[日本語] English
万見
- EMDB-29316: Cryo-EM structure of RNase-untreated RESC-B in trypanosomal RNA e... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29316
タイトルCryo-EM structure of RNase-untreated RESC-B in trypanosomal RNA editing
マップデータ
試料
  • 複合体: RESC5-tagged isolate without RNase treatment
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
    • RNA: x 2種
キーワードHEAT repeat / trypanosoma / RNA editing substrate binding complex / gRNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial mRNA stability / mitochondrial mRNA processing / RNA modification / mitochondrial mRNA editing complex / RNA metabolic process / mitochondrial RNA modification / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / cytidine to uridine editing / kinetoplast ...regulation of mitochondrial mRNA stability / mitochondrial mRNA processing / RNA modification / mitochondrial mRNA editing complex / RNA metabolic process / mitochondrial RNA modification / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / cytidine to uridine editing / kinetoplast / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / mRNA stabilization / post-transcriptional regulation of gene expression / RNA processing / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / Mitochondrial RNA binding protein / RNA-binding protein, putative / Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / Guide RNA binding protein / Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Liu S / Wang H / Li X / Zhang F / Lee JKJ / Li Z / Yu C / Zhao X / Hu JJ / Suematsu T ...Liu S / Wang H / Li X / Zhang F / Lee JKJ / Li Z / Yu C / Zhao X / Hu JJ / Suematsu T / Alvarez-Cabrera AL / Liu Q / Zhang L / Huang L / Aphasizheva I / Aphasizhev R / Zhou ZH
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1AI101057 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI152408 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural basis of gRNA stabilization and mRNA recognition in trypanosomal RNA editing.
著者: Shiheng Liu / Hong Wang / Xiaorun Li / Fan Zhang / Jane K J Lee / Zihang Li / Clinton Yu / Jason J Hu / Xiaojing Zhao / Takuma Suematsu / Ana L Alvarez-Cabrera / Qiushi Liu / Liye Zhang / Lan ...著者: Shiheng Liu / Hong Wang / Xiaorun Li / Fan Zhang / Jane K J Lee / Zihang Li / Clinton Yu / Jason J Hu / Xiaojing Zhao / Takuma Suematsu / Ana L Alvarez-Cabrera / Qiushi Liu / Liye Zhang / Lan Huang / Inna Aphasizheva / Ruslan Aphasizhev / Z Hong Zhou /
要旨: In , the editosome, composed of RNA-editing substrate-binding complex (RESC) and RNA-editing catalytic complex (RECC), orchestrates guide RNA (gRNA)-programmed editing to recode cryptic mitochondrial ...In , the editosome, composed of RNA-editing substrate-binding complex (RESC) and RNA-editing catalytic complex (RECC), orchestrates guide RNA (gRNA)-programmed editing to recode cryptic mitochondrial transcripts into messenger RNAs (mRNAs). The mechanism of information transfer from gRNA to mRNA is unclear owing to a lack of high-resolution structures for these complexes. With cryo-electron microscopy and functional studies, we have captured gRNA-stabilizing RESC-A and gRNA-mRNA-binding RESC-B and RESC-C particles. RESC-A sequesters gRNA termini, thus promoting hairpin formation and blocking mRNA access. The conversion of RESC-A into RESC-B or -C unfolds gRNA and allows mRNA selection. The ensuing gRNA-mRNA duplex protrudes from RESC-B, likely exposing editing sites to RECC-catalyzed cleavage, uridine insertion or deletion, and ligation. Our work reveals a remodeling event facilitating gRNA-mRNA hybridization and assembly of a macromolecular substrate for the editosome's catalytic modality.
履歴
登録2022年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_29316.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å		1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å		1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.1818361 - 2.1610267
平均 (標準偏差)0.00050814333 (±0.04142595)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 528.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_29316_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_29316_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : RESC5-tagged isolate without RNase treatment

全体名称: RESC5-tagged isolate without RNase treatment
要素
  • 複合体: RESC5-tagged isolate without RNase treatment
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 10 (RESC10)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 11 (RESC11)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 13 (RESC13)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 14 (RESC14)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 5 (RESC5)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 6 (RESC6)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 7 (RESC7)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 8 (RESC8)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-editing substrate-binding complex protein 9 (RESC9)
    • RNA: gRNA
    • RNA: mRNA

