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- EMDB-29071: TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5S rRNA gene -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29071
タイトルTFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5S rRNA gene
マップデータMain map postprocessed in Relion
試料
  • 複合体: TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5SrRNA gene
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
キーワードtranscription factor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III core binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / TFIIA-class transcription factor complex binding / DNA-templated transcription open complex formation / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding ...RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III core binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / TFIIA-class transcription factor complex binding / DNA-templated transcription open complex formation / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / phosphatase activity / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / disordered domain specific binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor tau subunit sfc3/Tfc3, C-terminal / : / Family of unknown function (DUF6581) / Transcription factor tau 138 kDa subunit, extended winged helix / Transcription factor TFIIIC subunit Tfc7/tau55 / : / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 ...Transcription factor tau subunit sfc3/Tfc3, C-terminal / : / Family of unknown function (DUF6581) / Transcription factor tau 138 kDa subunit, extended winged helix / Transcription factor TFIIIC subunit Tfc7/tau55 / : / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain / Tau95 Triple barrel domain / Transcription factor IIIC, putative zinc-finger / : / Putative zinc-finger of transcription factor IIIC complex / B-block binding subunit of TFIIIC / Tfc3, extended winged-helix domain / Transcription facto Tfc3-like / B-block binding subunit of TFIIIC / Brf1, TBP-binding domain / : / Brf1-like TBP-binding domain / C2H2-type zinc finger / Phosphoglycerate mutase family / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Histidine phosphatase superfamily / Tetratricopeptide repeat / TBP domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Zinc finger, C2H2 type / Cyclin-like superfamily / zinc finger / TPR repeat region circular profile. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / TPR repeat profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Tetratricopeptide repeats / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Tetratricopeptide repeat / Zinc finger C2H2-type / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-box-binding protein / Transcription factor IIIB 70 kDa subunit / Transcription factor tau 95 kDa subunit / Transcription factor tau 131 kDa subunit / Transcription factor tau 138 kDa subunit / Transcription factor IIIA / Transcription factor tau 91 kDa subunit / Transcription factor tau 60 kDa subunit / Transcription factor tau 55 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Talyzina A / He Y
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
American Cancer Society 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structural basis of TFIIIC-dependent RNA Polymerase III transcription initiation.
著者: Anna Talyzina / Yan Han / Chiranjib Banerjee / Susan Fishbain / Alexis Reyes / Reza Vafabakhsh / Yuan He /
要旨: RNA Polymerase III (Pol III) is responsible for transcribing 5S ribosomal RNA (5S rRNA), tRNAs, and other short non-coding RNAs. Its recruitment to the 5S rRNA promoter requires transcription factors ...RNA Polymerase III (Pol III) is responsible for transcribing 5S ribosomal RNA (5S rRNA), tRNAs, and other short non-coding RNAs. Its recruitment to the 5S rRNA promoter requires transcription factors TFIIIA, TFIIIC, and TFIIIB. Here we use cryo-electron microscopy to visualize the complex of TFIIIA and TFIIIC bound to the promoter. Brf1-TBP binding further stabilizes the DNA, resulting in the full-length 5S rRNA gene wrapping around the complex. Our smFRET study reveals that the DNA undergoes both sharp bending and partial dissociation on a slow timescale, consistent with the model predicted from our cryo-EM results. Our findings provide new insights into the mechanism of how the transcription initiation complex assembles on the 5S rRNA promoter, a crucial step in Pol III transcription regulation.
履歴
登録2022年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_29071.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29071.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map postprocessed in Relion
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 384 pix.
= 405.504 Å		1.06 Å/pix.
x 384 pix.
= 405.504 Å		1.06 Å/pix.
x 384 pix.
= 405.504 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
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表面レベル登録者による: 0.016
最小 - 最大-0.06010179 - 0.1019568
平均 (標準偏差)0.00010582097 (±0.0025918644)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 405.504 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Main map postprocessed with deepEMhancer

ファイルemd_29071_additional_1.map
注釈Main map postprocessed with deepEMhancer
投影像・断面図
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追加マップ: Focused refinement of Brf1-TBP-tau131-DNA, postprocessed with deepEMhancer...

