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- EMDB-28931: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer with nanobody bound to RBD i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28931
タイトルSARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer with nanobody bound to RBD in the "up" conformation (locally-refined)
マップデータLocally-refined map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer with nanobody bound to RBD in the "up" conformation
試料
  • 複合体: Complex of a nanobody bound to a trimer of SARS-CoV-2 spike proteins
    • 複合体: Nanobody
      • タンパク質・ペプチド: Anti-S1 Nanobody
    • 複合体: Spike protein trimer
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
キーワードSARS-CoV-2 / spike / antibody / nanobody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN
生物種Lama glama (ラマ) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.53 Å
データ登録者Laughlin ZT / Patel A / Ortlund EA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)3U54EB027690-04S 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SARS-CoV-2 spike protein bound with nanobody
著者: Laughlin ZL / Patel A / Ortlund EA
履歴
登録2022年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28931.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28931.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally-refined map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer with nanobody bound to RBD in the "up" conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 416 pix.
= 444.746 Å		1.07 Å/pix.
x 416 pix.
= 444.746 Å		1.07 Å/pix.
x 416 pix.
= 444.746 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0691 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.89043534 - 1.3053372
平均 (標準偏差)-0.00080715574 (±0.009706827)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 444.7456 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map of locally-refined map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein...

ファイルemd_28931_half_map_1.map
注釈Half-map of locally-refined map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer with nanobody bound to RBD in the "up" conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map of locally-refined map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein...

ファイルemd_28931_half_map_2.map
注釈Half-map of locally-refined map of SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer with nanobody bound to RBD in the "up" conformation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of a nanobody bound to a trimer of SARS-CoV-2 spike proteins

全体名称: Complex of a nanobody bound to a trimer of SARS-CoV-2 spike proteins
要素
  • 複合体: Complex of a nanobody bound to a trimer of SARS-CoV-2 spike proteins
    • 複合体: Nanobody
      • タンパク質・ペプチド: Anti-S1 Nanobody
    • 複合体: Spike protein trimer
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: Complex of a nanobody bound to a trimer of SARS-CoV-2 spike proteins

超分子名称: Complex of a nanobody bound to a trimer of SARS-CoV-2 spike proteins
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Nanobody

超分子名称: Nanobody / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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超分子 #3: Spike protein trimer

超分子名称: Spike protein trimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVTKR FDNPVLPFND GVYFASTEK SNIIRGWIFG TTLDSKTQSL LIVNNATNVV IKVCEFQFCN DPFLGVYYHK NNKSWMESEF R VYSSANNC TFEYVSQPFL MDLEGKQGNF ...文字列:
QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVTKR FDNPVLPFND GVYFASTEK SNIIRGWIFG TTLDSKTQSL LIVNNATNVV IKVCEFQFCN DPFLGVYYHK NNKSWMESEF R VYSSANNC TFEYVSQPFL MDLEGKQGNF KNLREFVFKN IDGYFKIYSK HTPINLVRDL PQGFSALEPL VD LPIGINI TRFQTLLALH RSYLTPGDSS SGWTAGAAAY YVGYLQPRTF LLKYNENGTI TDAVDCALDP LSE TKCTLK SFTVEKGIYQ TSNFRVQPTE SIVRFPNITN LCPFGEVFNA TRFASVYAWN RKRISNCVAD YSVL YNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYNY KLPDDFTGCV IAWNS NNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFNCYFPL QSYGFQPTNG VGYQPY RVV VLSFELLHAP ATVCGPKKST NLVKNKCVNF NFNGLTGTGV LTESNKKFLP FQQFGRDIAD TTDAVRD PQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQDVNCNVF QTRAGCLIGA EHVNNSYECD IPIGAGIC A SYQTSQSIIA YTMSLGAENS VAYSNNSIAI PTNFTISVTT EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLL LQYGSFCTQL NRALTGIAVE QDKNTQEVFA QVKQIYKTPP IKDFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLLF NKVTCAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGPALQ IPFPMQMAYR FNGIGVTQNV L YENQKLIA NQFNSAIGKI QDSLSSALGK LQDVVNQNAQ ALNTLVKQLS SNFGAISSVL NDILSRLDPP EA EVQIDRL ITGRLQSLQT YVTQQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG YHLMSFPQSA PHG VVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CDVV IGIVN NTVYDPLQPE LD

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分子 #2: Anti-S1 Nanobody

分子名称: Anti-S1 Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGGTFS SIGMGWFRQA PGKEREFVAA ISWDGGATAY ADSVKGRFTI SADNSKNTA YLQMNSLKPE DTAVYYCAKE DVGKPFDWGQ GTLVTVSSG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
137.0 mMNaClSodium chloride
2.7 mMKClPotassium chloride
8.0 mMNa2HPO4Sodium hydrogen Phosphate
2.0 mMKH2PO4Potassium Di-hydrogen Phosphate
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4186 / 平均電子線量: 63.81 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1725357
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 615492
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 431339 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 102 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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