRAI KRRQERNAER LARIGK

UniProtKB: LSU ribosomal protein L24P

+
分子 #22: 60S ribosomal protein eL24

分子名称: 60S ribosomal protein eL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 12.005191 KDa
配列文字列:
MVTTNQCSYS GRKILPGYGK RMSRHDKVLL IFLNRKASVH YLNKWNPRKI RWTLASRRAR GKEVIVKARE RVTRKAVVSK RNFLSIDDS KLEALKSKYS RVN

UniProtKB: Ribosomal protein L24A

+
分子 #23: 60S ribosomal protein eL27

分子名称: 60S ribosomal protein eL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 15.374895 KDa
配列文字列:
MSQPIIKPGL VCIVLQGRHA GKKAVIVEAL PHNERGSYAI VAGIAALPRR ITNSMSDEEA VCRGRVRSFV KCMNVNHLMP TSCRLENNY KDFISTQTVA DVTKRREIIE TVNKDFQRRI LEHRDTWFFT KLPIDA

UniProtKB: Ribosomal protein L27

+
分子 #24: 60S ribosomal protein eL29

分子名称: 60S ribosomal protein eL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 7.363574 KDa
配列文字列:
MAKLKNHTSK NQNRKDHRNG IKKPKKSAYT SHKGMCPKYL RNLRRSRAND PRQSLRPNLN KE

UniProtKB: 60S ribosomal protein L29

+
分子 #25: 60S ribosomal protein uL29

分子名称: 60S ribosomal protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 14.316314 KDa
配列文字列:
MPGLKAKDLI GLSQEDLQRK LADLKRELLS LRTMKATAGP VPERIARFRV CKKDVARVLT IINQKARDEA RAAFEGAKYI PKTFRPKLT HAMRCQLTDK QKRLLPNKVM KRKLQFPKLK YAVKV

UniProtKB: LSU ribosomal protein L29P/L35

+
分子 #26: 60S ribosomal protein uL30

分子名称: 60S ribosomal protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 27.103406 KDa
配列文字列: MPIPELVLKH RRKVQRDIRS AAERATEKEK RAALVKDHAV KSAQVYARYY IDLVESEKKA RENALKNNQL YVPDEPKVYL VVRIRGIVG VAPKVRTILS LLRLRQINNA VFMRCNKATL NALRIVDHYV TYGEPTVETI RNLIYKRGFA KVNGQRIPIV D NNLIDEQL ...文字列:
MPIPELVLKH RRKVQRDIRS AAERATEKEK RAALVKDHAV KSAQVYARYY IDLVESEKKA RENALKNNQL YVPDEPKVYL VVRIRGIVG VAPKVRTILS LLRLRQINNA VFMRCNKATL NALRIVDHYV TYGEPTVETI RNLIYKRGFA KVNGQRIPIV D NNLIDEQL SKHNILCAED LVHEIFTCGS SFKEANNFLW PFQLNSAALK DKRNNFAEGG DFGYRGKYIN EFVARMI

UniProtKB: Ribosomal protein L7

+
分子 #27: 60S ribosomal protein eL31

分子名称: 60S ribosomal protein eL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 12.184064 KDa
配列文字列:
MGIVYEHTIR LNKAVRGKPS KKAAPIAIRA IRAQVEKLAK VEDVRLDPSV NVFVWSRGIR HVPRRIRLEV RLEGDDEHKF AYVINKDVE NFKHLTTEKK GSEDGSE

UniProtKB: Ribosomal protein L31e

+
分子 #28: 60S ribosomal protein eL32

分子名称: 60S ribosomal protein eL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 15.985983 KDa
配列文字列:
MAGEMIHPLP HKIIIKKRKN KFIRFQSERF VRVKPSWRKP RGIDSPMRHQ YRGQRPMVSI GYGSDKETRF MLPCGFFKHR ISTVHELKT LFMNNKTHAA QIAHGVSARS RKQILEEAKK MGVRVLNADA KLRKEEL

UniProtKB: Ribosomal protein L32

+
分子 #29: 60S ribosomal protein eL34

分子名称: 60S ribosomal protein eL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 13.528753 KDa
配列文字列:
MADCRVTCRF HSTYRTRSKI VRYKRTPGNR LTSLRVKKLP NAPHCAETGK QIHGIPRVIP QHLTRQQRKV SRPYGGKLCG SALRAHILE SFLNEENQAL REIAAQTAKT AKQTAGKGHA K

