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万見
- EMDB-2920: End of a microtubule assembled in the presence of GTP-gamma-S -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2920
タイトルEnd of a microtubule assembled in the presence of GTP-gamma-S
マップデータEnd of a microtubule assembled in the presence of GTP-gamma-S
試料
  • 試料: Outwardly curved tubulin sheet at the end of a microtubule assembled in the presence of GMTP-gamma-S.
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
キーワードEnd-binding one protein / tubulin / microtubule / functionalized gold nanoparticles / GTP-cap / GTP-hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


motile cilium / microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity ...motile cilium / microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin, conserved site ...Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Guesdon A / Bazile F / Buey RM / Mohan R / Monier S / Angevin M / Heichette C / Tampe R / Duchesne L / Akhmanova A ...Guesdon A / Bazile F / Buey RM / Mohan R / Monier S / Angevin M / Heichette C / Tampe R / Duchesne L / Akhmanova A / Steinmetz MO / Chretien D
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2016
タイトル: EB1 interacts with outwardly curved and straight regions of the microtubule lattice.
著者: Audrey Guesdon / Franck Bazile / Rubén M Buey / Renu Mohan / Solange Monier / Ruddi Rodríguez García / Morgane Angevin / Claire Heichette / Ralph Wieneke / Robert Tampé / Laurence ...著者: Audrey Guesdon / Franck Bazile / Rubén M Buey / Renu Mohan / Solange Monier / Ruddi Rodríguez García / Morgane Angevin / Claire Heichette / Ralph Wieneke / Robert Tampé / Laurence Duchesne / Anna Akhmanova / Michel O Steinmetz / Denis Chrétien /
要旨: EB1 is a microtubule plus-end tracking protein that recognizes GTP-tubulin dimers in microtubules and thus represents a unique probe to investigate the architecture of the GTP cap of growing ...EB1 is a microtubule plus-end tracking protein that recognizes GTP-tubulin dimers in microtubules and thus represents a unique probe to investigate the architecture of the GTP cap of growing microtubule ends. Here, we conjugated EB1 to gold nanoparticles (EB1-gold) and imaged by cryo-electron tomography its interaction with dynamic microtubules assembled in vitro from purified tubulin. EB1-gold forms comets at the ends of microtubules assembled in the presence of GTP, and interacts with the outer surface of curved and straight tubulin sheets as well as closed regions of the microtubule lattice. Microtubules assembled in the presence of GTP, different GTP analogues or cell extracts display similarly curved sheets at their growing ends, which gradually straighten as their protofilament number increases until they close into a tube. Together, our data provide unique structural information on the interaction of EB1 with growing microtubule ends. They further offer insights into the conformational changes that tubulin dimers undergo during microtubule assembly and the architecture of the GTP-cap region.
履歴
登録2015年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月11日-
マップ公開2016年9月21日-
更新2016年10月12日-
現状2016年10月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2920.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2920.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 33.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈End of a microtubule assembled in the presence of GTP-gamma-S
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.9 Å/pix.
x 125 pix.
= 987.5 Å		7.9 Å/pix.
x 784 pix.
= 6193.6 Å		7.9 Å/pix.
x 185 pix.
= 1461.5 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-13960.0 - 6926.0
平均 (標準偏差)292.820190430000025 (±664.054626460000009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin1220190225
サイズ784185125
Spacing784185125
セルA: 1461.5 Å / B: 6193.6 Å / C: 987.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z7.97.97.9
M x/y/z185784125
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1461.5006193.600987.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS1902122025
NC/NR/NS185784125
D min/max/mean-13960.0006926.000292.820

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Outwardly curved tubulin sheet at the end of a microtubule assemb...

全体名称: Outwardly curved tubulin sheet at the end of a microtubule assembled in the presence of GMTP-gamma-S.
要素
  • 試料: Outwardly curved tubulin sheet at the end of a microtubule assembled in the presence of GMTP-gamma-S.
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
  • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain

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超分子 #1000: Outwardly curved tubulin sheet at the end of a microtubule assemb...

超分子名称: Outwardly curved tubulin sheet at the end of a microtubule assembled in the presence of GMTP-gamma-S.
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was mono disperse. Centrosomes isolated from KE37 cells were added to stimulate microtubule nucleation.
集合状態: Microtubule: polymer of tubulin. / Number unique components: 2

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分子 #1: Tubulin alpha chain

分子名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Heterodimer alpha-beta polymerized into microtubules
組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: Pig / 組織: Brain / 細胞: Neurons / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 500.68 KDa
配列UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain / GO: microtubule-based process / InterPro: Tubulin

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分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Heterodimer alpha-beta polymerized into microtubules
組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: Pig / 組織: Brain / 細胞: Neurons / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量理論値: 498.61 KDa
配列UniProtKB: Tubulin beta chain / GO: microtubule-based process / InterPro: Tubulin, conserved site

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7.5 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
詳細: 80 mM Pipes, 1 mM MgCl2, 50 mM KCl, 1mM EGTA, 1 mM GTP-gamma-S
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Vitrified specimen.
グリッド詳細: 300 mesh grid coated with home-made holey-carbon film.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Specimen maintained at 35 degrees celcius in saturated humidity conditions before vitrification.
Timed resolved state: Specimen frozen ~30 min after the beginning of assembly.
手法: Assembly in a test tube at 35 degrees Celsius in the presence of purified KE37 centrosomes, deposit of a 4 microliter sample onto the grid, blotting for ~2 seconds and rapid plunging into liquid ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度平均: 174 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism corrected at high magnification
詳細Tilt serie started from zero. Saxton acquisition scheme with 2 degrees increments. 75 images acquired in post-tracking mode. Camera used in binning mode 2, 0.79 nm pixel size.
日付2014年5月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 75 / 平均電子線量: 0.3 e/Å2
詳細: Camera used in binning mode 2, at a final pixel size of 0.79 nm.
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 °

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画像解析

詳細3D reconstruction performed using eTomo from IMOD software. Reconstruction by back projection.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: eTomo, IMOD
詳細: Backprojection using a radial filter cutoff of 0.15 and a faloff of 0.05.
使用した粒子像数: 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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