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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28902 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human pannexin 2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Electric Transmission Across Gap Junctions / wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / monoatomic cation transport / response to ischemia / electron transport chain / cell-cell signaling / monoatomic ion transmembrane transport / periplasmic space / electron transfer activity ...Electric Transmission Across Gap Junctions / wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / monoatomic cation transport / response to ischemia / electron transport chain / cell-cell signaling / monoatomic ion transmembrane transport / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / Golgi membrane / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å | |||||||||
データ登録者 | He Z / Yuan P | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural and functional analysis of human pannexin 2 channel. 著者: Zhihui He / Yonghui Zhao / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Rajan Sah / Hongzhen Hu / Peng Yuan / 要旨: The pannexin 2 channel (PANX2) participates in multiple physiological processes including skin homeostasis, neuronal development, and ischemia-induced brain injury. However, the molecular basis of ...The pannexin 2 channel (PANX2) participates in multiple physiological processes including skin homeostasis, neuronal development, and ischemia-induced brain injury. However, the molecular basis of PANX2 channel function remains largely unknown. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of human PANX2, which reveals pore properties contrasting with those of the intensely studied paralog PANX1. The extracellular selectivity filter, defined by a ring of basic residues, more closely resembles that of the distantly related volume-regulated anion channel (VRAC) LRRC8A, rather than PANX1. Furthermore, we show that PANX2 displays a similar anion permeability sequence as VRAC, and that PANX2 channel activity is inhibited by a commonly used VRAC inhibitor, DCPIB. Thus, the shared channel properties between PANX2 and VRAC may complicate dissection of their cellular functions through pharmacological manipulation. Collectively, our structural and functional analysis provides a framework for development of PANX2-specific reagents that are needed for better understanding of channel physiology and pathophysiology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28902.map.gz | 78.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28902-v30.xml emd-28902.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28902.png | 156.5 KB | ||
その他 | emd_28902_half_map_1.map.gz emd_28902_half_map_2.map.gz | 77.5 MB 77.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28902 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28902 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28902_validation.pdf.gz | 838.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28902_full_validation.pdf.gz | 837.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28902_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28902_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28902 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28902 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f7cMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28902.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28902_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28902_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human pannexin 2
全体 | 名称: human pannexin 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: human pannexin 2
超分子 | 名称: human pannexin 2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 380 KDa |
-分子 #1: Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion
分子 | 名称: Pannexin-2, Soluble cytochrome b562 fusion / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 55.033406 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
配列 | 文字列: MHHLLEQSAD MATALLAGEK LRELILPGAQ DDKAGALAAL LLQLKLELPF DRVVTIGTVL VPILLVTLVF TKNFAEEPIY CYTPHNFTR DQALYARGYC WTELRDALPG VDASLWPSLF EHKFLPYALL AFAAIMYVPA LGWEFLASTR LTSELNFLLQ E IDNCYHRA ...文字列: MHHLLEQSAD MATALLAGEK LRELILPGAQ DDKAGALAAL LLQLKLELPF DRVVTIGTVL VPILLVTLVF TKNFAEEPIY CYTPHNFTR DQALYARGYC WTELRDALPG VDASLWPSLF EHKFLPYALL AFAAIMYVPA LGWEFLASTR LTSELNFLLQ E IDNCYHRA AEGRAPKIEK QIQSKGPGIT EREKREIIEN AEKEKSPEQN LFEKYLERRG RSNFLAKLYL ARHVLILLLS AV PISYLCT YYATQKQNEF TCALGASPDG AAGAGPAVRV SCKLPSVQLQ RIIAGVDIVL LCVMNLIILV NLIHLFIFRK SNF IFDKLH KVGIKTRRQW RRSQFCDINI LAMFCNENRD HIKSLNRLDF ITNESDADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKD ALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLSN SLEV LFQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 40uM GDN, 1mM Fluorinated Fos-Choline-8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 78.73 |
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得られたモデル | PDB-8f7c: |