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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28866 | |||||||||
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タイトル | Structure of Leishmania tarentolae IFT-A (state 1) | |||||||||
マップデータ | Composite map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cilia / IFT / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intraciliary transport particle A / intraciliary retrograde transport / intraciliary transport / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / non-motile cilium / motile cilium / axoneme / cilium assembly / ciliary basal body / cilium 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Leishmania tarentolae (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou H / Brown A | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Mechanism of IFT-A polymerization into trains for ciliary transport. 著者: Shimi Meleppattu / Haixia Zhou / Jin Dai / Miao Gui / Alan Brown / 要旨: Intraflagellar transport (IFT) is the highly conserved process by which proteins are transported along ciliary microtubules by a train-like polymeric assembly of IFT-A and IFT-B complexes. IFT-A is ...Intraflagellar transport (IFT) is the highly conserved process by which proteins are transported along ciliary microtubules by a train-like polymeric assembly of IFT-A and IFT-B complexes. IFT-A is sandwiched between IFT-B and the ciliary membrane, consistent with its putative role in transporting transmembrane and membrane-associated cargoes. Here, we have used single-particle analysis electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine structures of native IFT-A complexes. We show that subcomplex rearrangements enable IFT-A to polymerize laterally on anterograde IFT trains, revealing a cooperative assembly mechanism. Surprisingly, we discover that binding of IFT-A to IFT-B shields the preferred lipid-binding interface from the ciliary membrane but orients an interconnected network of β-propeller domains with the capacity to accommodate diverse cargoes toward the ciliary membrane. This work provides a mechanistic basis for understanding IFT-train assembly and cargo interactions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28866.map.gz | 98.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28866-v30.xml emd-28866.xml | 60.3 KB 60.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28866.png | 117.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28866.cif.gz | 11.4 KB | ||
その他 | emd_28866_additional_1.map.gz emd_28866_additional_10.map.gz emd_28866_additional_11.map.gz emd_28866_additional_12.map.gz emd_28866_additional_13.map.gz emd_28866_additional_14.map.gz emd_28866_additional_15.map.gz emd_28866_additional_16.map.gz emd_28866_additional_17.map.gz emd_28866_additional_18.map.gz emd_28866_additional_2.map.gz emd_28866_additional_3.map.gz emd_28866_additional_4.map.gz emd_28866_additional_5.map.gz emd_28866_additional_6.map.gz emd_28866_additional_7.map.gz emd_28866_additional_8.map.gz emd_28866_additional_9.map.gz | 735.5 MB 736 MB 736.4 MB 1.1 MB 2.1 MB 2.2 MB 1.5 MB 1.4 MB 736.4 MB 735 MB 740.1 MB 740.1 MB 740.6 MB 740.6 MB 736 MB 98.4 MB 735.9 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28866 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28866 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28866_validation.pdf.gz | 349.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28866_full_validation.pdf.gz | 349.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28866_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28866_validation.cif.gz | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28866 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28866 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f5oMC 8f5pC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28866.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 909.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
+追加マップ: Consensus refinement
+追加マップ: IFT121 IFT122 half map 1
+追加マップ: IFT139 IFT122 half map 2
+追加マップ: IFT139 mask
+追加マップ: IFT121 IFT122 mask
+追加マップ: IFT139 IFT122 mask
+追加マップ: A1 subcomplex mask
+追加マップ: A1 V subcomplex mask
+追加マップ: Consensus refinement half map 2
+追加マップ: Consensus refinement half map 1
+追加マップ: A1 subcomplex half 1
+追加マップ: A1 subcomplex half 2
+追加マップ: A1 V subcomplex half 2
+追加マップ: A1 V subcomplex half 1
+追加マップ: IFT121 IFT122 half map 2
+追加マップ: IFT139 half map 1
+追加マップ: IFT139 IFT122 half map 1
+追加マップ: IFT139 half map 2
-試料の構成要素
-全体 : IFT-A
全体 | 名称: IFT-A |
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要素 |
|
-超分子 #1: IFT-A
超分子 | 名称: IFT-A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) |
-分子 #1: Intraflagellar transport protein 122B, putative
分子 | 名称: Intraflagellar transport protein 122B, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) |
分子量 | 理論値: 139.24675 KDa |
