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- EMDB-29280: Cas1-Cas2/3 integrase and IHF bound to CRISPR leader, repeat and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29280
タイトルCas1-Cas2/3 integrase and IHF bound to CRISPR leader, repeat and foreign DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Cas1-Cas2/3 integrase and IHF bound to CRISPR leader, repeat and foreign DNA
    • 複合体: Cas1-Cas2/3 heterohexameric integrase
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas1
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
    • 複合体: IHF heterodimer
      • タンパク質・ペプチド: Integration host factor subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Integration host factor subunit beta
    • 複合体: CRISPR leader, repeat, and prespacer DNA annealed to mimic a half-site integration intermediate.
      • DNA: CRISPR leader, sense strand of DNA
      • DNA: CRISPR leader and repeat, anti-sense strand of DNA
      • DNA: CRISPR repeat and prespacer, sense strand of DNA
      • DNA: Prespacer, anti-sense strand of DNA
キーワードDNA integration / maintenance of CRISPR repeat elements / IHF-DNA complex / Enzymes altering nucleic acid conformation / Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific / Nucleotidyltransferases / GO:0008301 / RECOMBINATION / DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of chromatin / regulation of translation / chromosome / defense response to virus / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of chromatin / regulation of translation / chromosome / defense response to virus / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helicase Cas3, CRISPR-associated, Yersinia-type / : / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, I-F/YPEST, Cas2 domain / CRISPR-associated Cas3 subtype I-F/YPEST-like, C-terminal domain / Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / Cas3, HD domain / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, C-terminal ...Helicase Cas3, CRISPR-associated, Yersinia-type / : / : / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, I-F/YPEST, Cas2 domain / CRISPR-associated Cas3 subtype I-F/YPEST-like, C-terminal domain / Integration host factor, alpha subunit / Integration host factor, beta subunit / CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / Cas3, HD domain / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3, C-terminal / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / HD Cas3-type domain profile. / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas1 / CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST / Integration host factor subunit alpha / Integration host factor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Santiago-Frangos A / Henriques WS / Wiegand T / Gauvin C / Buyukyoruk M / Neselu K / Eng ET / Lander GC / Wiedenheft B
資金援助 米国, 11件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM147842 米国
Life Sciences Research Foundation
Simons Foundation 米国
M.J. Murdock Charitable Trust
National Science Foundation (NSF, United States)1828765 米国
NIH Common Fund Transformative High Resolution Cryo-Electron Microscopy programGM129539
Simons FoundationSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134867 米国
Amgen
Montana State University Agricultural Experimental Station (USDA NIFA)
VIRIS Detection Systems
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure reveals why genome folding is necessary for site-specific integration of foreign DNA into CRISPR arrays.
著者: Andrew Santiago-Frangos / William S Henriques / Tanner Wiegand / Colin C Gauvin / Murat Buyukyoruk / Ava B Graham / Royce A Wilkinson / Lenny Triem / Kasahun Neselu / Edward T Eng / Gabriel C ...著者: Andrew Santiago-Frangos / William S Henriques / Tanner Wiegand / Colin C Gauvin / Murat Buyukyoruk / Ava B Graham / Royce A Wilkinson / Lenny Triem / Kasahun Neselu / Edward T Eng / Gabriel C Lander / Blake Wiedenheft /
要旨: Bacteria and archaea acquire resistance to viruses and plasmids by integrating fragments of foreign DNA into the first repeat of a CRISPR array. However, the mechanism of site-specific integration ...Bacteria and archaea acquire resistance to viruses and plasmids by integrating fragments of foreign DNA into the first repeat of a CRISPR array. However, the mechanism of site-specific integration remains poorly understood. Here, we determine a 560-kDa integration complex structure that explains how Pseudomonas aeruginosa Cas (Cas1-Cas2/3) and non-Cas proteins (for example, integration host factor) fold 150 base pairs of host DNA into a U-shaped bend and a loop that protrude from Cas1-2/3 at right angles. The U-shaped bend traps foreign DNA on one face of the Cas1-2/3 integrase, while the loop places the first CRISPR repeat in the Cas1 active site. Both Cas3 proteins rotate 100 degrees to expose DNA-binding sites on either side of the Cas2 homodimer, which each bind an inverted repeat motif in the leader. Leader sequence motifs direct Cas1-2/3-mediated integration to diverse repeat sequences that have a 5'-GT. Collectively, this work reveals new DNA-binding surfaces on Cas2 that are critical for DNA folding and site-specific delivery of foreign DNA.
履歴
登録2022年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29280.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29280.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 409.728 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 409.728 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 409.728 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.6
最小 - 最大-22.553097000000001 - 42.120663
平均 (標準偏差)0.0007603867 (±1.0002414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 409.72803 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29280_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29280_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cas1-Cas2/3 integrase and IHF bound to CRISPR leader, repeat and ...