ファイルemd_29071_additional_2.map
注釈Focused refinement of Brf1-TBP-tau131-DNA, postprocessed with deepEMhancer
投影像・断面図
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ファイルemd_29071_half_map_1.map
注釈Half1 of main map
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ハーフマップ: Half2 of main map

ファイルemd_29071_half_map_2.map
注釈Half2 of main map
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試料の構成要素

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全体 : TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5SrRNA gene

全体名称: TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5SrRNA gene
要素
  • 複合体: TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5SrRNA gene
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor IIIA
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 138 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 131 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 95 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 91 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 60 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor tau 55 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit,TATA-box-binding protein
    • DNA: DNA (151-MER)
    • DNA: DNA (151-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5SrRNA gene

超分子名称: TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5SrRNA gene / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 810 kDa/nm

+
分子 #1: Transcription factor IIIA

分子名称: Transcription factor IIIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.522516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGGEVLNNEG MPLAELKQET IPISRSESSE SLNSLTSTRS SSSNRPKTYF CDYDGCDKAF TRPSILTEHQ LSVHQGLRAF QCDKCAKSF VKKSHLERHL YTHSDTKPFQ CSYCGKGVTT RQQLKRHEVT HTKSFICPEE GCNLRFYKHP QLRAHILSVH L HKLTCPHC ...文字列:
MGGEVLNNEG MPLAELKQET IPISRSESSE SLNSLTSTRS SSSNRPKTYF CDYDGCDKAF TRPSILTEHQ LSVHQGLRAF QCDKCAKSF VKKSHLERHL YTHSDTKPFQ CSYCGKGVTT RQQLKRHEVT HTKSFICPEE GCNLRFYKHP QLRAHILSVH L HKLTCPHC NKSFQRPYRL RNHISKHHDP EVENPYQCTF AGCCKEFRIW SQLQSHIKND HPKLKCPICS KPCVGENGLQ MH MIIHDDS LVTKNWKCHI CPDMSFSRKH DLLTHYGSIH TEEDIPLELK YKISDIQQLV QDHGVQLGNS KHSNEQDEEK ISN RLRKRR KLTENNNVEF LQNEVDLEKR LESGENGLNL LLNTVGRKYR CFYNNCSRTF KTKEKYEKHI DKHKVHELKL KILQ EKEEN KTLVDQNHKE PFIIQKETQS AGDKADPNSS SVDKLAAALE HHHHHH

