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- EMDB-28832: Apo ELIC in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28832
タイトルApo ELIC in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
マップデータApo Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in spMSP1D1
試料
  • 複合体: Apo ELIC in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
    • タンパク質・ペプチド: Erwinia chrysanthemi ligand-gated ion channel
キーワードELIC / ion channel / pLGIC / Structural Protein / Membrane Protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Dickeya dadantii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Dalal V / Arcario MJ / Petroff II JT / Deitzen NM / Tan BK / Brannigan G / Cheng WWL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM137957 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Lipid nanodisc scaffold and size alter the structure of a pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Vikram Dalal / Mark J Arcario / John T Petroff / Brandon K Tan / Noah M Dietzen / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Grace Brannigan / Wayland W L Cheng /
要旨: Lipid nanodiscs have become a standard tool for studying membrane proteins, including using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that reconstituting the pentameric ligand-gated ...Lipid nanodiscs have become a standard tool for studying membrane proteins, including using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that reconstituting the pentameric ligand-gated ion channel (pLGIC), Erwinia ligand-gated ion channel (ELIC), in different nanodiscs produces distinct structures by cryo-EM. The effect of the nanodisc on ELIC structure extends to the extracellular domain and agonist binding site. Additionally, molecular dynamic simulations indicate that nanodiscs of different size impact ELIC structure and that the nanodisc scaffold directly interacts with ELIC. These findings suggest that the nanodisc plays a crucial role in determining the structure of pLGICs, and that reconstitution of ion channels in larger nanodiscs may better approximate a lipid membrane environment.
履歴
登録2022年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28832.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Apo Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in spMSP1D1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 280 pix.
= 183.96 Å		0.66 Å/pix.
x 280 pix.
= 183.96 Å		0.66 Å/pix.
x 280 pix.
= 183.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.657 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.1877377 - 0.26590326
平均 (標準偏差)0.00014681014 (±0.013888806)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 183.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Apo Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in spMSP1D1

ファイルemd_28832_additional_1.map
注釈Apo Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in spMSP1D1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Apo Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in spMSP1D1

ファイルemd_28832_half_map_1.map
注釈Apo Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in spMSP1D1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Apo Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in spMSP1D1

ファイルemd_28832_half_map_2.map
注釈Apo Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in spMSP1D1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Apo ELIC in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG

全体名称: Apo ELIC in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
要素
  • 複合体: Apo ELIC in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
    • タンパク質・ペプチド: Erwinia chrysanthemi ligand-gated ion channel

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超分子 #1: Apo ELIC in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG

超分子名称: Apo ELIC in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Dickeya dadantii (バクテリア)

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分子 #1: Erwinia chrysanthemi ligand-gated ion channel

分子名称: Erwinia chrysanthemi ligand-gated ion channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dickeya dadantii (バクテリア)
分子量理論値: 36.879 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: APADNAADAR PVDVSVSIFI NKIYGVNTLE QTYKVDGYIV AQWTGKPRKT PGDKPLIVEN TQIERWINNG LWVPALEFIN VVGSPDTGN KRLMLFPDGR VIYNARFLGS FSNDMDFRLF PFDRQQFVLE LEPFSYNNQQ LRFSDIQVYT ENIDNEEIDE W WIRGKAST ...文字列:
APADNAADAR PVDVSVSIFI NKIYGVNTLE QTYKVDGYIV AQWTGKPRKT PGDKPLIVEN TQIERWINNG LWVPALEFIN VVGSPDTGN KRLMLFPDGR VIYNARFLGS FSNDMDFRLF PFDRQQFVLE LEPFSYNNQQ LRFSDIQVYT ENIDNEEIDE W WIRGKAST HISDIRYDHL SSVQPNQNEF SRITVRIDAV RNPSYYLWSF ILPLGLIIAA SWSVFWLESF SERLQTSFTL ML TVVAYAF YTSNILPRLP YTTVIDQMII AGYGSIFAAI LLIIFAHHRQ ANGVEDDLLI QRCRLAFPLG FLAIGCVLVI RGI TL

UniProtKB: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 3000 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 9.332 kPa / 詳細: O2 27.5 sccm H2 6.4 sccm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 2 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was equipped with a Cs corrector
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 4.28 sec. / 平均電子線量: 51.54 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 96000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8d65

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36562
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8f35:
Apo ELIC in spMSP1D1 nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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