配列 | 文字列: MFVYLSKRIA MPNGVKVTSI AWNDGQGWLA CGGEKGLLKV LKVDGGPQGQ RSGGLSSSQT LEGHDTTVDL VTWNQQYCKL TSSDVSGRI IVWVLHKGMW FEEMVNNRNS SRVVDFAWNP SGTKICITYE DGAVIVGGVD GNRYWGRELP YKLAKVCWGA D GNSILFGT ...文字列: MFVYLSKRIA MPNGVKVTSI AWNDGQGWLA CGGEKGLLKV LKVDGGPQGQ RSGGLSSSQT LEGHDTTVDL VTWNQQYCKL TSSDVSGRI IVWVLHKGMW FEEMVNNRNS SRVVDFAWNP SGTKICITYE DGAVIVGGVD GNRYWGRELP YKLAKVCWGA D GNSILFGT ATGEVYVHDA SSGEHLSQVE IKCNDGKAPS PLAGLSWHPA WVERPEPLAT LAVCYQSGKL QLMTSIGDET PC NVDRDLP AHFISWNPSG TVLAVTAATP ATEENGPGIV TQFFSTEGVH LRTLRVSGKQ CGGITWEGGG LRVAIGVDSS VYF ANVRPN YKYCYFKKTA VFAFTVPDKV EESVMFWNVN TNERRTKSVR GLQYMNACKD ACVLISRPDT TQQQRMIQLV NAIG SPLET RFIDMELYTY DMNSSAVVCC GDESIYIWQF RDPSTAVDAL DPISMQASRA ESQERVIHVC DLVRGDTAPT MKVRS ALTN DLISAMCVSE THMFVSLESG TLHVYQLSPL QLVSKYILFA RAQSMSVNCN STQLAVIHLG GITNVYCIER EKFSLV PCK ADTIDGVELK DVWNLRWAVD DPHRFAVMEK TRMLVYNHGV AEEPVQSCAN LCKFKSLKIR TLQLDELLLD PERPRKD YI VDFEAQLLRD MRAVLRDGTA KEAYEFAESH NTKKLWELLA EHTLFQLDFT YAEVAFIHCK DYAAIQFVKR VRSLDDPK K QLAEVNAYYR RFDEAERLYK DVDRKDLALD LRYRLGDWFG VVRLVQEGGG DEALLFQAWE NIGDHYASRQ KWSKAAQYY TQCRHYRKLA RIFYIIEDYE MLTQLISMGE HDKELMVTLG NMLLTVGLAE EAAKAFIAAN EPRMAVNGCV QVNMWNRAIA LAKEHRLED VGQLLEKYAK YLIHRERLTE AIELYRKAGK HDEAATLLAQ LGKRAALRDA LKAKKFYVLS ALEVQKYRTT A IALNRDGV AVVSEMLNKD RSTVSERTLD AAWRGAEAYH FLLMCQQQMA DRNFKAALVL AMRLIEYDDL VAPVDGYSLI AL TAYLVKN FGLCSKAFAR LEQAERNDEA GGVAAAATTQ LENFSLDLDV THRTMASTCG GSTGGSTGML SGGGGSALSG TTT SLQLTN PGKGVTRMAP MTYPTVSLRD PPRPFADLAR HIFMTHSPVD TSVDSVPCPT CGSFNKEWAQ RCIKCQQPFN TCIV SGCAI VSEDGAWQCS VCHRKALEAV VDKYRNCPLC HTPRKGRMRR GI UniProtKB: Intraflagellar transport protein 122B, putative |
-分子 #2: Intraflagellar transport protein 122 homolog
分子 | 名称: Intraflagellar transport protein 122 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) |
分子量 | 理論値: 144.971953 KDa |
配列 | 文字列: MHTSVRWSET ADAVKGIRPP VNSLCYSPSG DYVVASCGVR VLVYAASTGT LLHSLMGHQD TIYCVDYSSD GKNFASGGAD RTVIVWSSQ GEGIVKYQHT EAIQALAHNP TSSQLASVSS VDWGIWSPEQ PKVSKYSLPS KGLCAAWTPN GKTLAIGMLD G TVMMLSKT ...文字列: MHTSVRWSET ADAVKGIRPP VNSLCYSPSG DYVVASCGVR VLVYAASTGT LLHSLMGHQD TIYCVDYSSD GKNFASGGAD RTVIVWSSQ GEGIVKYQHT EAIQALAHNP TSSQLASVSS VDWGIWSPEQ PKVSKYSLPS KGLCAAWTPN GKTLAIGMLD G TVMMLSKT SEEKVIIRRP APVWALAFTP LRENGIDVLA IGSWDQRLSF YNLSGTAVGR ERELDFDPCS VSYFNDGEYI LL SGSDHKV TLFTKDGNRL IELASADDWI WSARQRPRQK QFCYGTNDGT ISCIDITIST VHTIYDDQYV FRKDMTNLVV HQL LVDRKM VIPCNEYVQK IATFLDKLAV QLQERVIVFE FFYDDDRTMR YQDIAQIRRR LECSLLCVTT GAIIVSNDKR ITMY DFQGN KRREWSMESP VQLMKVVGGM EGREILLVGL NGGQVMKVFV DNPFPTLLHK GTAPVKSAEL SSSRSRLAVI DSTNT LQVL ELGEKNELLF SEDNVTAVAF NIDVDDNIAF TTGDNTLHIK TGSLPAYQQA VRGIVVGFKA NHVFNLHYSN MMVLDV PHA HALYKYVEMR DFDRAYEVAC LGVADADWKM LGLHAMSQLR LDIARKAFTH IQDTKLVELL KSLELRRRQS GAEDGLS LT LGKASGTPDT VEGPENKGYG STNGELAAAR VAAKDSVLYG SILAFQGKYN DAARQFMKTG CELKAVEMYC DLKMWDNA K KICTDEKVLK DLIRQQARWA EESQNFVEAA SLYESCGDYA KAIGMMGQAG QVEKLMKMCR SLPTSEVTLI TECANFFRK HNAIPFAIEA YEKVQDHQAL IGIYVAKGDW RNAFTILEKT PTLAREVYVP WATWLADNDK FDEALEAFRA AKWPKEAMRL METLATNSV TCRKFRDAAF YYIHLAEEYG RFEETEKPTD VEKAARIRRS KECVRRADIY YAFSGVYAHT TQPLPYNELS L FRTAKYLF GMCAESAIPI NVGKGAILYT LSRIANRLEM VRTARAVFEK LQGVILPVSM MEQVDIETLL VRSKPVKDRD EL LDRCFRC NQLIAQLPMA GDRCPNCFHP CVRSFVNFEC LPLVEFVLAD ELTDEEAERI IVSGVGRRRS ADDENSKDHS DGA DAKAKE WKSDNGANVI SFDDGNIDYE IDQQLVAMGR SKAAANKGND PFFTQLQYVL RPGRPTATYQ PFVASADILK GFRR DEVFI VRPRYGTLPV PNRYYRLMRS DVSVCLCNGC QHFFIAEDYE AECMRGSGCP LCRYRPGKQV SRSMKQILFD METAA AASK TSSAAAAL UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein
分子 | 名称: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) |
分子量 | 理論値: 182.580078 KDa |
配列 | 文字列: MSLFVVNAPG HEGQLKEQLI VAHKRRPLLA TAWVNPPSVL ITNSEGEVLT QVADPPGSTG RTHQPTALTW HPNEELLVIG WSNGEMSLW SMPSVSSLAL GEDYTTAAAR SAVQLIAAKA ATQSSAEGAT REHASGAVVA SEWSTRGLYL VSASQQRHVV M WMLEKIPA ...文字列: MSLFVVNAPG HEGQLKEQLI VAHKRRPLLA TAWVNPPSVL ITNSEGEVLT QVADPPGSTG RTHQPTALTW HPNEELLVIG WSNGEMSLW SMPSVSSLAL GEDYTTAAAR SAVQLIAAKA ATQSSAEGAT REHASGAVVA SEWSTRGLYL VSASQQRHVV M WMLEKIPA ETSVTFKLKP LWSVQSREPV ARIIHVPSKA SHPSTAFKLN NGATAAAAAE GGDDDISFLL ADGGTSVTAI NE DQQLFPC VTQQEQIASV LYDAATRTLV TLTTTSMIEV YAVGEDIKGT STLRRKLSAP ATTPTVSTTT GERIAMSMVW ASP GVVAFG SGDDRLRILD LSSGSLDVLL LPQPDLHVSS LATFAAKGTM IVGTVEGFLV VFQHHAASLL TSRHVSVARE TVTS SSPFA PAATEASQWE AMTVHQVGKC VDRVVLTALG DVALCCGGSE LQVLHEIIRK RAWDGVAAAT QISSDMVVIE SITGC QCLL QNKGNVHGVS IAFPNIALWN GSQIDFYMID EATSEITFIN FVLTTSPAFA IHREGLIYVK GNRIVFETMQ LAPIAQ MTF TESEGVPVIM DIMNDYLVVV SSKNYLRLAR ISTRDLQQLG PARPLTFPSI LQPDAVEASS GASEMTPFVE DISTLEV SV SGARVNAQGR RVALMSTLGP LALPDTRIWV YDSDTDKMSF FDFGSRNEIP NSVYWNTPEP NTTTVGEFEY ILLACETY Q IHMDDKKSAS EEAESPKACT DTTNDGNKIA DHPVGQENLP EALPDMENYA EKKAELEDAR RESVGTTNYV SQRPHNIVT FFATHDGLVL QNFAPLRRYQ ICLVGLTIPD FLLASVKING DPNNAEDYVI EQKRLRDFEG LKSDKDVAVR EALMKFSYYA TIGNMDEAY RCVKSIKNPA AWQGLARLCV TSGRLDVAAV CLATMEDCVA ARALREAKED YPDDQDVQLA TLALGLSMTE E AVELLRKS KRYDLLTDVY MACGKFEHAQ RHSERFDRAR IRPVAYKYAQ FMESLQNMDA AIMWYYNAKC ASTDVPRIFF QT NRMHELR QLMMIQSQPP SPTAGDSAQR PQPGIGEQQS TFATIFPQNR ELLLWWAQHS ERRHNVQEAL RFYNAGEDVY NIV RILCSL TPPKLDSALQ LVNKEMDKAK MRFQQQQAFA ATASARFGDD DHGEPDPVGS AYFVAQLYER QGDDQLALQY YQAA GAYRS GVRVAWKMEQ YGVVANLAMK SSDERLMLET AMALEKHQAY DKAVQLYRRI GAVQCALDAC VQGGLYETLH EVSAA FASG STDPAVFLGM ADHFQSESDY QKAVEMLLFA KHFEEALKLC ETQNATLTEE MAESMTSNIG ELSMEERQAV LRRVAH IAK DQGRWSLACK KYTQAGDRVK AMRMLMRGGE TEKVIFFANH SRNVEIYTMA ANFLQSQNWS ADANIYKSIV LFYTKAK AW MNLLAFYESC AQLHIDENRN YPEALRALED CIAMAESVRG GKANIEMEKV EQLKQRVEIL KAFVKAQKTV DSMVVAER G SVAEKAKADS VIACCSGLIK RSRPSSPDHS LIQDALRIGD VFALMVRFYF DKLGEPHNAL KVMESMPKHG ADPQLFIEA DYMERVCQAN GKSLANVLPG GIATEAPGAV WEGARKFSTD TRRSSVIDEV DRVV UniProtKB: Intraflagellar transport protein 140 |
