[日本語] English
万見
- EMDB-29101: EGFR:Degrader:VHL:Elongin-B/C:Cul2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29101
タイトルEGFR:Degrader:VHL:Elongin-B/C:Cul2
マップデータEGFR:Degrader:VHL:Elongin-B/C:Cul2
試料
  • 複合体: Degrader induced complex between EGFR and Cul2:Rbx1:VHL:Elongin-B/C
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Rosenberg SC
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Ternary complex dissociation kinetics contribute to mutant-selective EGFR degradation.
著者: Scott C Rosenberg / Frances Shanahan / Sayumi Yamazoe / Marc Kschonsak / Yi J Zeng / James Lee / Emile Plise / Ivana Yen / Christopher M Rose / John G Quinn / Lewis J Gazzard / Benjamin T ...著者: Scott C Rosenberg / Frances Shanahan / Sayumi Yamazoe / Marc Kschonsak / Yi J Zeng / James Lee / Emile Plise / Ivana Yen / Christopher M Rose / John G Quinn / Lewis J Gazzard / Benjamin T Walters / Donald S Kirkpatrick / Steven T Staben / Scott A Foster / Shiva Malek /
要旨: Targeted degradation of proteins by chimeric heterobifunctional degraders has emerged as a major drug discovery paradigm. Despite the increased interest in this approach, the criteria dictating ...Targeted degradation of proteins by chimeric heterobifunctional degraders has emerged as a major drug discovery paradigm. Despite the increased interest in this approach, the criteria dictating target protein degradation by a degrader remain poorly understood, and potent target engagement by a degrader does not strongly correlate with target degradation. In this study, we present the biochemical characterization of an epidermal growth factor receptor (EGFR) degrader that potently binds both wild-type and mutant EGFR, but only degrades EGFR mutant variants. Mechanistic studies reveal that ternary complex half-life strongly correlates with processive ubiquitination with purified components and mutant-selective degradation in cells. We present cryoelectron microscopy and hydrogen-deuterium exchange mass spectroscopy data on wild-type and mutant EGFR ternary complexes, which demonstrate that potent target degradation can be achieved in the absence of stable compound-induced protein-protein interactions. These results highlight the importance of considering target conformation during degrader development as well as leveraging heterobifunctional ligand binding kinetics to achieve robust target degradation.
履歴
登録2022年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2023年3月8日-
現状2023年3月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_29101.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EGFR:Degrader:VHL:Elongin-B/C:Cul2
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.174
最小 - 最大-0.61092263 - 1.1402276
平均 (標準偏差)0.009351742 (±0.03507309)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 300.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_29101_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_29101_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Degrader induced complex between EGFR and Cul2:Rbx1:VHL:Elongin-B/C

全体名称: Degrader induced complex between EGFR and Cul2:Rbx1:VHL:Elongin-B/C
要素
  • 複合体: Degrader induced complex between EGFR and Cul2:Rbx1:VHL:Elongin-B/C

-
超分子 #1: Degrader induced complex between EGFR and Cul2:Rbx1:VHL:Elongin-B/C

超分子名称: Degrader induced complex between EGFR and Cul2:Rbx1:VHL:Elongin-B/C
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 200 mM NaCl, 20 mM Tris7.5, 1 mM TCEP
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1848 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0015 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0005 µm

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55053
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る