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万見
- EMDB-29245: Cryo-EM structure of native mosquito salivary gland surface prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29245
タイトルCryo-EM structure of native mosquito salivary gland surface protein 1 (SGS1)
マップデータ
試料
  • 複合体: salivary gland surface protein 1 (SGS1)
    • タンパク質・ペプチド: salivary gland surface protein 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性Tox-SGS domain / Salivary glad secreted protein domain toxin / Rhs repeat-associated core / 生体膜 / AAEL009993-PA
機能・相同性情報
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ) / yellow fever mosquito (ネッタイシマカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liu S / Xia X / Calvo E / Zhou ZH
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI001246 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Native structure of mosquito salivary protein uncovers domains relevant to pathogen transmission.
著者: Shiheng Liu / Xian Xia / Eric Calvo / Z Hong Zhou /
要旨: Female mosquitoes inject saliva into vertebrate hosts during blood feeding. This process transmits mosquito-borne human pathogens that collectively cause ~1,000,000 deaths/year. Among the most ...Female mosquitoes inject saliva into vertebrate hosts during blood feeding. This process transmits mosquito-borne human pathogens that collectively cause ~1,000,000 deaths/year. Among the most abundant and conserved proteins secreted by female salivary glands is a high-molecular weight protein called salivary gland surface protein 1 (SGS1) that facilitates pathogen transmission, but its mechanism remains elusive. Here, we determine the native structure of SGS1 by the cryoID approach, showing that the 3364 amino-acid protein has a Tc toxin-like Rhs/YD shell, four receptor domains, and a set of C-terminal daisy-chained helices. These helices are partially shielded inside the Rhs/YD shell and poised to transform into predicted transmembrane helices. This transformation, and the numerous receptor domains on the surface of SGS1, are likely key in facilitating sporozoite/arbovirus invasion into the salivary glands and manipulating the host's immune response.
履歴
登録2022年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29245.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.099575296 - 0.18934736
平均 (標準偏差)-1.0288636e-05 (±0.004426146)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 408.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29245_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29245_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : salivary gland surface protein 1 (SGS1)

全体名称: salivary gland surface protein 1 (SGS1)
要素
  • 複合体: salivary gland surface protein 1 (SGS1)
    • タンパク質・ペプチド: salivary gland surface protein 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: salivary gland surface protein 1 (SGS1)

超分子名称: salivary gland surface protein 1 (SGS1) / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

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分子 #1: salivary gland surface protein 1