-分子 #4: NET domain-containing protein
分子 | 名称: NET domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) |
分子量 | 理論値: 38.742742 KDa |
配列 | 文字列: MSTTSMTAPA TSPSRLESMR AASSTTSSKP APTGPSKKSD APAKTKRQDK PNVNSANDSN AADTGTAAAA TRPDHGRRSR RTEDANWLN AEKPGNAYRP ADKELSQNVK VVQDDILNRE QAQREQAERA QRQKEKLEQH ISESPAGFQA ALPRLNELDV A NSWDKLLR ...文字列: MSTTSMTAPA TSPSRLESMR AASSTTSSKP APTGPSKKSD APAKTKRQDK PNVNSANDSN AADTGTAAAA TRPDHGRRSR RTEDANWLN AEKPGNAYRP ADKELSQNVK VVQDDILNRE QAQREQAERA QRQKEKLEQH ISESPAGFQA ALPRLNELDV A NSWDKLLR MMRSEYDMSC LTSCLARELD EDVAWNPEML LVQLTSDMLD AAELQKDSGE AYVPVDASDI GQMTGGEVAR KR KAKRTKA AGGAEGEPEK DTEMPATASP PPTSQAATSK TPRKKATTDP AAAEPKKTQT GKAQNAGPTS AGNSSLPQKG SAA GSTSGA AGGGGGSKTS AAPSTAKRDA SKDANATKSS SSKKKTSKQV SK UniProtKB: Intraflagellar transport protein 43 |
-分子 #5: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein
分子 | 名称: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) |
分子量 | 理論値: 152.393281 KDa |
配列 | 文字列: MVLTQQFVIS NADLGRGHVV EALHPSSPLI ALAGSKGRVL ILNKTGKVEH QLPMQNVVAM EWECSTDTLA IITSSSSDVH LYTHRTRQT DTIDTKLKDL CFVCWSQSQP LFAIGSKSGQ FVLYNRRTLR LVPVADTHKQ RLISGMWVPA QDSRLLIISE D PSLSISDA ...文字列: MVLTQQFVIS NADLGRGHVV EALHPSSPLI ALAGSKGRVL ILNKTGKVEH QLPMQNVVAM EWECSTDTLA IITSSSSDVH LYTHRTRQT DTIDTKLKDL CFVCWSQSQP LFAIGSKSGQ FVLYNRRTLR LVPVADTHKQ RLISGMWVPA QDSRLLIISE D PSLSISDA EGKVLTTIPL PSVPKSVCVS GMANSPKSSS FAAVNLDNTL LIVDLRSYAT AAGQFNSALG QITCLTAGIN GE FLAGFAS GTVALLDLAG SEVRLRGSLR LLKNAVEMVN FGEGSGVVAA VADNRVGLLR ITEDGIAPTG DEASLESERG VPD LLAWSR DGQQLFVGTN QGNVTVFTLK VLNVSASYGT LVFSFTSNRT IGVKNLQDNR VVCTVPVNSD PAFISAGMAM LAAG VNNQV SYYEYFIPNS LPYPMVDPAK NVSQSSQQAH SVFLRTVEYP SPVTDLKVNS NLAAVVYDGR VQLSPIRDTP EAAAP VYFP ESGDTRLVSI ALSEVFFLYA TTSRVSVYAL HNLQQVATFT CNTGLKRAFA NPACTRVAYV DDSSELFNVN LVTEVA NKA EGYDPDQKMV LWDQAEATVF ITYDSEKCAT FVNTPHSRHG ATCESVLVKD SSEDNLYTPL PPGYTPVTLF RGTVVCQ TP NGTLETVPLQ THNNIFLRTP NAEAFYNNFS LNRLRWSSNN ITSPQEAEDL AVKSLHMLDV ELAIRVYRQL SQPSLVLC L EKIRHIHEKN LLLGHVSMIM GYMKDAQNFF LRSSQPLRAL EMRRDMMQWE RALTLAEQLA PEEVPIISRD YAQHLEYRG VYAKALEMYQ KGLRQLPTGH ASTELSVTVQ EVERHNEQCR QGAARSQIRI GNIADAMKTV KESSEVSFVK ECAKLCEENQ KHEEAAQLY EKAGDIERAA TIYIERCKNL KAAERLLPFI KSRNIIGIYA RGKEAEGAFV EAEKAFAQAE DWDNAVRLRI E KLNDLHGA YVIVRQTRSA NAAALVAKKC TAQKEYGTAV EFLVLAKSLD EAFELAKTHD CMFNFESALL NQVQLKDGIA PL SNQADFT MIAEYYDNDG KAGQAGMYYH ISGHYAKALN KYLESGQPED IEKAVEVVGK AHSDSLTNKF IDYLMGETDG EPK DPSYIF KLYLAMGSYE KAAKTSVIIS AKEQEIGNYK SAHKTLVEAY RILQQRNMHV SNDLRRALML LHSYIIVKDL LKIM KDDDT ACRMLLRVSR NIQKFPKHIT TIVTTTVLQC LKSNFKKSAF EYACYLIQNE KHRAEMTEKS RKKIEGIVRR HSKDD AVDP VEPMLPCPYC DAPVAETELD CGACKNTIPF CIVTGKHIVK SDYTSTPCCG FPAIYSALMT RLSGTLTCPM CEATID ISN VNRETNPELK ALL UniProtKB: Wd repeat-containing protein 19 |