+
超分子 #1: RESC5-tagged isolate without RNase treatment

超分子名称: RESC5-tagged isolate without RNase treatment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #8-#11, #3-#7, #2, #1
詳細: CTS-tagged RESC5 purified from RNase-untreated mitochondrial extract by tandem affinity procedure
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

+
分子 #1: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 15.963094 KDa
配列文字列:
UAUAUAAUAG AAUAAGAUAA GUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU U

+
分子 #2: gRNA

分子名称: gRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 13.742247 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAUUU UUUUUUUUUU UUU

+
分子 #3: RNA-editing substrate-binding complex protein 5 (RESC5)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 5 (RESC5)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: RESC5 is tagged in situ in Trypanosoma brucei (5691), which shared the same native environment as other RESC proteins.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 43.469484 KDa
配列文字列: MLRHTSRNNA LHAFVRSPHY RTIPSAGPNG IVVNRDMLVH QFRDFYKTLQ HCSLVDKVHL MSERPSVEAL RVADQMVSIG ATFLEMPLT GMEHRATEFM ESMRYVRGAG GPSTLASYLQ DTENCRCNSG DVVCLPNGIA VGHGPRTNAV AHTTLKQLFE V KDDQFSFD ...文字列:
MLRHTSRNNA LHAFVRSPHY RTIPSAGPNG IVVNRDMLVH QFRDFYKTLQ HCSLVDKVHL MSERPSVEAL RVADQMVSIG ATFLEMPLT GMEHRATEFM ESMRYVRGAG GPSTLASYLQ DTENCRCNSG DVVCLPNGIA VGHGPRTNAV AHTTLKQLFE V KDDQFSFD VFTLEQEGDA PPLGDYFGFA GSNVLLTWKD EHGLLAVDQY QQKQPHTEMN VVYLEPGCHF LSFYGVDHTI DV LVQKGYE RSMDSIAAAG LNPIPVQWSE MDKLGISMRA AVLPLKFFKA NVGGMLSRNK SRGARWQTHQ LQKGSGSGSA SSG ASAAGS SGASASSGAS AAGSSGASAG HHHHHHHHHH SGSEDQVDPR LIDGKASAWS HPQFEKGGGS GGGSGGSAWS HPQF EK

UniProtKB: Mitochondrial RNA binding protein

+
分子 #4: RNA-editing substrate-binding complex protein 6 (RESC6)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 6 (RESC6)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 57.823484 KDa
配列文字列: MRSALRRCIL RHQGCLRMKQ SLSAFPTVVT GMTRHQGNSL IGTTHGAELS LAGDPQSVSH LSARNIATEA LQMKKLHQER GGNPMLAQQ ARRVLFATSI AGQNLDARSV ALLLNTAVYF GMESDAKLVR ECIDYCLKND KLITVDVLPI VVTACATLKS R DAREVIEM ...文字列:
MRSALRRCIL RHQGCLRMKQ SLSAFPTVVT GMTRHQGNSL IGTTHGAELS LAGDPQSVSH LSARNIATEA LQMKKLHQER GGNPMLAQQ ARRVLFATSI AGQNLDARSV ALLLNTAVYF GMESDAKLVR ECIDYCLKND KLITVDVLPI VVTACATLKS R DAREVIEM QAQKAARNAK FLDAKDVTNI ISAFSKTGIN HEKLFAFLSR RVQTLARVGE FEAAHLVILA NAFSRLRYRD KF LFGAIAR RAMSLRERVT VNELVPLIVA FSKIGLKDPK LSKRFATKAM EYVDQMNAEQ VASMFMAFAY FGIRYDQLFG VLT NRAVEL IDEFNAQYIS TTLNAFQRIG INNPELFDNL AERALAVVQD HDARDISKTV TALAHFGLKD EELFKRLASH AASI ADQFD AMGLVNTAHA FARTNFLQQD MAVALSERSV YVCRLLDAGE TRRLLWALAK FQVRDPKILT PVFNRCLALH YDFFA DPTG SEEIEEIFDF YGPNFCPPLY QLYISRGSTP QA