UniProtKB: Ribosomal protein L34

+
分子 #30: 60S ribosomal protein eL33

分子名称: 60S ribosomal protein eL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 13.913122 KDa
配列文字列:
MEEIKGKTFL PAIFVGYQRS RAKQRENVAL VKVSGIYTRA ETDKVLGRLI AIIHSKSGKP IFGKICRPHG NSGMVRARFY TNLPGQLMG HKVRVFYDNI DVGDRATPKY ERLYGNPNAT VTYE

UniProtKB: Ribosomal protein L35a

+
分子 #31: 60S ribosomal protein eL36

分子名称: 60S ribosomal protein eL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 10.586708 KDa
配列文字列:
MPGKVFNLKK GGAVVRIVRK KEERKTKPHQ EFVKSIIQEC TGMAPYEMHI IELLRMNKDR HALRYAKKRL GNIKRAKAKR DQLSVYARN I

UniProtKB: Ribosomal protein L36e

+
分子 #32: 60S ribosomal protein eL38

分子名称: 60S ribosomal protein eL38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 8.605145 KDa
配列文字列:
MPNTITEENL MKMIADGRGK KLVVKSCSKG RLQGKVKLKL RTAKYLYTLT VPNADDAKSI VKGCKDKVEV QYVNDSE

UniProtKB: Ribosomal L38e

+
分子 #33: 60S ribosomal protein eL42

分子名称: 60S ribosomal protein eL42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 12.311678 KDa
配列文字列:
MVTYPAERRT FCKREGKHTV HKASLYKKGK DSLLAQGKRR YDRKQRGFGG QTKPIFRRKA KTTKKQVIRL TCSSCKCQTF QVLKRCHRL EISRLGATKK SKGSVVF

UniProtKB: Ribosomal protein L44

+
分子 #34: 60S ribosomal protein eL22

分子名称: 60S ribosomal protein eL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 19.942402 KDa
配列文字列:
MEGQWILFPD QIVNHLCRHA DHRLQARVSS KSNLKSNYAY YFSPSSEMRP RIKKCVKKEQ GNIRFAVDCS AGKDLELNLN EFADYVRTH FKINNRKHGV AEKVACSVEG DSLVIQTTGY EFAKRYVKYL TKRFLYQDYQ GVFRVLSTDK ETYTLKPYTI E DDDDEAGT DDE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL22

+
分子 #35: 60S ribosomal protein eL30

分子名称: 60S ribosomal protein eL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 11.698598 KDa
配列文字列:
MSTKVATKKA QDSISLTLTL VVKSGKYTLG TDQAIRNIRD GKAQLVFMAN NCPPLVKSQV DYLCHLSKTP VRVFAGSSRE LGIAVGRQF NVSIMTILEA GDADLTSILG

UniProtKB: Ribosomal protein L30

+
分子 #36: 60S ribosomal protein eL37

分子名称: 60S ribosomal protein eL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 11.473345 KDa
配列文字列:
MELVAVKNGN SMSKGTASFG KRHTRIHGSC RRCGKHSFHL QKHECASCGY PSAKMRRYNW SYKSLRRRTQ GTGSMSHMRK VYRAYNSGT LKANARKYLA K

UniProtKB: Ribosomal protein L37

+
分子 #37: 60S ribosomal protein eL39

分子名称: 60S ribosomal protein eL39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 6.527003 KDa
配列文字列:
MSANKTLERK LRLGKKIRMN KNIPRWVILK DKLKKRWNYK RHHWRRSHLK L

+
分子 #38: 60S ribosomal protein eL40

分子名称: 60S ribosomal protein eL40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 14.343675 KDa
配列文字列:
MQLIVRSLDR TVALTASPAD SLTSIRQRLL AVYSGHVVDS QRFVFAGRTL DEAKTLGDYS IGESSVLDLV PRLFGGVMEP TLINLAREY NQNMMICRHC YARNPLRATN CRRCRGTNLR KKKLSKYA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L40e

+
分子 #39: 60S ribosomal protein uL2

分子名称: 60S ribosomal protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 27.090543 KDa
配列文字列: MGRRIRVQRK GAGSVFRAHV ARRLGAAKLR ANDFAERTGS VRGVVKAILH DRGRGAPLAR VQFPNMRGEG RVNELFIAPE GMYTGQEVF SGNKATLHIG NILPVGNIPE GTYVCNVEEK PMDRGCLARA SGTYCLVVAH NMETNKTRIR LPSGQKKLIS S KARAMIGL ...文字列:
MGRRIRVQRK GAGSVFRAHV ARRLGAAKLR ANDFAERTGS VRGVVKAILH DRGRGAPLAR VQFPNMRGEG RVNELFIAPE GMYTGQEVF SGNKATLHIG NILPVGNIPE GTYVCNVEEK PMDRGCLARA SGTYCLVVAH NMETNKTRIR LPSGQKKLIS S KARAMIGL VAGGGRTDKP LLKAGNAYHK YKAKRNCWPV VRGVAMNPVD HPHGGGNHQH IGVSSCVPRN AVPGQKVGLI AA RRTGCSG GKRR

