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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28981 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the vertebrate augmin complex | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map of X laevis augmin | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | microtubule / branching microtubule nucleation / spindle assembly / CELL CYCLE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HAUS complex / mitotic spindle microtubule / centrosome cycle / spindle assembly / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / spindle / spindle pole / microtubule / cell division ...HAUS complex / mitotic spindle microtubule / centrosome cycle / spindle assembly / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / spindle / spindle pole / microtubule / cell division / centrosome / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.88 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Travis SM / Huang W / Zhang R / Petry S | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Integrated model of the vertebrate augmin complex. 著者: Sophie M Travis / Brian P Mahon / Wei Huang / Meisheng Ma / Michael J Rale / Jodi Kraus / Derek J Taylor / Rui Zhang / Sabine Petry / 要旨: Accurate segregation of chromosomes is required to maintain genome integrity during cell division. This feat is accomplished by the microtubule-based spindle. To build a spindle rapidly and with high ...Accurate segregation of chromosomes is required to maintain genome integrity during cell division. This feat is accomplished by the microtubule-based spindle. To build a spindle rapidly and with high fidelity, cells take advantage of branching microtubule nucleation, which rapidly amplifies microtubules during cell division. Branching microtubule nucleation relies on the hetero-octameric augmin complex, but lack of structure information about augmin has hindered understanding how it promotes branching. In this work, we combine cryo-electron microscopy, protein structural prediction, and visualization of fused bulky tags via negative stain electron microscopy to identify the location and orientation of each subunit within the augmin structure. Evolutionary analysis shows that augmin's structure is highly conserved across eukaryotes, and that augmin contains a previously unidentified microtubule binding site. Thus, our findings provide insight into the mechanism of branching microtubule nucleation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28981.map.gz | 266.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28981-v30.xml emd-28981.xml | 29.7 KB 29.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28981_fsc.xml | 17.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28981.png | 42.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28981.cif.gz | 9 KB | ||