UniProtKB: Guide RNA binding protein

+
分子 #5: RNA-editing substrate-binding complex protein 7 (RESC7)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 7 (RESC7)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 18.669676 KDa
配列文字列:
MRSSRGILFL SGAFAIRGMS AYHSYQRLDT VSHTSKVYSL QMQRQTVHFT PITRLGVEAT ANPTTATNAT GQTGDGDGAT ALDVAMRVN KLKRLHQTGG GPSGKKQVEL DAWRDLNNLT EAQINSAEGK AVSLLLNSWA YFAKYWEKGA EGPSASLSEV T PSNDSSSA GEHGTQ

UniProtKB: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit

+
分子 #6: RNA-editing substrate-binding complex protein 8 (RESC8)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 8 (RESC8)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 61.109809 KDa
配列文字列: MLNVLSSTAS AALATVVVAR PSALHLIFER CKLNLVEFTA QDVYQICTTA YNMDTLGMLQ DPDFMRGLHD AFRRSDQTVI SPFQANLIA DTFRKVGINS MPKEVSVPEE DAISPESLIL VLRNMNITKQ RDERKINEVL KLMFPILDEF SPTQLSLTVT E LARLKSTN ...文字列:
MLNVLSSTAS AALATVVVAR PSALHLIFER CKLNLVEFTA QDVYQICTTA YNMDTLGMLQ DPDFMRGLHD AFRRSDQTVI SPFQANLIA DTFRKVGINS MPKEVSVPEE DAISPESLIL VLRNMNITKQ RDERKINEVL KLMFPILDEF SPTQLSLTVT E LARLKSTN ADFVGKLAKR IMEYNDDLSA LDISSAAVSL AYCPGISHNI LYRMMQIVEE RMGEFQPEDY INVLHALNTL GP KFVNTFR KIVECGLQHV ENMDAVTLTN YMVCFSTMDY KQREHIDIYA DALVEVATDL SEKDLVMAFI ALQRLRLLSD TMF GTMASC VIRYAAKMDP RNIAPIMDIC STVPHASDHL MKVLMDRAVE CTRILTANQL GDILDILGLY PPAREHPLVQ LFGK QARLR LDLMGPDALA NATRGLANLG YADPEYYAQA AETGFRYGFK DWTLLEPMLM GLSITGQCPP TMVRVLGSHI APMAR SMSL MEIERANRYL RRLGCEDDFV YKAMASRVLQ FVKEVTPEMP EDLQVLLQRG AVEPGAAPGV M

UniProtKB: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit

+
分子 #7: RNA-editing substrate-binding complex protein 9 (RESC9)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 9 (RESC9)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 96.668219 KDa
配列文字列: MLLPTLERLL ERCGRPIFSN VEDVRMVMAS LLDISAYVDR ASTKVIAKPL RRFCHKDPDT VASVMEAVPI DAAEPTHGRR AAMLLRCLP KHSCDEVIWE RAVAATLAGL KSRKWDLHDY RVAMAHAGRG GRHAPALAAA AEEFVSSSAR TASQSELPAL L VILTSLPE ...文字列:
MLLPTLERLL ERCGRPIFSN VEDVRMVMAS LLDISAYVDR ASTKVIAKPL RRFCHKDPDT VASVMEAVPI DAAEPTHGRR AAMLLRCLP KHSCDEVIWE RAVAATLAGL KSRKWDLHDY RVAMAHAGRG GRHAPALAAA AEEFVSSSAR TASQSELPAL L VILTSLPE LKRSPCLQVA ADRIVQLSEI LSPAAIGQIC ASVNKVSFRH TAMAIALQEE AIRFAEESDL FSAVQLFSFI CQ QEKEAIS PDAVKCLAER VIEGKDLDQE TVSVLCRALR SIPRPHRPEL LREIGEMMEF LGGEVKELLE LPVAKGGLKG DVS AGDIQS FISKFLSLDG LLPADHDRPG TYMAAIVACV DYITERLEDI VSDENPPFSI IPHLLNINME ETRRCGQAII REAA EQGIH FPTLQVFRFL LALGDHNMRD QRVYRHLRNE FAKTASDIPM IQLCAALKCF VRGLMQNVET QSLDEQVEHE LEKED MDAF LRFCVENLRR GFADGMEVKC VMAATESLYQ LGYTSTEFYE QVARYLGSKC SSASASVNSS ETATAVCLAL GEDILD RHP DVHTFLLEVE KSGLKGEASL SPTEWMNKND PANFITPLTE IQQEGWNIIN RMVETRAADT EKLTALANEY VAILKST RV DDLKYFFGVF EEKVFKQDRI LKQCLDYLVE SNAAVKLSAT SIGAMLNSLA AIRFTYHRSV KQFMIAISTE QWSEMDAS P LVKIVSAMAK LSLRLPQVLV HVGDRLLDVY TFLSPLDTAL VINSLQSIGY GNDEVLMMLM RHAASSARRW DEVSLTLLF GASGVHRLLR NVEVAAPLLE QAAGKTSSPH LRQRIAASLR RSALPRALVQ SSTSLLTGGA HEVVNNPPLQ LV

