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- EMDB-28890: Cryo-EM structure of alkane 1-monooxygenase AlkB-AlkG complex fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28890
タイトルCryo-EM structure of alkane 1-monooxygenase AlkB-AlkG complex from Fontimonas thermophila
マップデータ
試料
  • 複合体: Electron transfer complex of AlkB and AlkG
    • タンパク質・ペプチド: Alkane 1-monooxygenase
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: DODECANE
キーワードElectron transfer complex / iron-sulfur cluster / histidine-diiron center / hydrophobic alkane binding pocket / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


monooxygenase activity / lipid metabolic process / iron ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alkane/xylene monooxygenase / Fatty acid desaturase domain / Fatty acid desaturase / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkane 1-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Fontimonas thermophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Chai J / Guo G / McSweeney S / Shanklin J / Liu Q
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for enzymatic terminal C-H bond functionalization of alkanes.
著者: Jin Chai / Gongrui Guo / Sean M McSweeney / John Shanklin / Qun Liu /
要旨: Alkane monooxygenase (AlkB) is a widely occurring integral membrane metalloenzyme that catalyzes the initial step in the functionalization of recalcitrant alkanes with high terminal selectivity. AlkB ...Alkane monooxygenase (AlkB) is a widely occurring integral membrane metalloenzyme that catalyzes the initial step in the functionalization of recalcitrant alkanes with high terminal selectivity. AlkB enables diverse microorganisms to use alkanes as their sole carbon and energy source. Here we present the 48.6-kDa cryo-electron microscopy structure of a natural fusion from Fontimonas thermophila between AlkB and its electron donor AlkG at 2.76 Å resolution. The AlkB portion contains six transmembrane helices with an alkane entry tunnel within its transmembrane domain. A dodecane substrate is oriented by hydrophobic tunnel-lining residues to present a terminal C-H bond toward a diiron active site. AlkG, an [Fe-4S] rubredoxin, docks via electrostatic interactions and sequentially transfers electrons to the diiron center. The archetypal structural complex presented reveals the basis for terminal C-H selectivity and functionalization within this broadly distributed evolutionary class of enzymes.
履歴
登録2022年11月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28890.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.332 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.72
最小 - 最大-1.4733763 - 3.1035407
平均 (標準偏差)0.00767573 (±0.11410744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 170.496 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28890_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28890_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Electron transfer complex of AlkB and AlkG

全体名称: Electron transfer complex of AlkB and AlkG
要素
  • 複合体: Electron transfer complex of AlkB and AlkG
    • タンパク質・ペプチド: Alkane 1-monooxygenase
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: DODECANE

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超分子 #1: Electron transfer complex of AlkB and AlkG

超分子名称: Electron transfer complex of AlkB and AlkG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Fontimonas thermophila (バクテリア)

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分子 #1: Alkane 1-monooxygenase

分子名称: Alkane 1-monooxygenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alkane 1-monooxygenase
由来(天然)生物種: Fontimonas thermophila (バクテリア)
分子量理論値: 52.942164 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMSTPTLD AGTLAWNDGK RYLWLLSPFI PVLGLIGLGL FLYTDIGLFT WSGPLLIYGL IPLLDWLVGE DRNNPPEAAV AQLENDRYY RAIVYAYLPT QYAVTVLGTW VAVTADLAIW EYIGLVLSVG AVNGIGINTA HELGHKRENL DRWLAKLTLA P VAYGHFFV ...文字列:
SNAMSTPTLD AGTLAWNDGK RYLWLLSPFI PVLGLIGLGL FLYTDIGLFT WSGPLLIYGL IPLLDWLVGE DRNNPPEAAV AQLENDRYY RAIVYAYLPT QYAVTVLGTW VAVTADLAIW EYIGLVLSVG AVNGIGINTA HELGHKRENL DRWLAKLTLA P VAYGHFFV EHNRGHHKNV ATPEDPASSK MGESFWAFLP RTVIGSLRSA WAIEKARLQR NKQSVWSLDN ENLQAWAMTI VL FGALTAC LGWPALLFLV LQAAYGASLL EVINYIEHYG LLRQKLPDGR YERCQPRHSW NSNHIVTNLF LYQLQRHSDH HAN PTRRFQ ALRHFDDSPQ LPSGYASMLI PAYVPWLWFR LMDPLVARHY GGDLTKANLY PPKRAALLAR WHRPRPDARR ADTQ PTDAT ATPADAAASP GGRYQCTDCG YIYDEAIGCP REGFPPGTPW SQIPDDWSCP DCAVRDKVDF RKLPAA

UniProtKB: Alkane 1-monooxygenase

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分子 #2: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #3: DODECANE

分子名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: D12
分子量理論値: 170.335 Da
Chemical component information

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46953
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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