分子名称: salivary gland surface protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: yellow fever mosquito (ネッタイシマカ)
分子量理論値: 380.453688 KDa
配列文字列: MLRIKEVKKY NNRLGFPAGK EVRIRPLLEA GGFARGPIYV KYGRELSKHD PSSRSMAWNA TVFDTALNHP TRPWTVTVVG GKKMVLGVR KEGLGFSEDD PPRSLNVKGG DDMADENYGG GNSTIVLVKS GGKDFAIGLD DLKELNSFGI GAGNGKLSLA L GNPVNVLT ...文字列:
MLRIKEVKKY NNRLGFPAGK EVRIRPLLEA GGFARGPIYV KYGRELSKHD PSSRSMAWNA TVFDTALNHP TRPWTVTVVG GKKMVLGVR KEGLGFSEDD PPRSLNVKGG DDMADENYGG GNSTIVLVKS GGKDFAIGLD DLKELNSFGI GAGNGKLSLA L GNPVNVLT GVVLPVEQRD GSVAYVAVNS DTKSVIYKVD AKGLQKNQKI DVNVRASAEK ILLTKNNELL HISPQGLNVY SV QGSASTF KYFCPYFSSF GGWSRRFVDT VTLMDEGGNQ EALIGTGPKG IEYMPVDEKC KNYVVEGVQD AKHAVVAPGA TKE GNDIKV LGVYNGELCL LTLEVVDAVE PKLDQGSPAK PSAERVKATK SSKVTVRSGA LSKPVSWLRD SLDEASFKNI VDKL SGKIR FSFPLVDLQG RMGLPIKLVV YYDESDGEDM SVLGRHWTLG RDCIVLDHGN TVFEDKQDYY LVKDQMKIRL ERDWT KPSA NGKVLFNMVG NKDATFEYTA REEKWEVSDG KIRYVYGMNN QGVVSVPGWA DWYGPSANYD SKKIHSVQWN LVEISS VAH RDVKLKYTYT PLDPSTHTMH LLSITDDSNK TTIKFSYKTI EGLGKQVSSG LVKEHKFINN KLLEKVEIDS PSTAQVL KL TSTKIDSLYY LESIKQDDDP DPVLGFEYNK DDKLKPRVQQ IRLPSKSVVD FKYTKQAIAT QQFEQEIAKM ADLYTGNE Y SLEIEKTVGE TDLYVRLKDS AGKNDFIKNQ SIRIESYRGF KIKSYSPFMM HSYIAILVRY AEEKEKLHNK IYILNKGED DSWKLDTTNN NSRVSEDKKF KYDFQEDSFV YYHSKKVHFE YKKSGTKVWS YTSKDIGDVD AFTLMNRGAV YCKNDLVLIR WDALGKLQQ ETLSDAKSKP SISDVDTFFE YIDVQGTFPE DEAEAKKEVD DYKRDLKESL SDYGLILYNN VVALRTIKLS F TGRITVKV LLYLLKHDYT VSSRSSIELQ GGDLAKFNLT LDVFDEHKTK NTNDLDKYRF EFKKQGSKFK LTYIEATDKD NK PTKPSSQ NEKLIGQYER RMKIPLDFEK YMMQVNQEGI IVNDHQIIHD NGNFIAKQLD RDTLKLTKFK IPLGAFSNFK KDS DGDEIK LCTKTEQERT ESCVSLQTNS ARNVSIKYPY YLVTQKKNDI KVLPLKINSR GWEDSVDYRG EILHGSSSHA AMVT TRMSD QKTIVRPLKA LNKINKIYAQ VISEEKLTTP YDSYVIKYEY EDPVVSMNQV AFKTTIVVPG GGKSATGYYR ETNDL QDNQ QIVQVMTADN QVFDPEYVKR MNEMQQEEDK QRDGAQLDAE QTITDKSGYH PILKTTPYSA NQELVQFLGF EDYEDM TGW TVNKRPIQES NIRRNEFSAT GRNFLLLKKG EELIAEFPNT AYYDNFIAST WIRTAQEATV GSTTDMLLLY VDNKPMK GT IKQSIDEWIY VEADSREIVV SESTTVKRVL FKIIVKSTGA DDVHVDHVRL SPVNFNFEGS VYDARIGQRT ATIQTNGF V SRRLYDAYNR RIAEVDETGN IKYLASYSKR VGNTKDEKKR EGGYSSRIQM RAKHSWVESF SPYTMEKRWQ IGGTATVEP NQAILQGQII SKEKFSSESI CIRLVYSMSG SSQLSLTIGK TTVVVKPNAV QYKGHTATTP SNAELVIFAT PKLTSIWVDG HLRIEAPET HAKFNNEAVS LQTSGPVGIK DVIVMEDAEI QVSYLNRDSK PLQEILLLDS SNVLIRQMMY DVIGRRVAET V WVQKSLID GRSTAFKAFQ YHDDFVSNDN PTDRNYFLNT GPMQGYVATA TNTIYEGYPY SQTVYYNNPL EIRHKVGHPG VK NSIKGAF VHQYAIASDL AFIQRNYPKN EGYRQEEEKS PNGKKHVVVY NRRNKKVAEY TQVKDYNNIL TTYIYDQHGN QIQ MLPPSY YHEKSRSGDY QPEKQVVASP WAVTSKYDST GEFITSKETP DGGRVEFIYN EYNQLRYQIH YKEDKQADKI VYFL YNIFG RMCEAGQVPA NPTTLQQVRE TTKSHQAIPN RDQAVYFDYG ETESEPSLRG RIQRTVKKNK EVLFSEVMFF DEESN IIRK SYISPTTNET LSLVYLQEND KVSGIQYPFG VDGKQLILKY KHNLRGEIVE VARVEQKTSG QTEFIPIAGI DHDAEG KVT KISHNYGDSK FDQTYKYVAP GYLVEIANNF LTEKLYYTEK GYGCEPTGDG SILRTEFKAS WHDKCDQNLI PLTARAF VS GGIDFTTAET CFDALLNLGY IDTTGRPVKT FYPDLETGLP MKCATPSNWR YISEKMLEQG YPEHYGHAYD YGSHGELI A AKSFVGKEKD SLTAPLSKAS FANAGMKSHE LDRFWDSLSR SINKVEGTKA IFEGTQQLTT GLVGSVIHKP KLESLLEGK GGDSSICTPW SSGDRTEEAK CKREYQQAFD KLKLKQVIQS LQEPVRKNVL RILKNTLASM LGNSPGDVES FSIDPNGNHG VFYTGFKRF ELKYKHQKNQ IATIKEGTKQ QEKMIVHDDE GNVIKALHKK IDKIEYDPLT QRVSRIEMSD RSRTLEFGYD F RGERTFKR VRNKDNDIIS VNYYVRDNKG NVLVEYKQEY PNPKDTNKPI NTVTAYIHGP LGLLGFFRNN KYYNVLLDHE GS TRLVIHQ GKVVAAYDYL PYGQMIRKYG SNPEAHIAFR YTGQEFDEET GLYNYHARLY DPDIGRFFQM DPMEQYASPY KYA GNSPVS QIDPDGQIAV TLVLMIIGAI VGAYLGAASA NNSWNPAKWA WGDKKTWIGL FAGAIMGAFA VYGGAATFSY FTAM FGGSM IAGALATGVI SVAGAFLGAA AASNQWNPAK WDWTSPAVWN GLLSGASIAV SFPSGFVGIT RSFMSISSNL VKMIY ASLM VGGFLLFVYL GGGMANNFNF QISQWDWKSP RTWFGMIEGA STIFMGTAGT AKHGAAKVYN VVKPNGLKMI WHKVNI PSK AFTMRRVKDT IILTWYKNGQ SISKQILKTT VKADLAKIPK DFIMIHRGFF MPYQRIGYAA IAMPSMAGLM FKKNQYF FT NHPNGTLTKH VRKKRSAPMS SSAASPSVSN FLNDFFENMS ELFDSFFSQT EHSHQDSQSS LSIGASYGRP SNESYHKS F QKLCYSPDSD GNQIICPQRE STVNIFSKGE TFAPEAFGQD LFSRCLPLTW HDRPSIACDG EQTTFIYTPN QNIRVFDMV DGWLMLARIA PAALRNLKAG FSFLRDVVFS DEREQTVQVN DLSRCKQDLE VELLDLKRVM LKKQPNEVKW AQPILNDLED DIGEFLSER KPSEKEFELL QERLSALREE IMENSSVATE LNLSTLIGDM LKKMDGVNVG LNGDVRDMIS TLSGMVPFSS S NLLA

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 4.3 mM Na2HPO4, and 1.4 mM KH2PO4, pH 7.4
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-Initio Reconstruction via CryoSPARC
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 161092
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / 温度因子: 109.4
得られたモデル

PDB-8fjp:
Cryo-EM structure of native mosquito salivary gland surface protein 1 (SGS1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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