UniProtKB: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit

+
分子 #8: RNA-editing substrate-binding complex protein 10 (RESC10)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 10 (RESC10)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 60.563676 KDa
配列文字列: MRRRVVLCCQ DVGSLLSSKH SVHSGIGYHE RVFSRNLLYR RYPVVTVLPK AGFTVLDTKR WIASSGPPVT GSPLSPVTNP SLNVGTGGG EAVAMEGPLP VSYSPGSGVN GSLPVTSTAI TAHCDVLSEC VAKADELAVQ LKAQNALSAS AEILTQEGME E FVEELKTS ...文字列:
MRRRVVLCCQ DVGSLLSSKH SVHSGIGYHE RVFSRNLLYR RYPVVTVLPK AGFTVLDTKR WIASSGPPVT GSPLSPVTNP SLNVGTGGG EAVAMEGPLP VSYSPGSGVN GSLPVTSTAI TAHCDVLSEC VAKADELAVQ LKAQNALSAS AEILTQEGME E FVEELKTS ATNEMTALVK QMQTTPLLQR AGMHELRRTL YYTTSLKERD WLEEKQYTAA MRMLTVEVLR RDGDGVLSAD DV LYVTTHV VTANFYNRHL WNRMEKSLLK FSNYENIDMS SVKAFSTRLF KTRRGCAKET LDIRRKVLLA MSRRVGVLAN DFD LPSLLG VLQCYTVHDL TPFHLEPLAI RATNHVGDFT PHECATLAHV LRKWRTMRLE VCERLVERIC TSDQLTHHMA NAAM IAIRT CFNQVSDGGR NAMNAEPTRQ KLRAMGEQIG CRLDEVEYPA LPVILSILDV VVTLKIYVPK KCLQVIFSQA NDMVA IVME QKDDLVDPKT GKRVRPITAE EGRQLQALLS HYGNDLAPEL SQRMKEAFRE GVLPDEASL

UniProtKB: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit

+
分子 #9: RNA-editing substrate-binding complex protein 11 (RESC11)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 11 (RESC11)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 103.585086 KDa
配列文字列: MYRLYRRTVG YQSLHQRLSA CHVMCRHVST DNSDGTTPPK PRRSGIRRVV PSDEEMAELH DLEQEVASTT SSRSKQSALS GVMVEPMRF STSGGSGMEG DGDDLGELEA EGDEEGVGTN SLAEAENVYK RHNDGGALEK QGLAIPPSGK PTDPLLANRD D EGEGGAVP ...文字列:
MYRLYRRTVG YQSLHQRLSA CHVMCRHVST DNSDGTTPPK PRRSGIRRVV PSDEEMAELH DLEQEVASTT SSRSKQSALS GVMVEPMRF STSGGSGMEG DGDDLGELEA EGDEEGVGTN SLAEAENVYK RHNDGGALEK QGLAIPPSGK PTDPLLANRD D EGEGGAVP LSQAEEMTVS RSTLERQACV RSLSLEELVE AVTLYLRATK NPRLVSADEE HIFFPVLMER LNEFHVSQLL DV VECHWAR STLVRYGTTF KDMVRDRIAL IATAAAKSAS KRPAAAGKSG NDNRDGGAVE EEADDYDEQG DAVYVHEAEE KTS DLIILR AAEEMSPETV LRCIIVMGMS AGRRKRDLQF FQAMGMFLVH HINHYKDPHE LVRVLTAFAR AKIVPPKRFL ALLG RRFAV LNKRKKLGSL PSYRAFVNLY KMGHDQMNTF RFLADCILET IDSNIKAEKK RLRLAQLQSS SNITAATTNE NGATN ESGC GGSTSSSNPT VTNITGAGDL KATHTSEGAS DVAFIGDLDP HLLQNLRARE RFKRLTELKP SMFTKLLLVL ARFGAP HQQ YLRPTTVPLI LPTLRAFPPP SFTRLLRAMS LFRTTDLDLI EPVIDFMADS LGPTNVVPAD VLQMVRLVAP PDVPVPR NL VKLISLCEAV YSSSASFSHS DGKSSDSADA AACAMTTLSP IRPGDMCAVA VVLLKIQMKD DVPLEALDPL TRLMEFFA E RMYLLMKLHI VSLTHVDVFT DLCRQQQHPD VSGHIERLCA ERRRVNDAEG DDEYYSQLDI DVRETLHRIL IVNDYNTYG QYRPTPGVLQ VDFKQALTEV SAFDVLEAAD LFAQAFSNAL KPAVERHLSR SIIAKLDGGG EEVITEGNSI VLRPPRELLL TREDLGKFV CLLQRTPLRR VRASPVVWRF VEEKAKKLGM DDVLRVVENK LATAV