UniProtKB: Ribosomal protein L8

+
分子 #40: 60S ribosomal protein eL41

分子名称: 60S ribosomal protein eL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 2.145636 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #41: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 41 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 38.672023 KDa
配列文字列:
CAGUUCGGCC AUCCUACGGC GGAAACUCCU UAACUCGUUC CGAAUUAAGA AGAGAAGCGC CGUCAGGCCC CGCCAGUACU GCGAUCGGA GACGUCGUGG GAACACGGGG UGCCGAACUU U

GENBANK: GENBANK: XR_005248657.1

+
分子 #42: 5.8S rRNA

分子名称: 5.8S rRNA / タイプ: rna / ID: 42 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 45.58627 KDa
配列文字列:
AACGCCCCGC CGGCGGAUGC CUCGGCCCGG GCGGCGACGA AGAGCGCGGC GGAGCGCGAG ACGCGGUGCG GACCCGCCCG CCCCGAGAA GCACCGGCCC UCGAACGCAG CGCGCCCCGG CGCCGCCGCC UCGGUGCCCU GC

GENBANK: GENBANK: KF835560.1

+
分子 #43: 28S rRNA

分子名称: 28S rRNA / タイプ: rna / ID: 43 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (真核生物)
分子量理論値: 871.348812 KDa
配列文字列: CGCGGCCCGA GGCGGCGGGG GCGACGGGCG GAACUUAAGC AUAUCAGUAC GCCCCGGAGG AGAAACCAAC CGGGAUUCCC CGUAGCGGC GAGCGACGCG GGAGGAGCCC GCCCCGAAGG CGCGCUGUGG GGCGCAGGCG CAGGCCCGCC GCGAGGGGGC C CGAGGGCC ...文字列:
CGCGGCCCGA GGCGGCGGGG GCGACGGGCG GAACUUAAGC AUAUCAGUAC GCCCCGGAGG AGAAACCAAC CGGGAUUCCC CGUAGCGGC GAGCGACGCG GGAGGAGCCC GCCCCGAAGG CGCGCUGUGG GGCGCAGGCG CAGGCCCGCC GCGAGGGGGC C CGAGGGCC CCGCCCGAGA GGGUGCAAGC CCCGUACGGC GGCCGCCGGG CCUGCGCGGC GAGUAGCGCU GCUUGAGCGU GC AGCGCGA AGGGAGGCGC GGCCCUUCCA AGGCUAAAUA CGCCCCGGGA CCGAUAGCGG ACCAAGUAGC GCGAGCGAAC GGU GAAAAG GACGCCCUGC GGCCGCUCAA AAGACCUGAA CCCGGCCGGC CGCCGGCCCG CCGGCCCCGU CUCGAAACAC GGAC CGAGG AGCCACGCGC CGCGGCGAGC CCGAGGGAGC CCCCGCGGCG GAGCGAGCGC GAGACGCCCC GGGCCCGCCA UGCCC CUGC GGGCGUGCGC GGGCCGAGCC GCGGCGCGUG GGCCCGAAAG GCGGUGAUCU AUGCCCGGCG AGGGCGAGGC CGGGCG AAA GCCUGGUGGA GGCCCGCCGC GGUGCUGACG CGCAGAUCGC UCGUCGGAGC CGGGCAUGGG GGCGAAAGAC UCAUCGA AC CGCCUGGUAG CUGGUUGCCU CCGAAAUGUC UCCCAGGACA GCCGCCGCCC CGCAGUUGCG GCCCGUAGAG CGCUGGCC G GCGGGAGCGG GGGGCCUGCC CCUCGCCCGC CCCCCAAACU CCGAAGGGCC GCGCCGCCCC GCCGCUGGCC UGGGCGGGG CGGGCGAAUG CGGGCGGCGC GUGGGCCCCU CCUGGUAAGC AGGACGGGCG AGGCGGGACG AUCCGGACGC CGGGCCAGGG UGCGCCGCC GGGGCCCGCG GAACGGCGUC GGCCGGUCCC GACAGCUGGA AGGUGGCCCC AGAAGUCGGC AUCCUCCAGG G AGUGUGUA ACAACCCACC AGCCGAAUCG GCCGGCCCGG AAAAUGGAGC GCGCCGGAGC CCCGGACCCG CGCCCGGCCG CC GCGCGCG GCGGGUAGGA GGCCGCAGAG GCCCCGGGGG CGAAGGCGGC GCGCAGGCCC CGCCGGACCG GCCUCUGGUG CAG AUCUCG GCAGCAGUAG CCGCUACUCC GCGCCCCGGA GGACUGAGGG GGAGACGGGU UCCGCGGCGC CUGCAUCUGG CCGC GGGUG ACUCGGGCCU AAGCGGCGGG UGAAGACCGG GAAGGGGCGU GCCCGCCCGU CGAACGGGGA GCCGGCGGAG ACUCC GGCA GGCGCGGCCC CCGCGGAGAC GCCCGCCCCC CGGCGACGCG CACGGGGACC GCGGCGGGCG GCGCCCCGGC CCGCGA ACG CCCCGCAGCC CCCGGACGCC UUGCGCGGAG AGGGGGGCCC GGGGGCGGAC CCCGCGCGUC CCCGGCCGCC CCUGAAA AG CCGGGGGGCG CCGGCCGCGC GCCGUACCGA CCGCAGCAGG ACUCCGGGGU CAGCAGCCUC UAGCGCGGGA GCGAACGC G GCUCAGGGAA GUCGGCAAGC CGGCUCCGUA ACCUCGGGAA AAGGAGUGGC UCUGACGGCG CGCCGGGUCA GAACUGGAA CGGACGCGGG GAUCCCGACU GUUUACUAGA AACACAGCGU CGCGAGGGCC GCACCCGGCG CUGGCGCGAC GUGAUUUCUG CCCAGUGCC ACGACCGUCA CCGUGAAGCG AUCCGCCGAA GCCCUGGUAA ACGGCGGGAG UAACUAUGAC UCUCUUAAGG U AGCCAAAU GCCUCGUCGG GCAAUUUCCG ACGUGCAUGA AUGGACCAAC GAGGAUCCCA CUGUCCCGAG CCGCGCCUCC GC GAGCCUC CAGCCUCGGG AACGGGCGAG GGCCGGCCAG CGGGGCAAGA AGACCCUUUU GAGCUUGACU CCAGCCCGGG CCU GUGGGG CGGGGCGGCC GGCGCAGCGC ACAGGGGAGG CCGCGCCCCU GAGACACCCU GACGGCCGCC GCCGCCCCGC UCAC CCGGU CGCGCGGGGA CCCGCCCGGG CGGGGAGUUC GGCUGGGGCG GCGCGCCUGC UACACCGGAC CGCAGGCGUC CCACG GCGG GCUCAGCGAG GACGGAGACC UCCCGCGGAG CAGAAGGGCA CAAGCCCGCC CGACCCGCGC CCCCCGUGCC GGCGCG GGC CGCGAAAGCG GGGCCUACCG AUCCUUCGCC GCCCCGGCCG CGGGCGCGGA GGUGGCAGAA AAGUUACCAC AGGGAUA AC UGGCUUGUGG CCGCCGAGCG CCCGCAGCGA CGCGGCUUUU UGAUCCUUCG AUGUCGGCUC UUCCUACCGU CCGCGCGC A CCGGCGCGGA AGCGUCGGAU UGUUCACCCG UUCAAGGGAU CGUGAGCUGG GUUUAGACCG UCGUGAGACA GGUUAGUUU UACCCUACUG GCCCCGGGGC CAGAGCACGG CGGGCCAGUA CGAGAGGAAC GCCCGCCGCG GGCCGCCAGC CCCGCGGUUG CCCGGCCGG GCAGCGCCGC GCCGCCGCGC CCGGGGGCCC UGCGCUGACC GCCUCUAAGC GCGCACCCCG CCUCGCGCCC C GCCCGGCC GCGCGCCCCA GCCCCGUGCC CCGUCGCCGA GCGGCCCCCG CCCGGGGAGA CCACCCGGCG CGGCGCUCCU GU ACGGCGC AGAGCCCUGC GAUCGCCUGA GGGACGCGCC UGCAGAGCGC

GENBANK: GENBANK: CP110916.1

+
分子 #44: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 27 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #45: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 129 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #46: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #47: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 33
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #48: SPERMIDINE

分子名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 1 / 式: SPD
分子量理論値: 145.246 Da
Chemical component information

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

+
分子 #49: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 3122 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 72.26 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5xy3

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 289618
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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