-分子 #6: TPR_REGION domain-containing protein
分子 | 名称: TPR_REGION domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) |
分子量 | 理論値: 180.805828 KDa |
配列 | 文字列: MQPSSSFLPD VWMAVTREPH IPEITPLSRI LAAAAISTYS RQVEYDLDTG CKKKRTAPPP SPPPPSSPPP SPRLTLANAA AMTTTILRT NYALLLFYVR EKYWHHAEEV CLSVIQSTDD HMFRVWRALT LERQGMANDA IREYKAVESR RTTAVPALMG M QLIYKHNR ...文字列: MQPSSSFLPD VWMAVTREPH IPEITPLSRI LAAAAISTYS RQVEYDLDTG CKKKRTAPPP SPPPPSSPPP SPRLTLANAA AMTTTILRT NYALLLFYVR EKYWHHAEEV CLSVIQSTDD HMFRVWRALT LERQGMANDA IREYKAVESR RTTAVPALMG M QLIYKHNR DQEGVAQTEA KLDGFEIAAN MGGWVQAAAL CWAMGDINAA RDILLRFTDN EAAMAYRDEY TNYGTIRGWV DL LSGRGAL LEKAGALFTS VMDMEEAQYS YFQADNESGS GSRGTTKWID LNAALGYVAF LERKTQLAKA QSLLDRLFVL YPN CSIPPL VGKARLLMQA EDWEQAIEVT HRILAHDKSN VEALALEALY AMAKDTRHDA APVRVRRLLD AVRAKEPRNV ALLH QFALV FSRLAGDRLD LLSLTTQFSD MAYALDSRNG DVLCGLGYQQ LYRHDDKAAT ETFRKAATLT DSLDPLLGTV TCLLR QGDM EAAATQLQLC NQLQPAAQRN AELSMLNAQL RWHRRGMEEE TAVLRYLDQA AEAIKQDVKE RAGVGMEVYV HLNAPV ALA IAHAYIMHCR NEPPDPMFKH ADVVGEKCGR HLEFIVQHLP ACMEAQLMLA KVWFVTGEVR KAQNLLKSTL IVQEQPL PD AFLLSSQICQ YMGDTKLACQ ALAQARTLDF SLQEKPLYNL LLGTVKGTTG EYAEALASLQ RAYNTVKSAA TAPSAGKP T NPLSVPETVT LYLQLAQAQL RVRDVDAARE TLTEAALKFR GSAQIGRVII AQAMLAARTD VDKSIELLRQ VSSKSEFYI AAHSQLGKLF LTHKHNVAMY IQCFQEMAES VPSAQSYVEL GEAYTTIQEP EQAIAAYEKA KALSPSSSEL SVRVGRALVA AHDYAKAIR YYQDALVTDP HLSIVRADLA TLQWRLGHIE EARETIVASP VYELPSTDGA GAGVASAAAA GSAEAVGTAI E RINLYLLL YKVLRDQPWT VPLSEEGTAA ADSDDNHGDA ALTALLTARS LQRRLLEHQL RTTEAPEVIT EQRVVMSRIC TE AGARCIY STPAPPPFSV VMTDKKVEAA AALAVQSAIA SRLTNAREYL REAIAFDESN ERAQLESAQL CYRTGDTEGC EQH CTTVLR MAEGSANTAD AAILLANLYT EQNRDEDARN MFEDLLRKTP QHYEALVYYL ILLYHAGQLP EAKEALERAA AAVP IGQRA DPGLSYVRGL YEHLCNNNAE ALRHFNLARL PAGNPWCTRA LVRMIRIYLV PTTQDLWVRG TSPAAAAATA VADPP RAKE QQQKSATPGK VPLAAATTGS TELHDNIRHA EQLLLLLPVH SEERRILQAY CTMATRRPEE LETALHLFLE CIVAAE TGG VSAAMTAEKN GGSGSPKKTA AEERKQPRRG KGGDSDDDED LQLLASMHEA AAELAQRSSG NSTATLAFAL QCKVIHP EA FLGLAICLFI SGQETAARNV LARLLESKDI TTKMSAMKQA EDKEDAASKD AASKEAAEPA APMVLSPPIA ILTCSEDD T IERAMLFEAY MDTQEGRLKD ARFVLQQVLS ANEGCSSAWN ELGLIYERNQ KHKNASQCYQ KAWKLVQEAD PDVGYKLGF NYLRGGQPVK AIDVCKRVLT HHATYPRIEA DIMDAAYSML RP UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 57.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 239280 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-8f5o: |