UniProtKB: Transcription factor IIIA

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分子 #2: Transcription factor tau 138 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 138 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 132.313062 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVLTIYPDEL VQIVSDKIAS NKGKITLNQL WDISGKYFDL SDKKVKQFVL SCVILKKDIE VYCDGAITTK NVTDIIGDAN HSYSVGITE DSLWTLLTGY TKKESTIGNS AFELLLEVAK SGEKGINTMD LAQVTGQDPR SVTGRIKKIN HLLTSSQLIY K GHVVKQLK ...文字列:
MVLTIYPDEL VQIVSDKIAS NKGKITLNQL WDISGKYFDL SDKKVKQFVL SCVILKKDIE VYCDGAITTK NVTDIIGDAN HSYSVGITE DSLWTLLTGY TKKESTIGNS AFELLLEVAK SGEKGINTMD LAQVTGQDPR SVTGRIKKIN HLLTSSQLIY K GHVVKQLK LKKFSHDGVD SNPYINIRDH LATIVEVVKR SKNGIRQIID LKRELKFDKE KRLSKAFIAA IAWLDEKEYL KK VLVVSPK NPAIKIRCVK YVKDIPDSKG SPSFEYDSNS ADEDSVSDSK AAFEDEDLVE GLDNFNATDL LQNQGLVMEE KED AVKNEV LLNRFYPLQN QTYDIADKSG LKGISTMDVV NRITGKEFQR AFTKSSEYYL ESVDKQKENT GGYRLFRIYD FEGK KKFFR LFTAQNFQKL TNAEDEISVP KGFDELGKSR TDLKTLNEDN FVALNNTVRF TTDSDGQDIF FWHGELKIPP NSKKT PNKN KRKRQVKNST NASVAGNISN PKRIKLEQHV STAQEPKSAE DSPSSNGGTV VKGKVVNFGG FSARSLRSLQ RQRAIL KVM NTIGGVAYLR EQFYESVSKY MGSTTTLDKK TVRGDVDLMV ESEKLGARTE PVSGRKIIFL PTVGEDAIQR YILKEKD SK KATFTDVIHD TEIYFFDQTE KNRFHRGKKS VERIRKFQNR QKNAKIKASD DAISKKSTSV NVSDGKIKRR DKKVSAGR T TVVVENTKED KTVYHAGTKD GVQALIRAVV VTKSIKNEIM WDKITKLFPN NSLDNLKKKW TARRVRMGHS GWRAYVDKW KKMLVLAIKS EKISLRDVEE LDLIKLLDIW TSFDEKEIKR PLFLYKNYEE NRKKFTLVRD DTLTHSGNDL AMSSMIQREI SSLKKTYTR KISASTKDLS KSQSDDYIRT VIRSILIESP STTRNEIEAL KNVGNESIDN VIMDMAKEKQ IYLHGSKLEC T DTLPDILE NRGNYKDFGV AFQYRCKVNE LLEAGNAIVI NQEPSDISSW VLIDLISGEL LNMDVIPMVR NVRPLTYTSR RF EIRTLTP PLIIYANSQT KLNTARKSAV KVPLGKPFSR LWVNGSGSIR PNIWKQVVTM VVNEIIFHPG ITLSRLQSRC REV LSLHEI SEICKWLLER QVLITTDFDG YWVNHNWYSI YEST

UniProtKB: Transcription factor tau 138 kDa subunit

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分子 #3: Transcription factor tau 131 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 131 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 120.388609 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAAGKLKKEQ QNQSAERESA DTGKVNDEDE EHLYGNIDDY KHLIQDEEYD DEDVPHDLQL SEDEYNSERD SSLLAEFSDY GEISEDDEE DFMNAIREAS NFKVKKKKKN DKGKSYGRQR KERVLDPEVA QLLSQANEAF VRNDLQVAER LFNEVIKKDA R NFAAYETL ...文字列:
MAAGKLKKEQ QNQSAERESA DTGKVNDEDE EHLYGNIDDY KHLIQDEEYD DEDVPHDLQL SEDEYNSERD SSLLAEFSDY GEISEDDEE DFMNAIREAS NFKVKKKKKN DKGKSYGRQR KERVLDPEVA QLLSQANEAF VRNDLQVAER LFNEVIKKDA R NFAAYETL GDIYQLQGRL NDCCNSWFLA AHLNASDWEF WKIVAILSAD LDHVRQAIYC FSRVISLNPM EWESIYRRSM LY KKTGQLA RALDGFQRLY MYNPYDANIL RELAILYVDY DRIEDSIELY MKVFNANVER REAILAALEN ALDSSDEESA AEG EDADEK EPLEQDEDRQ MFPDINWKKI DAKYKCIPFD WSSLNILAEL FLKLAVSEVD GIKTIKKCAR WIQRRESQTF WDHV PDDSE FDNRRFKNST FDSLLAAEKE KSYNIPIDIR VRLGLLRLNT DNLVEALNHF QCLYDETFSD VADLYFEAAT ALTRA EKYK EAIDFFTPLL SLEEWRTTDV FKPLARCYKE IESYETAKEF YELAIKSEPD DLDIRVSLAE VYYRLNDPET FKHMLV DVV EMRKHQVDET LHRISNEKSS NDTSDISSKP LLEDSKFRTF RKKKRTPYDA ERERIERERR ITAKVVDKYE KMKKFEL NS GLNEAKQASI WINTVSELVD IFSSVKNFFM KSRSRKFVGI LRRTKKFNTE LDFQIERLSK LAEGDSVFEG PLMEERVT L TSATELRGLS YEQWFELFME LSLVIAKYQS VEDGLSVVET AQEVNVFFQD PERVKMMKFV KLAIVLQMDD EEELAENLR GLLNQFQFNR KVLQVFMYSL CRGPSSLNIL SSTIQQKFFL RQLKAFDSCR YNTEVNGQAS ITNKEVYNPN KKSSPYLYYI YAVLLYSSR GFLSALQYLT RLEEDIPDDP MVNLLMGLSH IHRAMQRLTA QRHFQIFHGL RYLYRYHKIR KSLYTDLEKQ E ADYNLGRA FHLIGLVSIA IEYYNRVLEN YDDGKLKKHA AYNSIIIYQQ SGNVELADHL MEKYLSI

