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万見
- EMDB-2939: Electron tomogram of Pseudomonas moraviensis stanleyae containing... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2939
タイトルElectron tomogram of Pseudomonas moraviensis stanleyae containing selenium nanoparticles
マップデータReconstruction of Pseudomonas moraviensis stanleyae containing selenium nanoparticles
試料
  • 試料: Selenium Nanoparticles contained within cells of Pseudomonas moraviensis stanleyae
  • Em label: Pseudomonas moraviensis stanleyae
キーワードPseudomonas moraviensis stanleyae / selenium nanoparticle / electron tomography
手法電子線トモグラフィー法
データ登録者Ni TW / Staicu L / Nemeth RS / Schwartz C / Crawford D / Seligman JD / Hunter WJ / Pilon-Smits E / Ackerson CJ
引用ジャーナル: Nanoscale / 年: 2015
タイトル: Progress toward clonable inorganic nanoparticles.
著者: Thomas W Ni / Lucian C Staicu / Richard S Nemeth / Cindi L Schwartz / David Crawford / Jeffrey D Seligman / William J Hunter / Elizabeth A H Pilon-Smits / Christopher J Ackerson /
要旨: Pseudomonas moraviensis stanleyae was recently isolated from the roots of the selenium (Se) hyperaccumulator plant Stanleya pinnata. This bacterium tolerates normally lethal concentrations of SeO3(2-) ...Pseudomonas moraviensis stanleyae was recently isolated from the roots of the selenium (Se) hyperaccumulator plant Stanleya pinnata. This bacterium tolerates normally lethal concentrations of SeO3(2-) in liquid culture, where it also produces Se nanoparticles. Structure and cellular ultrastructure of the Se nanoparticles as determined by cellular electron tomography shows the nanoparticles as intracellular, of narrow dispersity, symmetrically irregular and without any observable membrane or structured protein shell. Protein mass spectrometry of a fractionated soluble cytosolic material with selenite reducing capability identified nitrite reductase and glutathione reductase homologues as NADPH dependent candidate enzymes for the reduction of selenite to zerovalent Se nanoparticles. In vitro experiments with commercially sourced glutathione reductase revealed that the enzyme can reduce SeO3(2-) (selenite) to Se nanoparticles in an NADPH-dependent process. The disappearance of the enzyme as determined by protein assay during nanoparticle formation suggests that glutathione reductase is associated with or possibly entombed in the nanoparticles whose formation it catalyzes. Chemically dissolving the nanoparticles releases the enzyme. The size of the nanoparticles varies with SeO3(2-) concentration, varying in size form 5 nm diameter when formed at 1.0 μM [SeO3(2-)] to 50 nm maximum diameter when formed at 100 μM [SeO3(2-)]. In aggregate, we suggest that glutathione reductase possesses the key attributes of a clonable nanoparticle system: ion reduction, nanoparticle retention and size control of the nanoparticle at the enzyme site.
履歴
登録2015年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年4月1日-
マップ公開2015年9月23日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2939.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 270.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Reconstruction of Pseudomonas moraviensis stanleyae containing selenium nanoparticles
ボクセルのサイズX=Y=Z: 91 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)9.528561590000001 (±31.384305950000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-44-2114
サイズ12001228197
Spacing12001228197
セルA: 111748.0 Å / B: 109200.0 Å / C: 17927.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z919191
M x/y/z12281200197
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z111748.000109200.00017927.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-21-4414
NC/NR/NS12281200197
D min/max/mean-128.000127.0009.529

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Selenium Nanoparticles contained within cells of Pseudomonas mora...

全体名称: Selenium Nanoparticles contained within cells of Pseudomonas moraviensis stanleyae
要素
  • 試料: Selenium Nanoparticles contained within cells of Pseudomonas moraviensis stanleyae
  • Em label: Pseudomonas moraviensis stanleyae

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超分子 #1000: Selenium Nanoparticles contained within cells of Pseudomonas mora...

超分子名称: Selenium Nanoparticles contained within cells of Pseudomonas moraviensis stanleyae
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Cells were grown in 10 mM HNaSeO3/LB for 36 hours. Medium was replaced every 8 hours.
Number unique components: 1

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分子 #1: Pseudomonas moraviensis stanleyae

分子名称: Pseudomonas moraviensis stanleyae / タイプ: em_label / ID: 1
詳細: ~80 nm selenium nanoparticles were made inside of Pseudomonas moraviensis stanleyae cells. Showing a potential clonable tag capable of making inorganic nanoparticles.

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実験情報

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構造解析

解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, 2% glutaraldehyde, 2.5% formaldehyde
グリッド詳細: Formvar coated copper slot grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
日付2014年4月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 120
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1 °
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: Etomo / 使用した粒子像数: 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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