その他 | emd_28981_half_map_1.map.gz emd_28981_half_map_2.map.gz | 498.4 MB 498.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28981 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28981 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28981_validation.pdf.gz | 951.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28981_full_validation.pdf.gz | 951 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28981_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28981_validation.cif.gz | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28981 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28981 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fckMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 536.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of X laevis augmin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-map A of X laevis augmin
ファイル | emd_28981_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A of X laevis augmin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map B of X laevis augmin
ファイル | emd_28981_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map B of X laevis augmin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Augmin
全体 | 名称: Augmin |
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要素 |
|
-超分子 #1: Augmin
超分子 | 名称: Augmin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Peak octameric fraction following gel filtration |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Organelle: mitotic spindle / 細胞中の位置: cytoplasm |
分子量 | 理論値: 403 KDa |
-分子 #1: HAUS augmin-like complex subunit 1
分子 | 名称: HAUS augmin-like complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 32.655621 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDEKSTKIIM WLKKMFGDKP LPPYEVNTRT MEILYQLAEW NEARDKDLSL VTEDLKLKSA EVKAEAKYLQ DLLTEGLGPS YTNLSRMGN NYLNQIVDSC LALELKNSSL SSYIPAVNDL SSELVAIELN NQEMEAELTS LRKKLTEALV LEKSLEQDLK K AEEQCNFE ...文字列: MDEKSTKIIM WLKKMFGDKP LPPYEVNTRT MEILYQLAEW NEARDKDLSL VTEDLKLKSA EVKAEAKYLQ DLLTEGLGPS YTNLSRMGN NYLNQIVDSC LALELKNSSL SSYIPAVNDL SSELVAIELN NQEMEAELTS LRKKLTEALV LEKSLEQDLK K AEEQCNFE KAKVEIRSQN MKKLKDKSEE YKYKIHAAKD QLSSAGMEEP LTHRSLVSLS ETLTELKAQS MAAKEKLNSY LD LAPNPSL VKVKIEEAKR ELKATEVELT TKVNMMEFVV PEPSKRRLK UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 1 |
-分子 #2: HAUS augmin-like complex subunit 3
分子 | 名称: HAUS augmin-like complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 68.11225 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSGGDRFVQT LQKLNYPKGA QLDGEDFDWL FEAVDLKPFL DWFCSAASEQ NVVPDEKLQA FNTLKESGKP VLDEKALDEV LKTFSISKV PAIEEVAIEK LEEEVKALQK QKNLHIRRRN KLQMVESGNR QMCLKSKDKE EETGRAFQEV LHLLRVTNKK L NHELQSIV ...文字列: MSGGDRFVQT LQKLNYPKGA QLDGEDFDWL FEAVDLKPFL DWFCSAASEQ NVVPDEKLQA FNTLKESGKP VLDEKALDEV LKTFSISKV PAIEEVAIEK LEEEVKALQK QKNLHIRRRN KLQMVESGNR QMCLKSKDKE EETGRAFQEV LHLLRVTNKK L NHELQSIV NGVQTLMSFF STPETACELS SQPIFLSQLL LDKYLSLEEQ STAALTSFTK EHFFEGMSKF VEGSDENFQL VQ LNVNSFG EDGTTEDKCK EMMRLQLAYI CAKHKLIQMK AKSASLKVGL QWAENNASVV QDKASQKEEN LKVRITSLKN ETL QIENHT NSISNEKLPG LVRDNAQLLN MPIVKGDYDL QMAHQTSCSS RQDLVCDHLM KQKASFELLQ LGYELELRKH RDVY RELGS IVQELKESGD KLEERLTMLS DVNLLSASKP RSNIDSKDLT SHRLYQLLDG DNTQKLFRTY DGLESVAQKL SQDIA SMRD QLEVSEQEHS LLLSKLDSHL KELRDFMYPE GNTLMLTTPE LSGEFHQLGS QLEKLNHITV EILGDLQLKR KMLESN KLQ QIEKQLYVYF FQNEEQLKSI VGKLEAQTGG GSSA UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 3 |
