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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29395 | ||||||||||||
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タイトル | Subtomogram average of HuCoV-NL63 spike protein from purified intact virions | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | coronavirus / glycoprotein / spike / cryoEM / cryoET / subtomogram average / VIRUS | ||||||||||||
生物種 | Human coronavirus NL63 (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen M / Chmielewski D / Schmid M / Jin J / Chiu W | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A hinge glycan regulates spike bending and impacts coronavirus infectivity 著者: Chmielewski D / Wilson E / Pintilie G / Zhao P / Chen M / Schmid M / Simmons G / Wells L / Jin J / Singharoy A / Chiu W | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29395.map.gz | 1.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29395-v30.xml emd-29395.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29395_fsc.xml | 6.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29395.png | 107.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29395.cif.gz | 4.3 KB | ||
その他 | emd_29395_half_map_1.map.gz emd_29395_half_map_2.map.gz | 14 MB 14.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29395 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29395 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29395_validation.pdf.gz | 773.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29395_full_validation.pdf.gz | 772.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29395_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29395_validation.cif.gz | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29395 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29395 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29395.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29395_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29395_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human coronavirus NL63
全体 | 名称: Human coronavirus NL63 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human coronavirus NL63
超分子 | 名称: Human coronavirus NL63 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 277944 / 生物種: Human coronavirus NL63 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.35 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 2.7 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 53000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |