[日本語] English
万見
- EMDB-28979: Cryo-EM structure of Chikungunya virus asymmetric unit -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28979
タイトルCryo-EM structure of Chikungunya virus asymmetric unit
マップデータchikv_asu_165.mrc
試料
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードCHIKV asymmetric unit / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Su GC / Chmielewsk D / Kaelber J / Pintilie G / Chen M / Jin J / Auguste A / Chiu W
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P41GM103832 米国
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2024
タイトル: Cryogenic electron microscopy and tomography reveal imperfect icosahedral symmetry in alphaviruses.
著者: David Chmielewski / Guan-Chin Su / Jason T Kaelber / Grigore D Pintilie / Muyuan Chen / Jing Jin / Albert J Auguste / Wah Chiu /
要旨: Alphaviruses are spherical, enveloped RNA viruses with two-layered icosahedral architecture. The structures of many alphaviruses have been studied using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) ...Alphaviruses are spherical, enveloped RNA viruses with two-layered icosahedral architecture. The structures of many alphaviruses have been studied using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) reconstructions, which impose icosahedral symmetry on the viral particles. Using cryogenic electron tomography (cryo-ET), we revealed a polarized symmetry defect in the icosahedral lattice of Chikungunya virus (CHIKV) in situ, similar to the late budding particles, suggesting the inherent imperfect symmetry originates from the final pinch-off of assembled virions. We further demonstrated this imperfect symmetry is also present in in vitro purified CHIKV and Mayaro virus, another arthritogenic alphavirus. We employed a subparticle-based single-particle analysis protocol to circumvent the icosahedral imperfection and boosted the resolution of the structure of the CHIKV to ∼3 Å resolution, which revealed detailed molecular interactions between glycoprotein E1-E2 heterodimers in the transmembrane region and multiple lipid-like pocket factors located in a highly conserved hydrophobic pocket. This complementary use of in situ cryo-ET and single-particle cryo-EM approaches provides a more precise structural description of near-icosahedral viruses and valuable insights to guide the development of structure-based antiviral therapies against alphaviruses.
履歴
登録2022年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_28979.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28979.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈chikv_asu_165.mrc
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.352 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.047199037 - 0.09526834
平均 (標準偏差)0.00046073424 (±0.0041371584)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0111
サイズ165165165
Spacing165165165
セルA=B=C: 223.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: run half2 class001 unfil.mrc

ファイルemd_28979_half_map_1.map
注釈run_half2_class001_unfil.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: run half2 class001 unfil.mrc

ファイルemd_28979_half_map_2.map
注釈run_half2_class001_unfil.mrc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Chikungunya virus

全体名称: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
要素
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: E1 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: E2 glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

-
超分子 #1: Chikungunya virus

超分子名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: vaccine strain 181/clone 25 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
分子量理論値: 500 KDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 700.0 Å / T番号(三角分割数): 4

-
分子 #1: E1 glycoprotein

分子名称: E1 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: vaccine strain 181/clone 25
分子量理論値: 47.497906 KDa
配列文字列: YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KSLPDYSCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNVTVSAYAN GDHAVTVKDA K FIVGPMSS ...文字列:
YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KSLPDYSCKV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNVTVSAYAN GDHAVTVKDA K FIVGPMSS AWTPFDNKIV VYKGDVYNMD YPPFGAGRPG QFGDIQSRTP ESEDVYANTQ LVLQRPSAGT VHVPYSQAPS GF KYWLKER GASLQHTAPF GCQIATNPVR AMNCAVGNMP ISIDIPDAAF TRVVDAPSLT DMSCEVPACT HSSDFGGVAI IKY AASKKG KCAVHSMTNA VTIREAEIEV EGNSQLQISF STALASAEFR VQVCSTQVHC AAECHPPKDH IVNYPASHTT LGVQ DISVT AMSWVQKITG GVGLVVAVAA LILIVVLCVS FSRH

UniProtKB: Structural polyprotein

-
分子 #2: E2 glycoprotein

分子名称: E2 glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: vaccine strain 181/clone 25
分子量理論値: 47.077719 KDa
配列文字列: NFNVYKAIRP YLAHCPDCGE GHSCHSPVAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDNHM PADAERARLF VRTSAPCTI TGTMGHFILA RCPKGETLTV GFTDGRKISH SCTHPFHHDP PVIGREKFHS RPQHGRELPC STYAQSTAAT A EEIEVHMP ...文字列:
NFNVYKAIRP YLAHCPDCGE GHSCHSPVAL ERIRNEATDG TLKIQVSLQI GIKTDDSHDW TKLRYMDNHM PADAERARLF VRTSAPCTI TGTMGHFILA RCPKGETLTV GFTDGRKISH SCTHPFHHDP PVIGREKFHS RPQHGRELPC STYAQSTAAT A EEIEVHMP PDTPDRTLMS QQSGNVKITV NSQTVRYKCN CGDSNEGLTT TDKVINNCKV DQCHAAVTNH KKWQYNSPLV PR NAELGDR KGKVHIPFPL ANVTCRVPKA RNPTVTYGKN QVIMLLYPDH PTLLSYRNMG EEPNYQEEWV THKKEIRLTV PTE GLEVTW GNNEPYKYWP QLSTNGTAHG HPHEIILYYY ELYPTMTVVV VSVASFVLLS MVGVAVGMCM CARRRCITPY ELTP GATVP FLLSLICCIR TAKA

UniProtKB: Structural polyprotein

-
分子 #3: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
株: vaccine strain 181/clone 25
分子量理論値: 16.428607 KDa
配列文字列:
NDCIFEVKHE GKVTGYACLV GDKVMKPAHV KGTIDNADLA KLAFKRSSKY DLECAQIPVH MKSDASKFTH EKPEGYYNWH HGAVQYSGG RFTIPTGAGK PGDSGRPIFD NKGRVVAIVL GGANEGARTA LSVVTWNKDI VTKITPEGAE EW

UniProtKB: Structural polyprotein

-
分子 #4: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTris
120.0 mMSodium chloride
1.0 mMEDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 47.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 106000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 142609
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6nk5

最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 2252628
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6nk5


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8fcg:
Cryo-EM structure of Chikungunya virus asymmetric unit

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る