-分子 #3: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog
分子 | 名称: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 41.256438 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAQTLQYVSS RLSMLQIDEE DLERNAQFGK VLIELCPLLG PNGGSANLNR ELEETRRELL LQRKMWMRSE VIYQLVQEML LDLQVRKLE GSLTEEERKF QDGLQQCMLV SECSRLLTAD SVPPSDSTSI LGLDKQDLLD LLPPNMLVLW VRDRLQKQLE E ALKKKCFT ...文字列: MAQTLQYVSS RLSMLQIDEE DLERNAQFGK VLIELCPLLG PNGGSANLNR ELEETRRELL LQRKMWMRSE VIYQLVQEML LDLQVRKLE GSLTEEERKF QDGLQQCMLV SECSRLLTAD SVPPSDSTSI LGLDKQDLLD LLPPNMLVLW VRDRLQKQLE E ALKKKCFT FLSFHQPETD EEGDVLRAAK VLRLASTLED EKRRLQNEQE KHQEMRALLE KQQEIYPHVL LRCLSLLRQA AS ELRLRAQ SDIDRINAEY LEAKSNALFL KLRMEELQVL TDCYTPEKVL VHRQIRDTLE AGVKKEKQEL STSRQILSSY EFL GPEFEG LVQEYTRLKD KIKDNRWMLQ ELSKSLP UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog |
-分子 #4: HAUS augmin-like complex subunit 5
分子 | 名称: HAUS augmin-like complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 77.357281 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MERRSLAQEL KKWAVEEMGL PAQKAPSEEM LQRLFIGQCG DIWKFIIRHI HSHRTVRKIE GNLLWYQQLQ HTEAQRTAEE EQQQRRKQL CKEILELRAE LHHLQEQIQT AEREIVGQDL NCERAQDLCR RSLLLRAFNK KREEECEALC QSNKKIQYRC E QLQEIRRA ...文字列: MERRSLAQEL KKWAVEEMGL PAQKAPSEEM LQRLFIGQCG DIWKFIIRHI HSHRTVRKIE GNLLWYQQLQ HTEAQRTAEE EQQQRRKQL CKEILELRAE LHHLQEQIQT AEREIVGQDL NCERAQDLCR RSLLLRAFNK KREEECEALC QSNKKIQYRC E QLQEIRRA SQREVMFSAV DPDLSSSTFL EPEVLRDVRE VCKLRFKFLR SLHDDSISSS VHPGKEDLRS LSHQQWMSMA EK VWNTHTP NHILAALERL TLNSTQELKK LQFSQAADLS KGPSCQLKEF SEPITQSRSC NESTHLDPQE TLPSFHSLIQ EGW ANSVKV SSELRRVQSQ AQALSEHLAE RIQEIHKKLS DGSEVSVLTR AAFDAELRCV ILRGCRDALM QECRMLQEEA AGKK QEMKL LQQQQQNIQE ACLLLDKKQK HIQILIKGNS SSKSQIRRSS VEAQKYVQDK LLPWPQEIIQ ESQRLQDSIQ KEVKH FSAI CLPALLKVST DGFNLLPSRE LSINRMSNTH APYYGIFKGI YESVRLPLYK APESVLSHVA DMKKQLFFLR SQLSSR SEA ISKTQRALQK NTNPDTDALL KSLSDHYSLE LDEMVPKMQR LIQQCEKHQE YGKEVQATVM DWWEQPVQLC LPSEERG GL TLRQWRERWT VAVTALQRAT GSRS UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 5 |
-分子 #5: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog, Green fluorescent ...
分子 | 名称: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog, Green fluorescent protein chimera タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 53.505473 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MMAANPWSPV QPSAASLLLE KCLAAGVLSQ NALDQAQLEA PCFSHAEELQ RITEIKAEIN QKSLELELLR LEKETADITH PLYLGQKHQ ALQAMNSHLE AVLREKRSLR QRLAQPVCQE NLPIEASYHR FTAELLPLAV NFIEKLEIYI KTIQTIPKIP D CASNMDNA ...文字列: MMAANPWSPV QPSAASLLLE KCLAAGVLSQ NALDQAQLEA PCFSHAEELQ RITEIKAEIN QKSLELELLR LEKETADITH PLYLGQKHQ ALQAMNSHLE AVLREKRSLR QRLAQPVCQE NLPIEASYHR FTAELLPLAV NFIEKLEIYI KTIQTIPKIP D CASNMDNA LMRMESLEAE MEEVTEQILT WREQQKTAFQ MNSDANSSCI TAQTSYLSIE NLHPVDMVSK GEELFTGVVP IL VELDGDV NGHKFSVSGE GEGDATYGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDHMKQHD FFKSAMPEGY VQE RTIFFK DDGNYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNYNSHNVY IMADKQKNGI KVNFKIRHNI EDGS VQLAD HYQQNTPIGD GPVLLPDNHY LSTQSALSKD PNEKRDHMVL KEFVTAAGIT LGMDELYKVD HHHHHHH UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog, Green fluorescent protein |