UniProtKB: Transcription factor tau 131 kDa subunit

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分子 #4: Transcription factor tau 95 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 95 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 73.649406 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MPVEEPLATL SSIPDSSADQ APPLIADEFT LDLPRIPSLE LPLNVSTKHS SIQKAIKMCG GIEKVKEAFK EHGPIESQHG LQLYLNDDT DSDGSKSYFN EHPVIGKRVP FRDESVILKV TMPKGTLSKN NNSVKDSIKS LKDSNKLRVT PVSIVDNTIK F REMSDFQI ...文字列:
MPVEEPLATL SSIPDSSADQ APPLIADEFT LDLPRIPSLE LPLNVSTKHS SIQKAIKMCG GIEKVKEAFK EHGPIESQHG LQLYLNDDT DSDGSKSYFN EHPVIGKRVP FRDESVILKV TMPKGTLSKN NNSVKDSIKS LKDSNKLRVT PVSIVDNTIK F REMSDFQI KLDNVPSARE FKSSFGSLEW NNFKSFVNSV PDNDSQPQEN IGNLILDRSV KIPSTDFQLP PPPKLSMVGF PL LYKYKAN PFAKKKKNGV TEVKGTYIKN YQLFVHDLSD KTVIPSQAHE QVLYDFEVAK KTKVYPGTKS DSKFYESLEE CLK ILRELF ARRPIWVKRH LDGIVPKKIH HTMKIALALI SYRFTMGPWR NTYIKFGIDP RSSVEYAQYQ TEYFKIERKL LSSP IVKKN VPKPPPLVFE SDTPGGIDSR FKFDGKRIPW YLMLQIDLLI GEPNIAEVFH NVEYLDKANE LTGWFKELDL VKIRR IVKY ELGCMVQGNY EYNKYKLKYF KTMLFVKESM VPENKNSEEG MGVNTNKDAD GDINMDAGSQ MSSNAIEEDK GIAAGD DFD DNGAITEEPD DAALENEEMD TDQNLKVPAS IDDDVDDVDA DEEEQESFDV KTASFQDIIN KIAKLDPKTA ETMKSEL KG FVDEVDL

