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万見
- EMDB-29377: AAV1 VP3 Only Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29377
タイトルAAV1 VP3 Only Capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 1 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
キーワードAAV / gene therapy / capsid / VP3 / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus - 1 (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Mietzsch M / McKenna R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: Mol Ther Methods Clin Dev / 年: 2023
タイトル: Production and characterization of an AAV1-VP3-only capsid: An analytical benchmark standard.
著者: Mario Mietzsch / Weijing Liu / Ke Ma / Antonette Bennett / Austin R Nelson / Keely Gliwa / Paul Chipman / Xiaofeng Fu / Shane Bechler / Robert McKenna / Rosa Viner /
要旨: Adeno-associated viruses (AAVs) are non-enveloped ssDNA icosahedral T = 1 viruses used as vectors for clinical gene delivery. Currently, there are over 200 AAV-related clinical trials and six ...Adeno-associated viruses (AAVs) are non-enveloped ssDNA icosahedral T = 1 viruses used as vectors for clinical gene delivery. Currently, there are over 200 AAV-related clinical trials and six approved biologics on the market. As such new analytical methods are continually being developed to characterize and monitor the quality and purity of manufactured AAV vectors, these include ion-exchange chromatography and Direct Mass Technology. However, these methods require homogeneous analytical standards with a high molecular weight standard comparable to the mass of an AAV capsid. Described here is the design, production, purification, characterization, and the cryo-electron microscopy structure of an AAV1-VP3-only capsid that fulfills this need as a calibrant to determine capsid mass, charge, homogeneity, and transgene packaging characteristics.
履歴
登録2023年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29377.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29377.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.94 Å/pix.
x 460 pix.
= 431.94 Å		0.94 Å/pix.
x 460 pix.
= 431.94 Å		0.94 Å/pix.
x 460 pix.
= 431.94 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.939 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-8.280195000000001 - 18.176079999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000495646 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-230-230-230
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 431.94 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29377_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29377_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus - 1

全体名称: Adeno-associated virus - 1 (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus - 1 (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein

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超分子 #1: Adeno-associated virus - 1

超分子名称: Adeno-associated virus - 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 85106 / 生物種: Adeno-associated virus - 1 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
分子量理論値: 3.57 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 1 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 58.299422 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ADGVGNASGN WHCDSTWLGD RVITTSTRTW ALPTYNNHLY KQISSASTGA SNDNHYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW QRLINNNWG FRPKRLNFKL FNIQVKEVTT NDGVTTIANN LTSTVQVFSD SEYQLPYVLG SAHQGCLPPF PADVFMIPQY G YLTLNNGS ...文字列:
ADGVGNASGN WHCDSTWLGD RVITTSTRTW ALPTYNNHLY KQISSASTGA SNDNHYFGYS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW QRLINNNWG FRPKRLNFKL FNIQVKEVTT NDGVTTIANN LTSTVQVFSD SEYQLPYVLG SAHQGCLPPF PADVFMIPQY G YLTLNNGS QAVGRSSFYC LEYFPSQMLR TGNNFTFSYT FEEVPFHSSY AHSQSLDRLM NPLIDQYLYY LNRTQNQSGS AQ NKDLLFS RGSPAGMSVQ PKNWLPGPCY RQQRVSKTKT DNNNSNFTWT GASKYNLNGR ESIINPGTAM ASHKDDEDKF FPM SGVMIF GKESAGASNT ALDNVMITDE EEIKATNPVA TERFGTVAVN FQSSSTDPAT GDVHAMGALP GMVWQDRDVY LQGP IWAKI PHTDGHFHPS PLMGGFGLKN PPPQILIKNT PVPANPPAEF SATKFASFIT QYSTGQVSVE IEWELQKENS KRWNP EVQY TSNYAKSANV DFTVDNNGLY TEPRPIGTRY LTRPL

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.84 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.48 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4418
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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