-分子 #6: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog
分子 | 名称: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 50.927965 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GPASGSTRGA EFMQSGSRPH LAWQREHMWL ALQGLGFESG AEAANAGKTL VHVTFGVNMF DKPNKDAFYV VFHFLFGKLD NVRCKEVFR YCWPPLDKKR DAEFRKACCE WLKKISDEVG AGFPQVVASI FLSPGGPKFV HLLYHFARYV MLQHIKRDAD A GNVFISEA ...文字列: GPASGSTRGA EFMQSGSRPH LAWQREHMWL ALQGLGFESG AEAANAGKTL VHVTFGVNMF DKPNKDAFYV VFHFLFGKLD NVRCKEVFR YCWPPLDKKR DAEFRKACCE WLKKISDEVG AGFPQVVASI FLSPGGPKFV HLLYHFARYV MLQHIKRDAD A GNVFISEA LQSKIQDPQK ALARNKLARQ KYLKVLQKEN LVIEEYQRKA QLLIKQIRDM RSEHVALQNQ QKLAEKVDRK IS DKDENIQ KTRCMWNTIM QMLKEMEKEV DVVDAVVRGN IDQYCLDGTN ATLNIPNLLI SRIESEMHRL QMDNVYEAGK VNL ITVVQL LNEALKLVSG ERSLYDCKGV RLDLQYLHGK AKFESEVLTR LRNMRHKIKR EDLVSIEKII ADREREWERK WEKI LGKCP FSLLKGLNPA LELNPPMAPF SFDPASEEVL KSSVFCH UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog |
-分子 #7: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog
分子 | 名称: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 39.379605 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MTGGKELGAA VELYERLQML SCPCLEGVYL TDPQSIYELL CTPSSHRLDI LQWLCSRIYP PVQEQLSSLK ESQTDTKVKE IAKLCFDLM LCHFDDLDLI RGHASPFKQI SFIGQLLDVI QYPDTISSNV ILESLSHSTE KNVVTCIREN EELLKELFSS P HFQATLSP ...文字列: MTGGKELGAA VELYERLQML SCPCLEGVYL TDPQSIYELL CTPSSHRLDI LQWLCSRIYP PVQEQLSSLK ESQTDTKVKE IAKLCFDLM LCHFDDLDLI RGHASPFKQI SFIGQLLDVI QYPDTISSNV ILESLSHSTE KNVVTCIREN EELLKELFSS P HFQATLSP ECNPWPADFK PLLNAEESLQ KRATQSSKGK DMSNSVEALL EISSSLKALK EECVDLCSSV TDGDKVIQSL RL ALTDFHQ LTIAFNQIYA NEFQEHCGHP APHMSPMGPF FQFVHQSLST CFKELESIAQ FTETSENIVD VVRERHQSKE KWA GSTIST LCEKMKELRQ SYEAFQQSSL QD UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog |
-分子 #8: HAUS augmin-like complex subunit 8
分子 | 名称: HAUS augmin-like complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 41.144852 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSEAGVAPIE DGSQNSSGGS SGDAALKKSK GGAKVVKSRY MQIGRSKVSK NSLANTTVCS GGKVPERGSG GTPTRRSLAP HKAKITAAV PLPALDGSIF TKEDLQSTLL DGHRIARPDL DLSVINDRTL QKITPRPVVT SEQKKPKRDT TPVNLVPEDM V EMIESQTL ...文字列: MSEAGVAPIE DGSQNSSGGS SGDAALKKSK GGAKVVKSRY MQIGRSKVSK NSLANTTVCS GGKVPERGSG GTPTRRSLAP HKAKITAAV PLPALDGSIF TKEDLQSTLL DGHRIARPDL DLSVINDRTL QKITPRPVVT SEQKKPKRDT TPVNLVPEDM V EMIESQTL LLTYLTIKMQ KNLFRLEEKA ERNLLLVNDQ KDQLQETIHM MKRDLTLLQR EERLRDLIEK QDEVLTPVVT SK DPFKDNY TTFATALDST RHQLAIKNIH ITGNRHRYLE ELQKHLAITK SLLEEIMPSH ASENAESFDT IKDLENIVLK TDE ELARSF RQILDLSFKV NKEISLQSQK AVEETCESAL VRQWYFDGSL P UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 8 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.06 mg/mL | ||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #0 - Film thickness: 10 / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 8 sec. | ||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2350 / 平均電子線量: 66.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 39.903 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 10.105 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-8fck: |