UniProtKB: Transcription factor tau 95 kDa subunit

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分子 #5: Transcription factor tau 91 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 91 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 74.803297 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAVIPAKKRG RPRKSVVAEV PYDSLASPVS ENSGSKRPRR NASKKAVANF AQLVHAGRDD VINTTQVNNV DDTDDDDFVL NDEGDGEES DNVEIEFENE LESTKNEVAD LNSSGSGASV RPSGRRNTVQ KLRLKKNSTK NMKSSSPGSS LGQKGRPIRL L KDLSSARD ...文字列:
MAVIPAKKRG RPRKSVVAEV PYDSLASPVS ENSGSKRPRR NASKKAVANF AQLVHAGRDD VINTTQVNNV DDTDDDDFVL NDEGDGEES DNVEIEFENE LESTKNEVAD LNSSGSGASV RPSGRRNTVQ KLRLKKNSTK NMKSSSPGSS LGQKGRPIRL L KDLSSARD KIERIYGLNK EKLLLLAKVK EGFETSVFDF PFKNIQPDSP YFVCLDPPCK KESAYNKVIG DKNRTVYHEI NK TEFENMI KLRTKRLKLL IGEVDAEVST GDKIEFPVLA NGKRRGFIYN VGGLVTDIAW LNIEENTDIG KDIQYLAVAV SQY MDEPLN EHLEMFDKEK HSSCIQIFKM NTSTLHCVKV QTIVHSFGEV WDLKWHEGCH APHLVGCLSF VSQEGTINFL EIID NATDV HVFKMCEKPS LTLSLADSLI TTFDFLSPTT VVCGFKNGFV AEFDLTDPEV PSFYDQVHDS YILSVSTAYS DFEDT VVST VAVDGYFYIF NPKDIATTKT TVSRFRGSNL VPVVYCPQIY SYIYSDGASS LRAVPSRAAF AVHPLVSRET TITAIG VSR LHPMVLAGSA DGSLIITNAA RRLLHGIKNS SATQKSLRLW KWDYSIKDDK YRIDSSYEVY PLTVNDVSKA KIDAHGI NI TCTKWNETSA GGKCYAFSNS AGLLTLEYLS

UniProtKB: Transcription factor tau 91 kDa subunit

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分子 #6: Transcription factor tau 60 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 60 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 67.755172 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKLLKDLLVD RKEFEDWKNN LTWARDGTLY LTTFPDISIG QPKYAKDINC NSKNLFHVKE FPLEFENKLD FELAQQNGLL NSQPVCYPR VCKPSPIDDW MAVLSNNGNV SVFKDNKMLT NLDSKGNLSS RTYHCFEWNP IESSIVVGNE DGELQFFSIR K NSENTPEF ...文字列:
MKLLKDLLVD RKEFEDWKNN LTWARDGTLY LTTFPDISIG QPKYAKDINC NSKNLFHVKE FPLEFENKLD FELAQQNGLL NSQPVCYPR VCKPSPIDDW MAVLSNNGNV SVFKDNKMLT NLDSKGNLSS RTYHCFEWNP IESSIVVGNE DGELQFFSIR K NSENTPEF YFESSIRLSD AGSKDWVTHI VWYEDVLVAA LSNNSVFSMT VSASSHQPVS RMIQNASRRK ITDLKIVDYK VV LTCPGYV HKIDLKNYSI SSLKTGSLEN FHIIPLNHEK ESTILLMSNK TSYKVLLEDE LHVTADNIIA PYLEKKFKKW STI WNEFNN YETTLVIHGI SLSPDGYSIA IVYDMERVAF KYKIASEQSF NIMFAPLYHT WTISERAVGL AWYQTYQIYN QSLP KLPEN FSMNKKLLNG NYPISLDFQS YLNALMKSEE MRIIMFLNMT IDKPSILSFL EALYEYAINK KSELTNSFDL ACVLS IAAI LKREAPIYNG TLLMKNSFLE ETFNLESFTA DPETVTSTTN NTWKRCGVTL LPILTTHVKI CPVSKQRVID IKRDDL NDY GWFTRGLLER FNEISVYCGT TLEVM

UniProtKB: Transcription factor tau 60 kDa subunit

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分子 #7: Transcription factor tau 55 kDa subunit

分子名称: Transcription factor tau 55 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 49.198898 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVVNTIYIAR HGYRSNWLPE GPYPDPLTGI DSDVPLAEHG VQQAKELAHY LLSLDNQPEA AFASPFYRCL ETVQPIAKLL EIPVYLERG IGEWYRPDRK PVIPVPAGYE ILSKFFPGVI SQEWDSTLTP NEKGETEQEM YMRFKKFWPL FIERVEKEYP N VECILLVT ...文字列:
MVVNTIYIAR HGYRSNWLPE GPYPDPLTGI DSDVPLAEHG VQQAKELAHY LLSLDNQPEA AFASPFYRCL ETVQPIAKLL EIPVYLERG IGEWYRPDRK PVIPVPAGYE ILSKFFPGVI SQEWDSTLTP NEKGETEQEM YMRFKKFWPL FIERVEKEYP N VECILLVT HAASKIALGM SLLGYDNPRM SLNENGDKIR SGSCSLDKYE ILKKSYDTID ETDDQTSFTY IPFSDRKWVL TM NGNTEFL SSGEEMNWNF DCVAEAGSDA DIKKRQMTKK TSSPIPEADD QTEVETVYIS VDIPSGNYKE RTEIAKSAIL QYS GLETDA PLFRIGNRLY EGSWERLVGT ELAFPNAAHV HKKTAGLLSP TEENETTNAG QSKGSSTAND PNIQIQEEDV GLPD STNTS RDHTGDKEEV QSEKIYRIKE RIVLSNVRPM