全体名称: Cas1-Cas2/3 integrase and IHF bound to CRISPR leader, repeat and foreign DNA
要素
  • 複合体: Cas1-Cas2/3 integrase and IHF bound to CRISPR leader, repeat and foreign DNA
    • 複合体: Cas1-Cas2/3 heterohexameric integrase
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas1
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
    • 複合体: IHF heterodimer
      • タンパク質・ペプチド: Integration host factor subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Integration host factor subunit beta
    • 複合体: CRISPR leader, repeat, and prespacer DNA annealed to mimic a half-site integration intermediate.
      • DNA: CRISPR leader, sense strand of DNA
      • DNA: CRISPR leader and repeat, anti-sense strand of DNA
      • DNA: CRISPR repeat and prespacer, sense strand of DNA
      • DNA: Prespacer, anti-sense strand of DNA

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超分子 #1: Cas1-Cas2/3 integrase and IHF bound to CRISPR leader, repeat and ...

超分子名称: Cas1-Cas2/3 integrase and IHF bound to CRISPR leader, repeat and foreign DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
分子量理論値: 122 KDa

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超分子 #2: Cas1-Cas2/3 heterohexameric integrase

超分子名称: Cas1-Cas2/3 heterohexameric integrase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #8
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)

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超分子 #3: IHF heterodimer

超分子名称: IHF heterodimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)

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超分子 #4: CRISPR leader, repeat, and prespacer DNA annealed to mimic a half...

超分子名称: CRISPR leader, repeat, and prespacer DNA annealed to mimic a half-site integration intermediate.
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#7

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分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas1

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 38.267148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MWSHPQFEKE NLYFQGSMDD ISPSELKTIL HSKRANLYYL QHCRVLVNGG RVEYVTDEGR HSHYWNIPIA NTTSLLLGTG TSITQAAMR ELARAGVLVG FCGGGGTPLF SANEVDVEVS WLTPQSEYRP TEYLQRWVGF WFDEEKRLVA ARHFQRARLE R IRHSWLED ...文字列:
MWSHPQFEKE NLYFQGSMDD ISPSELKTIL HSKRANLYYL QHCRVLVNGG RVEYVTDEGR HSHYWNIPIA NTTSLLLGTG TSITQAAMR ELARAGVLVG FCGGGGTPLF SANEVDVEVS WLTPQSEYRP TEYLQRWVGF WFDEEKRLVA ARHFQRARLE R IRHSWLED RVLRDAGFAV DATALAVAVE DSARALEQAP NHEHLLTEEA RLSKRLFKLA AQATRYGEFV RAKRGSGGDP AN RFLDHGN YLAYGLAATA TWVLGIPHGL AVLHGKTRRG GLVFDVADLI KDSLILPQAF LSAMRGDEEQ DFRQACLDNL SRA QALDFM IDTLKDVAQR STVSA

UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas1

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分子 #2: Integration host factor subunit alpha

分子名称: Integration host factor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 11.646299 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GPMGALTKAE IAERLYEELG LNKREAKELV ELFFEEIRQA LEHNEQVKLS GFGNFDLRDK RQRPGRNPKT GEEIPITARR VVTFRPGQK LKARVEAYAG TKS

UniProtKB: Integration host factor subunit alpha

+
分子 #3: Integration host factor subunit beta

分子名称: Integration host factor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 10.805378 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GPMTKSELIE RIVTHQGQLS AKDVELAIKT MLEQMSQALA TGDRIEIRGF GSFSLHYRAP RVGRNPKTGE SVRLDGKFVP HFKPGKELR DRVNEPE

UniProtKB: Integration host factor subunit beta

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分子 #8: CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST

分子名称: CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 121.27368 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNILLVSQCE KRALSETRRI LDQFAERRGE RTWQTPITQA GLDTLRRLLK KSARRNTAVA CHWIRGRDHS ELLWIVGDAS RFNAQGAVP TNRTCRDILR KEDENDWHSA EDIRLLTVMA ALFHDIGKAS QAFQAKLRNR GKPMADAYRH EWVSLRLFEA F VGPGSSDE ...文字列:
MNILLVSQCE KRALSETRRI LDQFAERRGE RTWQTPITQA GLDTLRRLLK KSARRNTAVA CHWIRGRDHS ELLWIVGDAS RFNAQGAVP TNRTCRDILR KEDENDWHSA EDIRLLTVMA ALFHDIGKAS QAFQAKLRNR GKPMADAYRH EWVSLRLFEA F VGPGSSDE DWLRRLADKR ETGDAWLSQL ARDDRQSAPP GPFQKSRLPP LAQAVGWLIV SHHRLPNGDH RGSASLARLP AP IQSQWCG ARDADAKEKA ACWQFPHGLP FASAHWRART ALCAQSMLER PGLLARGPAL LHDSYVMHVS RLILMLADHH YSS LPADSR LGDPNFPLHA NTDRDSGKLK QRLDEHLLGV ALHSRKLAGT LPRLERQLPR LARHKGFTRR VEQPRFRWQD KAYD CAMAC REQAMEHGFF GLNLASTGCG KTLANGRILY ALADPQRGAR FSIALGLRSL TLQTGQAYRE RLGLGDDDLA ILVGG SAAR ELFEKQQERL ERSGSESAQE LLAENSHVHF AGTLEDGPLR EWLGRNSAGN RLLQAPILAC TIDHLMPASE SLRGGH QIA PLLRLMTSDL VLDEVDDFDI DDLPALSRLV HWAGLFGSRV LLSSATLPPA LVQGLFEAYR SGREIFQRHR GAPGRAT EI RCAWFDEFSS QSSAHGAVTS FSEAHATFVA QRLAKLEQLP PRRQAQLCTV HAAGEARPAL CRELAGQMNT WMADLHRC H HTEHQGRRIS FGLLRLANIE PLIELAQAIL AQGAPEGLHV HLCVYHSRHP LLVRSAIERQ LDELLKRSDD DAAALFARP TLAKALQAST ERDHLFVVLA SPVAEVGRDH DYDWAIVEPS SMRSIIQLAG RIRRHRSGFS GEANLYLLSR NIRSLEGQNP AFQRPGFET PDFPLDSHDL HDLLDPALLA RIDASPRIVE PFPLFPRSRL VDLEHRRLRA LMLADDPPSS LLGVPLWWQT P ASLSGALQ TSQPFRAGAK ERCYALLPDE DDEERLHFSR YEEGTWSNQD NLLRNLDLTY GPRIQTWGTV NYREELVAMA GR EDLDLRQ CAMRYGEVRL RENTQGWSYH PYLGFKKYN

UniProtKB: CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST

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分子 #4: CRISPR leader, sense strand of DNA

分子名称: CRISPR leader, sense strand of DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 42.935559 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC) (DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC) (DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DG) (DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DT) (DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DA)

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分子 #5: CRISPR leader and repeat, anti-sense strand of DNA

分子名称: CRISPR leader and repeat, anti-sense strand of DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
分子量理論値: 52.701645 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC) (DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC) ...文字列:
(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC) (DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA) (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG) (DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC) (DC)(DT)(DC)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DA)(DC)(DT) (DT)(DG)(DC)(DT) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT) (DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)

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分子 #6: CRISPR repeat and prespacer, sense strand of DNA

分子名称: CRISPR repeat and prespacer, sense strand of DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 18.241707 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT) (DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT) (DG) (DT)(DA)(DG)(DG)(DC) ...文字列:
(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT) (DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT) (DG) (DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC) (DA)

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分子 #7: Prespacer, anti-sense strand of DNA

分子名称: Prespacer, anti-sense strand of DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.263364 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris-HCl
200.0 mMMonopotassium glutamate
5.0 mMEDTA
1.0 mMTCEP
0.2 %Glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
詳細: Grids were glow discharged at 15 mA for 15 seconds with a 10 second hold (easiGlow, Pelco).
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 実像数: 10740 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 69.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 46860 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Patch motion correction and patch CTF correction were performed in cryoSPARC.
粒子像選択選択した数: 5846923 / 詳細: Template picking
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The published structure of the P. aeruginosa Cas1 homodimer (PDB:3GOD) was used as starting models for the two Cas1 homodimers in this complex. The Colabfold-predicted models for the P. ...詳細: The published structure of the P. aeruginosa Cas1 homodimer (PDB:3GOD) was used as starting models for the two Cas1 homodimers in this complex. The Colabfold-predicted models for the P. aeruginosa IHF heterodimer, and the P. aeruginosa Cas2/3 subunit were used as starting models. The conformation of the DNA sequences within the E. coli IHF-DNA co-crystal structure (PDB: 1IHF) was used as starting models for DNA segments within the IHFdistal and IHFproximal DNA bends. For all other double stranded DNA segments, B-form DNA was used as a starting model. Single-stranded DNA segments were built in de novo.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 366794
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 275750 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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