UniProtKB: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit

+
分子 #10: RNA-editing substrate-binding complex protein 13 (RESC13)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 13 (RESC13)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 32.445303 KDa
配列文字列: MKRTPVRVLN ATVAFLQGWG GGSSGGGWGS DDGPGNGSGG GGSGGRGGWG SGGGGGGGWG SGGGGNGGWG SGGGGGGGWG SGGGGRGSG GGSNGGWGSG RGGSAHGFSN PWNDGDAGWR GAATGARANR GRGGFRRGRG GADDGVWGQP NVVDEEAWTA A PPSFNPPV ...文字列:
MKRTPVRVLN ATVAFLQGWG GGSSGGGWGS DDGPGNGSGG GGSGGRGGWG SGGGGGGGWG SGGGGNGGWG SGGGGGGGWG SGGGGRGSG GGSNGGWGSG RGGSAHGFSN PWNDGDAGWR GAATGARANR GRGGFRRGRG GADDGVWGQP NVVDEEAWTA A PPSFNPPV RRVDPLTLTA VEVEIDGIKK LVGQRVQVSG LSDETTWHTL KDHLRQAGEV TFCKVFSGGR AVVEFVTPED AA RAITELQ ASELEGATLF LREDREDTVL VNTRRKIREV RDAQLRARKE EMEKKRREQA IAEGDCSAPA PPAEVAGDAS QKV

UniProtKB: RNA-binding protein, putative

+
分子 #11: RNA-editing substrate-binding complex protein 14 (RESC14)

分子名称: RNA-editing substrate-binding complex protein 14 (RESC14)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
分子量理論値: 41.293148 KDa
配列文字列: MRSGRKLGCF TNRLRLPFFS PCSQITALTA SHRCKSYVLK FLRGQLPEDL KDVNGALGCL YGTLPDVDEF GQFVISPDVV NSFHQFGYV KMPIPVLDHQ QIDKLADEVN ELANNVEHHP KTERLYATSL ADLTGGPLFF CQGQWRAAWG MHDLIYLPTI T VAASQILN ...文字列:
MRSGRKLGCF TNRLRLPFFS PCSQITALTA SHRCKSYVLK FLRGQLPEDL KDVNGALGCL YGTLPDVDEF GQFVISPDVV NSFHQFGYV KMPIPVLDHQ QIDKLADEVN ELANNVEHHP KTERLYATSL ADLTGGPLFF CQGQWRAAWG MHDLIYLPTI T VAASQILN NSLVRLWYDE VFMKAARTGP CVPWQQNYAR WQHTKPVNHV TVMIALDTMN KDRGAPCLVP GSHRWREGGL LP PVSYDPT KDEAHQLNTI WEIINEEEGE MLMDTPPVTV DLRRGEALLI HPLTLFATHG NRSLDAVRCC FIHYMGEKTY AVQ NGPLLP HTTKFQADAM IQGPFYPVVF DPAMTEELTM LPTAPSEEEA

UniProtKB: Phytanoyl-CoA dioxygenase

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62372
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る