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- EMDB-29284: Human PTH1R in complex with PTHrP and Gs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29284
タイトルHuman PTH1R in complex with PTHrP and Gs
マップデータMain map sharpened (resized to 0.85 angstrom/px)
試料
  • 複合体: PTHrP bound to the PTH1R in complex with G protein
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody35
    • タンパク質・ペプチド: PTHrP[1-36]
    • タンパク質・ペプチド: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
  • リガンド: water
キーワードGPCR / agonist / hormone / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / parathyroid hormone receptor activity / cAMP metabolic process / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / peptide hormone receptor binding ...negative regulation of chondrocyte development / regulation of chondrocyte differentiation / parathyroid hormone receptor activity / cAMP metabolic process / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / osteoblast development / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / peptide hormone receptor binding / bone mineralization / PKA activation in glucagon signalling / peptide hormone binding / hair follicle placode formation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / developmental growth / D1 dopamine receptor binding / epidermis development / intracellular transport / renal water homeostasis / bone resorption / chondrocyte differentiation / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / cell maturation / cellular response to glucagon stimulus / adenylate cyclase activator activity / regulation of insulin secretion / trans-Golgi network membrane / skeletal system development / female pregnancy / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / bone development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein activity / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / platelet aggregation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / cognition / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / intracellular calcium ion homeostasis / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of smell / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / cell-cell signaling / GTPase binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / regulation of gene expression / G alpha (s) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / basolateral plasma membrane / G alpha (q) signalling events / in utero embryonic development / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. ...Parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Parathyroid hormone-related protein / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Cary BP / Belousoff MJ / Piper SJ / Wootten D / Sexton PM
資金援助 オーストラリア, 4件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)IC200100052 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1155302 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1154434 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1150083 オーストラリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Molecular insights into peptide agonist engagement with the PTH receptor.
著者: Brian P Cary / Elliot J Gerrard / Matthew J Belousoff / Madeleine M Fletcher / Yan Jiang / Isabella C Russell / Sarah J Piper / Denise Wootten / Patrick M Sexton /
要旨: The parathyroid hormone (PTH) 1 receptor (PTH1R) is a G protein-coupled receptor (GPCR) that regulates skeletal development and calcium homeostasis. Here, we describe cryo-EM structures of the PTH1R ...The parathyroid hormone (PTH) 1 receptor (PTH1R) is a G protein-coupled receptor (GPCR) that regulates skeletal development and calcium homeostasis. Here, we describe cryo-EM structures of the PTH1R in complex with fragments of the two hormones, PTH and PTH-related protein, the drug abaloparatide, as well as the engineered tool compounds, long-acting PTH (LA-PTH) and the truncated peptide, M-PTH(1-14). We found that the critical N terminus of each agonist engages the transmembrane bundle in a topologically similar fashion, reflecting similarities in measures of Gαs activation. The full-length peptides induce subtly different extracellular domain (ECD) orientations relative to the transmembrane domain. In the structure bound to M-PTH, the ECD is unresolved, demonstrating that the ECD is highly dynamic when unconstrained by a peptide. High resolutions enabled identification of water molecules near peptide and G protein binding sites. Our results illuminate the action of orthosteric agonists of the PTH1R.
履歴
登録2022年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29284.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map sharpened (resized to 0.85 angstrom/px)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 244.8 Å		0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 244.8 Å		0.85 Å/pix.
x 288 pix.
= 244.8 Å

表面

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.66
最小 - 最大-3.9998682 - 5.873499
平均 (標準偏差)-0.002277249 (±0.11222818)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 244.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Main map usharpened (resized to 0.85 angstrom/px)

ファイルemd_29284_additional_1.map
注釈Main map usharpened (resized to 0.85 angstrom/px)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_29284_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29284_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29284_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PTHrP bound to the PTH1R in complex with G protein

全体名称: PTHrP bound to the PTH1R in complex with G protein
要素
  • 複合体: PTHrP bound to the PTH1R in complex with G protein
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody35
    • タンパク質・ペプチド: PTHrP[1-36]
    • タンパク質・ペプチド: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
  • リガンド: water

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超分子 #1: PTHrP bound to the PTH1R in complex with G protein

超分子名称: PTHrP bound to the PTH1R in complex with G protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.683434 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ AALKLFDSIW NNKWLRDTSV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCA VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.413863 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.375332 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
NTASIAQARK LVEQLKMEAN IDRIKVSKAA ADLMAYCEAH AKEDPLLTPV PASENPFR

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Nanobody35

分子名称: Nanobody35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.885439 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSS

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分子 #5: PTHrP[1-36]

分子名称: PTHrP[1-36] / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.269908 KDa
配列文字列:
AVSEHQLLHD KGKSIQDLRR RFFLHHLIAE IHTAEI

UniProtKB: Parathyroid hormone-related protein

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分子 #6: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor

分子名称: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.513758 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PADDVMTKEE QIFLLHRAQA QCEKRLKEVL QRPASIMESD KGWTSASTSG KPRKDKASG KLYPESEEDK EAPTGSRYRG RPCLPEWDHI LCWPLGAPGE VVAVPCPDYI YDFNHKGHAY RRCDRNGSWE L VPGHNRTW ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PADDVMTKEE QIFLLHRAQA QCEKRLKEVL QRPASIMESD KGWTSASTSG KPRKDKASG KLYPESEEDK EAPTGSRYRG RPCLPEWDHI LCWPLGAPGE VVAVPCPDYI YDFNHKGHAY RRCDRNGSWE L VPGHNRTW ANYSECVKFL TNETREREVF DRLGMIYTVG YSVSLASLTV AVLILAYFRR LHCTRNYIHM HLFLSFMLRA VS IFVKDAV LYSGATLDEA ERLTEEELRA IAQAPPPPAT AAAGYAGCRV AVTFFLYFLA TNYYWILVEG LYLHSLIFMA FFS EKKYLW GFTVFGWGLP AVFVAVWVSV RATLANTGCW DLSSGNKKWI IQVPILASIV LNFILFINIV RVLATKLRET NAGR CDTRQ QYRKLLKSTL VLMPLFGVHY IVFMATPYTE VSGTLWQVQM HYEMLFNSFQ GFFVAIIYCF CNGEVQAEIK KSWSR WTLA LDFKRKARSG SSSYSYGPMV SHTSVTNVGP RVGLGLPLSP RLLPTATTNG HPQLPGHAKP GTPALETLET TPPAMA APK DDGFLNGSCS GLDEEASGPE RPPALLQEEW ETVMPAGLEV LFQGPHHHHH HHH

UniProtKB: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 10 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.66 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.1 mMC9H15O6PTCEP
0.01 percentC47H88O22LMNG
6e-05 percentC31H50O4CHS

詳細: Buffer also contained 2 micromolar PTHrP peptide.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA current, negative polarity
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4553 / 平均露光時間: 7.39 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2140434
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 395975
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6nbf

chain_id: R, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6x18

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-8flr:
Human PTH1R in complex with PTHrP and Gs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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