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- EMDB-29054: SARS-CoV-2 Spike Hexapro - C68.59 Fab (Class 2 - Fab bound) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29054
タイトルSARS-CoV-2 Spike Hexapro - C68.59 Fab (Class 2 - Fab bound)
マップデータSars-CoV-2 Spike Hexapro C59.68 Fab (Class 2 - Fab bound)
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Sars-CoV-2 Hexapro
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 Spike Hexapro
    • タンパク質・ペプチド: C68.59 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: C68.59 Fab Light Chain
キーワードspike / fusion / membrane / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.72 Å
データ登録者Croft JT / Lee KK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01AI165808 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Identification of broad, potent antibodies to functionally constrained regions of SARS-CoV-2 spike following a breakthrough infection.
著者: Jamie Guenthoer / Michelle Lilly / Tyler N Starr / Bernadeta Dadonaite / Klaus N Lovendahl / Jacob T Croft / Caitlin I Stoddard / Vrasha Chohan / Shilei Ding / Felicitas Ruiz / Mackenzie S ...著者: Jamie Guenthoer / Michelle Lilly / Tyler N Starr / Bernadeta Dadonaite / Klaus N Lovendahl / Jacob T Croft / Caitlin I Stoddard / Vrasha Chohan / Shilei Ding / Felicitas Ruiz / Mackenzie S Kopp / Andr S Finzi / Jesse D Bloom / Helen Y Chu / Kelly K Lee / Julie Overbaugh
要旨: The antiviral benefit of antibodies can be compromised by viral escape especially for rapidly evolving viruses. Therefore, durable, effective antibodies must be both broad and potent to counter newly ...The antiviral benefit of antibodies can be compromised by viral escape especially for rapidly evolving viruses. Therefore, durable, effective antibodies must be both broad and potent to counter newly emerging, diverse strains. Discovery of such antibodies is critically important for SARS-CoV-2 as the global emergence of new variants of concern (VOC) has compromised the efficacy of therapeutic antibodies and vaccines. We describe a collection of broad and potent neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) isolated from an individual who experienced a breakthrough infection with the Delta VOC. Four mAbs potently neutralize the Wuhan-Hu-1 vaccine strain, the Delta VOC, and also retain potency against the Omicron VOCs through BA.4/BA.5 in both pseudovirus-based and authentic virus assays. Three mAbs also retain potency to recently circulating VOCs XBB.1.5 and BQ.1.1 and one also potently neutralizes SARS-CoV-1. The potency of these mAbs was greater against Omicron VOCs than all but one of the mAbs that had been approved for therapeutic applications. The mAbs target distinct epitopes on the spike glycoprotein, three in the receptor binding domain (RBD) and one in an invariant region downstream of the RBD in subdomain 1 (SD1). The escape pathways we defined at single amino acid resolution with deep mutational scanning show they target conserved, functionally constrained regions of the glycoprotein, suggesting escape could incur a fitness cost. Overall, these mAbs are novel in their breadth across VOCs, their epitope specificity, and include a highly potent mAb targeting a rare epitope outside of the RBD in SD1.
履歴
登録2022年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29054.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29054.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sars-CoV-2 Spike Hexapro C59.68 Fab (Class 2 - Fab bound)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.37 Å/pix.
x 120 pix.
= 404.64 Å		3.37 Å/pix.
x 120 pix.
= 404.64 Å		3.37 Å/pix.
x 120 pix.
= 404.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.372 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0332
最小 - 最大-0.06285492 - 0.21347202
平均 (標準偏差)-0.00016284871 (±0.008120654)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 404.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Sars-CoV-2 Spike Hexapro C59.68 Fab (Class 2 - Fab bound) half map 1

ファイルemd_29054_half_map_1.map
注釈Sars-CoV-2 Spike Hexapro C59.68 Fab (Class 2 - Fab bound) half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Sars-CoV-2 Spike Hexapro C59.68 Fab (Class 2 - Fab bound) half map 1

ファイルemd_29054_half_map_2.map
注釈Sars-CoV-2 Spike Hexapro C59.68 Fab (Class 2 - Fab bound) half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sars-CoV-2 Hexapro

全体名称: Sars-CoV-2 Hexapro
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Sars-CoV-2 Hexapro
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 Spike Hexapro
    • タンパク質・ペプチド: C68.59 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: C68.59 Fab Light Chain

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超分子 #1: Sars-CoV-2 Hexapro

超分子名称: Sars-CoV-2 Hexapro / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Sars-CoV-2 Hexapro, recombinantly expressed and purified.
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
細胞中の位置: Virus surface protein

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分子 #1: SARS-CoV-2 Spike Hexapro

分子名称: SARS-CoV-2 Spike Hexapro / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPTESIVRFP NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQDVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRAGCL IGAEHVNNSY ECDIPIGAGI CASYQTQTNS PGSASSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GPALQIPFPM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS TPSALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDRLNEVA KNLNESLIDL QELGKYEQGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGS GGGRGVPHIV MVDAYKRYKG GGSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EK

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分子 #2: C68.59 Fab Heavy Chain

分子名称: C68.59 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LIQPGGSLRL SCAASGLTFT NYWMLWVRQA PGKGLVWVSH INSDGSSTNN ADSVKGRFT ISRDNAKNTL YLQMNSLRDE DTAVYYCGGT YCTGGSCGIV YWGQGTLVTV S S

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分子 #3: C68.59 Fab Light Chain

分子名称: C68.59 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
YELTQPPSVS VSPGQTASIT CSGDKLGDKY VFWYQQKSGQ SPALVIYQDS LRPSGIPDRF SGSNAGNTA TLTISGTPAV DEADYYCQAW DSSTLVFGGG TKLTVL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: HEPES Buffered Saline: 50 mM HEPES, 280 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.0 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 0, blot time 4s.
詳細Combined with 17 uM C68.59 FAb (this class of particles did not display FAb density

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3043 / 平均露光時間: 2.397 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Images collected in movie mode at 0.03 second frames in super-resolution mode
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 604558 / 詳細: CNN-particle picking with Cryolo
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model determined ab-initio via initial model generation in Relion-4.0.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 89935
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 3
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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