UniProtKB: Transcription factor tau 55 kDa subunit

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分子 #8: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit,TATA-box-binding protein

分子名称: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit,TATA-box-binding protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 82.097867 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPVCKNCHGT EFERDLSNAN NDLVCKACGV VSEDNPIVSE VTFGETSAGA AVVQGSFIGA GQSHAAFGGS SALESREATL NNARRKLRA VSYALHIPEY ITDAAFQWYK LALANNFVQG RRSQNVIASC LYVACRKEKT HHMLIDFSSR LQVSVYSIGA T FLKMVKKL ...文字列:
MPVCKNCHGT EFERDLSNAN NDLVCKACGV VSEDNPIVSE VTFGETSAGA AVVQGSFIGA GQSHAAFGGS SALESREATL NNARRKLRA VSYALHIPEY ITDAAFQWYK LALANNFVQG RRSQNVIASC LYVACRKEKT HHMLIDFSSR LQVSVYSIGA T FLKMVKKL HITELPLADP SLFIQHFAEK LDLADKKIKV VKDAVKLAQR MSKDWMFEGR RPAGIAGACI LLACRMNNLR RT HTEIVAV SHVAEETLQQ RLNEFKNTKA AKLSVQKFRE NDVEDGEARP PSFVKNRKKE RKIKDSLDKE EMFQTSEEAL NKN PILTQV LGEQELSSKE VLFYLKQFSE RRARVVERIK ATNGIDGENI YHEGSENETR KRKLSEAMPW SGIVPTLQNI VATV TLGCR LDLKTVALHA RNAEYNPKRF AAVIMRIREP KTTALIFASG KMVVTGAKSE DDSKLASRKY ARIIQKIGFA AKFTD FKIQ NIVGSCDVKF PIRLEGLAFS HGTFSSYEPE LFPGLIYRMV KPKIVLLIFV SGKIVLTGAK QREEIYQAFE AIYPVL SEF RKMGSGSGSG SGSGSPRNLH LLPTTDTYLS KVSDDPDNLE DVDDEELNAH LLNEEASKLK ERIWIGLNAD FLLEQES KR LKQEADIATG NTSVKKKRTR RRNNTRSDEP TKTVDAAAAI GLMSDLQDKS GLHAALKAAE ESGDFTTADS VKNMLQKA S FSKKINYDAI DGLFR

UniProtKB: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit, TATA-box-binding protein, Transcription factor IIIB 70 kDa subunit

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分子 #9: DNA (151-MER)

分子名称: DNA (151-MER) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.636594 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC) (DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC) (DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA) (DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC) (DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DC)(DT)(DG)(DT) (DA)(DG)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA) (DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT) (DG)(DA)(DC) (DC)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA) (DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG) (DT)(DG) (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)

GENBANK: GENBANK: CP011821.1

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分子 #10: DNA (151-MER)

分子名称: DNA (151-MER) / タイプ: dna / ID: 10 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.934797 KDa
配列文字列: (DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA) (DC) (DA)(DC)(DT)(DA)(DC) ...文字列:
(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA) (DC) (DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT) (DG)(DA)(DT) (DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DG)(DG) (DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG) (DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DC)(DC) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)

GENBANK: GENBANK: CP011821.1

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分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 9 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5748589
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Map from negatively stained sample
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 78512
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 75000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8ffz:
TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5S rRNA gene

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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