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- EMDB-29042: Structure of iSAT large ribosomal subunit assembly intermediate -... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29042
タイトルStructure of iSAT large ribosomal subunit assembly intermediate - Class B2
マップデータClass B2 iSAT 50S Ribosomal Intermediate
試料
  • 複合体: iSAT large ribosomal subunit assembly intermediate (Class B2)
キーワード50S subunit / assembly intermediate / in vitro / RIBOSOME
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Dong X / Doerfel LK / Sheng K / Rabuck-Gibbons JN / Popova AM / Lyumkis D / Williamson JR
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136412 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM053757 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI170855 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Near-physiological in vitro assembly of 50S ribosomes involves parallel pathways.
著者: Xiyu Dong / Lili K Doerfel / Kai Sheng / Jessica N Rabuck-Gibbons / Anna M Popova / Dmitry Lyumkis / James R Williamson /
要旨: Understanding the assembly principles of biological macromolecular complexes remains a significant challenge, due to the complexity of the systems and the difficulties in developing experimental ...Understanding the assembly principles of biological macromolecular complexes remains a significant challenge, due to the complexity of the systems and the difficulties in developing experimental approaches. As a ribonucleoprotein complex, the ribosome serves as a model system for the profiling of macromolecular complex assembly. In this work, we report an ensemble of large ribosomal subunit intermediate structures that accumulate during synthesis in a near-physiological and co-transcriptional in vitro reconstitution system. Thirteen pre-50S intermediate maps covering the entire assembly process were resolved using cryo-EM single-particle analysis and heterogeneous subclassification. Segmentation of the set of density maps reveals that the 50S ribosome intermediates assemble based on fourteen cooperative assembly blocks, including the smallest assembly core reported to date, which is composed of a 600-nucleotide-long folded rRNA and three ribosomal proteins. The cooperative blocks assemble onto the assembly core following defined dependencies, revealing the parallel pathways at both early and late assembly stages of the 50S subunit.
履歴
登録2022年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29042.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Class B2 iSAT 50S Ribosomal Intermediate
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.1 Å/pix.
x 160 pix.
= 335.36 Å		2.1 Å/pix.
x 160 pix.
= 335.36 Å		2.1 Å/pix.
x 160 pix.
= 335.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.096 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-0.61890763 - 3.2407963
平均 (標準偏差)0.02297961 (±0.19315074)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 335.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Class B2 iSAT 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 1

ファイルemd_29042_half_map_1.map
注釈Class B2 iSAT 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Class B2 iSAT 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 2

ファイルemd_29042_half_map_2.map
注釈Class B2 iSAT 50S Ribosomal Intermediate - Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : iSAT large ribosomal subunit assembly intermediate (Class B2)

全体名称: iSAT large ribosomal subunit assembly intermediate (Class B2)
要素
  • 複合体: iSAT large ribosomal subunit assembly intermediate (Class B2)

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超分子 #1: iSAT large ribosomal subunit assembly intermediate (Class B2)

超分子名称: iSAT large ribosomal subunit assembly intermediate (Class B2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris Hydrochloride
100.0 mMNH4ClAmmonium Chloride
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.5 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic Acid
6.0 mMC2H6OSBeta-mercaptoethanol

詳細: Most of the sucrose was removed by spin concentration.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: 3 microliter of the sample was added..
詳細The in vitro assembled large ribosomal subunit was purified by sucrose gradient and was spin-concentrated in a 100 kDa MW-cutoff filter.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細In order to account for highly preferred orientation of the specimen, data were acquired using tilts ranging from 10-60 degrees, in addition to untilted images at 0 degrees. The CTF was estimated on a per-particle basis to account for the gradient of CTF values across individual micrographs
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 実像数: 4607 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1120554 / 詳細: Particles were selected by cryoSPARC.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model / 詳細: Ab initio model was generated in CryoSPARC.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 8581
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Ab initio reconstruction in CryoSPARC was used.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Homogeneous refinement in CryoSPARC was used.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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