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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of dengue virus (DENV2) in complex with prM13, an anti-PrM monoclonal antibody | |||||||||
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![]() | Mus musculus != Dengue virus 2 Mus musculus
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![]() | DENV / flavivirus / prM antibody / prM13 / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å | |||||||||
![]() | Dowd AD / Sirohi D / Speer S / Mukherjee S / Govero J / Aleshnick M / Larman B / Sukupolvi-Petty S / Sevvana M / Miller AS ...Dowd AD / Sirohi D / Speer S / Mukherjee S / Govero J / Aleshnick M / Larman B / Sukupolvi-Petty S / Sevvana M / Miller AS / Klose T / Zheng A / Kielian M / Kuhn RJ / Diamond MS / Pierson TC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: prM-reactive antibodies reveal a role for partially mature virions in dengue virus pathogenesis. 著者: Kimberly A Dowd / Devika Sirohi / Scott D Speer / Laura A VanBlargan / Rita E Chen / Swati Mukherjee / Bradley M Whitener / Jennifer Govero / Maya Aleshnick / Bridget Larman / Soila Sukupolvi- ...著者: Kimberly A Dowd / Devika Sirohi / Scott D Speer / Laura A VanBlargan / Rita E Chen / Swati Mukherjee / Bradley M Whitener / Jennifer Govero / Maya Aleshnick / Bridget Larman / Soila Sukupolvi-Petty / Madhumati Sevvana / Andrew S Miller / Thomas Klose / Aihua Zheng / Scott Koenig / Margaret Kielian / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / Theodore C Pierson / ![]() 要旨: Cleavage of the flavivirus premembrane (prM) structural protein during maturation can be inefficient. The contribution of partially mature flavivirus virions that retain uncleaved prM to pathogenesis ...Cleavage of the flavivirus premembrane (prM) structural protein during maturation can be inefficient. The contribution of partially mature flavivirus virions that retain uncleaved prM to pathogenesis during primary infection is unknown. To investigate this question, we characterized the functional properties of newly-generated dengue virus (DENV) prM-reactive monoclonal antibodies (mAbs) in vitro and using a mouse model of DENV disease. Anti-prM mAbs neutralized DENV infection in a virion maturation state-dependent manner. Alanine scanning mutagenesis and cryoelectron microscopy of anti-prM mAbs in complex with immature DENV defined two modes of attachment to a single antigenic site. In vivo, passive transfer of intact anti-prM mAbs resulted in an antibody-dependent enhancement of disease. However, protection against DENV-induced lethality was observed when the transferred mAbs were genetically modified to inhibit their ability to interact with Fcγ receptors. These data establish that in addition to mature forms of the virus, partially mature infectious prM virions can also contribute to pathogenesis during primary DENV infections. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 202.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 231.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 202.3 MB 202.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 856.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 855.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fe4MC ![]() 8fe3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.73 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29021_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29021_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Mus musculus
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Dengue virus 2
超分子 | 名称: Dengue virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11060 / 生物種: Dengue virus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Envelope protein E
分子 | 名称: Envelope protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 43.892469 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRCIGMSNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KQPATLRKYC IEAKLTNTTT ESRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF RCKKNMEGKV VQPENLEYTI VITPHSGEEH AVGNDTGKHG K EIKITPQS ...文字列: MRCIGMSNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KQPATLRKYC IEAKLTNTTT ESRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF RCKKNMEGKV VQPENLEYTI VITPHSGEEH AVGNDTGKHG K EIKITPQS SITEAELTGY GTVTMECSPR TGLDFNEMVL LQMENKAWLV HRQWFLDLPL PWLPGADTQG SNWIQKETLV TF KNPHAKK QDVVVLGSQE GAMHTALTGA TEIQMSSGNL LFTGHLKCRL RMDKLQLKGM SYSMCTGKFK VVKEIAETQH GTI VIRVQY EGDGSPCKIP FEIMDLEKRH VLGRLITVNP IVTEKDSPVN IEAEPPFGDS YIIIGVEPGQ LKLNWFKK UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: prM protein
分子 | 名称: prM protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 9.261531 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: FHLTTRNGEP HMIVSRQEKG KSLLFKTEDG VNMCTLMAMD LGELCEDTIT YKCPLLRQNE PEDIDCWCNS TSTWVTYGTC T UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: prM13 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: prM13 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: The homology model of the prM13 variable heavy chain domain (1-118) was pieced together with the crystal structure of the constant heavy chain domain, derived from ZV-67, which belongs to ...詳細: The homology model of the prM13 variable heavy chain domain (1-118) was pieced together with the crystal structure of the constant heavy chain domain, derived from ZV-67, which belongs to murine IgG2c isotype similar to prM13. コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.777656 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AAQLQESGPE LVKPGASVKI SCKASGYTFT DYFINWVRQS HGKSLEWIGD FYPNNRGPTY NQKFEGKATL TVDKSSSTAY MELRSLTSD DSAVYYCARG LWDAWLSYWG QGTLVTVSAA KTTAPSVYPL APVCGGTTGS SVTLGCLVKG YFPEPVTLTW N SGSLSSGV ...文字列: AAQLQESGPE LVKPGASVKI SCKASGYTFT DYFINWVRQS HGKSLEWIGD FYPNNRGPTY NQKFEGKATL TVDKSSSTAY MELRSLTSD DSAVYYCARG LWDAWLSYWG QGTLVTVSAA KTTAPSVYPL APVCGGTTGS SVTLGCLVKG YFPEPVTLTW N SGSLSSGV HTFPALLQSG LYTLSSSVTV TSNTWPSQTI TCNVAHPASS TKVDKKIEPR VPI |
-分子 #4: prM13 Fab Light Chain
分子 | 名称: prM13 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 詳細: The homology model of the prM13 variable light chain domain (1-106) was pieced together with the crystal structure of the constant light chain domain, derived from ZV-67, which belongs to ...詳細: The homology model of the prM13 variable light chain domain (1-106) was pieced together with the crystal structure of the constant light chain domain, derived from ZV-67, which belongs to murine IgG2c isotype similar to prM13. コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.24551 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AIVATQSPAI MSASPGEKVT ISCSASSSVS YMYWYQQKPG SSPKPWIYRT SNLASGVPTR FSGSGSGTSY SFTISSMEAE DAATYYCQQ YHNYPRTFGG GTKAKSARAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列: AIVATQSPAI MSASPGEKVT ISCSASSSVS YMYWYQQKPG SSPKPWIYRT SNLASGVPTR FSGSGSGTSY SFTISSMEAE DAATYYCQQ YHNYPRTFGG GTKAKSARAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 5458 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |