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万見
- EMDB-28996: Nodavirus RNA replication crown from BSRT7/5 cells expressing vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28996
タイトルNodavirus RNA replication crown from BSRT7/5 cells expressing viral protein A and fsRNA1 template in presence of B2
マップデータNodavirus RNA replication crown from BSRT7/5 cells expressing viral protein A and fsRNA1 template in presence of B2
試料
  • 複合体: Flock house nodavirus protein A
    • タンパク質・ペプチド: Flock House nodavirus protein A
キーワードNodavirus RNA replication and RNA capping complex / Dodecamer ring / Outer mitochondrial membrane protein complex / VIRAL PROTEIN
生物種Flock House virus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.7 Å
データ登録者den Boon J / Zhan H / Unchwaniwala N / Horswill M / Slavik K / Pennington J / Navine A / Ahlquist P
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: Multifunctional Protein A Is the Only Viral Protein Required for Nodavirus RNA Replication Crown Formation.
著者: Johan A den Boon / Hong Zhan / Nuruddin Unchwaniwala / Mark Horswill / Kailey Slavik / Janice Pennington / Amanda Navine / Paul Ahlquist /
要旨: Positive-strand RNA virus RNA genome replication occurs in membrane-associated RNA replication complexes (RCs). Nodavirus RCs are outer mitochondrial membrane invaginations whose necked openings to ...Positive-strand RNA virus RNA genome replication occurs in membrane-associated RNA replication complexes (RCs). Nodavirus RCs are outer mitochondrial membrane invaginations whose necked openings to the cytosol are "crowned" by a 12-fold symmetrical proteinaceous ring that functions as the main engine of RNA replication. Similar protein crowns recently visualized at the openings of alphavirus and coronavirus RCs highlight their broad conservation and functional importance. Using cryo-EM tomography, we earlier showed that the major nodavirus crown constituent is viral protein A, whose polymerase, RNA capping, membrane interaction and multimerization domains drive RC formation and function. Other viral proteins are strong candidates for unassigned EM density in the crown. RNA-binding RNAi inhibitor protein B2 co-immunoprecipitates with protein A and could form crown subdomains that protect nascent viral RNA and dsRNA templates. Capsid protein may interact with the crown since nodavirus virion assembly has spatial and other links to RNA replication. Using cryoelectron tomography and complementary approaches, we show that, even when formed in mammalian cells, nodavirus RC crowns generated without B2 and capsid proteins are functional and structurally indistinguishable from mature crowns in infected cells expressing all viral proteins. Thus, the only nodaviral factors essential to form functional RCs and crowns are RNA replication protein A and an RNA template. We also resolve apparent conflicts in prior results on B2 localization in infected cells, revealing at least two distinguishable pools of B2. The results have significant implications for crown structure, assembly, function and control as an antiviral target.
履歴
登録2022年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_28996.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Nodavirus RNA replication crown from BSRT7/5 cells expressing viral protein A and fsRNA1 template in presence of B2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 432. Å		5.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 432. Å		5.4 Å/pix.
x 80 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 22.0
最小 - 最大-96.935569999999998 - 101.755200000000002
平均 (標準偏差)-6.9738407 (±16.338602000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 432.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Nodavirus RNA replication crown from BSRT7/5 cells expressing...

ファイルemd_28996_half_map_1.map
注釈Nodavirus RNA replication crown from BSRT7/5 cells expressing viral protein A and fsRNA1 template in presence of B2, half map1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Nodavirus RNA replication crown from BSRT7/5 cells expressing...

ファイルemd_28996_half_map_2.map
注釈Nodavirus RNA replication crown from BSRT7/5 cells expressing viral protein A and fsRNA1 template in presence of B2, half map2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Flock house nodavirus protein A

全体名称: Flock house nodavirus protein A
要素
  • 複合体: Flock house nodavirus protein A
    • タンパク質・ペプチド: Flock House nodavirus protein A

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超分子 #1: Flock house nodavirus protein A

超分子名称: Flock house nodavirus protein A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Flock House virus (ウイルス) / 組織: BSRT7/5 cells / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: outer mitochondrial membrane

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分子 #1: Flock House nodavirus protein A

分子名称: Flock House nodavirus protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MTLKVILGEH QITRTELLVG IATVSGCGAV VYCISKFWGY GAIAPYPQSG GNRVTRALQR AVIDKTKTPI ETRFYPLDSL RTVTPKRVAD NGHAVSGAVR DAARRLIDES ITAVGGSKFE VNPNPNSSTG LRNHFHFAVG DLAQDFRNDT PADDAFIVGV DVDYYVTEPD ...文字列:
MTLKVILGEH QITRTELLVG IATVSGCGAV VYCISKFWGY GAIAPYPQSG GNRVTRALQR AVIDKTKTPI ETRFYPLDSL RTVTPKRVAD NGHAVSGAVR DAARRLIDES ITAVGGSKFE VNPNPNSSTG LRNHFHFAVG DLAQDFRNDT PADDAFIVGV DVDYYVTEPD VLLEHMRPVV LHTFNPKKVS GFDADSPFTI KNNLVEYKVS GGAAWVHPVW DWCEAGEFIA SRVRTSWKEW FLQLPLRMIG LEKVGYHKIH HCRPWTDCPD RALVYTIPQY VIWRFNWIDT ELHVRKLKRI EYQDETKPGW NRLEYVTDKN ELLVSIGREG EHAQITIEKE KLDMLSGLSA TQSVNARLIG MGHKDPQYTS MIVQYYTGKK VVSPISPTVY KPTMPRVHWP VTSDADVPEV SARQYTLPIV SDCMMMPMIK RWETMSESIE RRVTFVANDK KPSDRIAKIA ETFVKLMNGP FKDLDPLSIE ETIERLNKPS QQLQLRAVFE MIGVKPRQLI ESFNKNEPGM KSSRIISGFP DILFILKVSR YTLAYSDIVL HAEHNEHWYY PGRNPTEIAD GVCEFVSDCD AEVIETDFSN LDGRVSSWMQ RNIAQKAMVQ AFRPEYRDEI ISFMDTIINC PAKAKRFGFR YEPGVGVKSG SPTTTPHNTQ YNGCVEFTAL TFEHPDAEPE DLFRLIGPKC GDDGLSRAII QKSINRAAKC FGLELKVERY NPEIGLCFLS RVFVDPLATT TTIQDPLRTL RKLHLTTRDP TIPLADAACD RVEGYLCTDA LTPLISDYCK MVLRLYGPTA STEQVRNQRR SRNKEKPYWL TCDGSWPQHP QDAHLMKQVL IKRTAIDEDQ VDALIGRFAA MKDVWEKITH DSEESAAACT FDEDGVAPNS VDESLPLLND AKQTRANPGT SRPHSNGGGS SHGNELPRRT EQRAQGPRQP ARLPKQGKTN GKSDGNITAG ETQRGGIPRG KGPRGGKTNT RRTPPKAGAQ PQPSNNRK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 4.86 e/Å2 / 詳細: Grid ID: N56
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 19500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.15) / 使用したサブトモグラム数: 223
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 223 / 手法: volumes picked manually / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.15)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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