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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Phi-29 partially-expanded fiberless prohead | |||||||||
![]() | Phi-29 partially-expanded fiberless prohead | |||||||||
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![]() | bacteriophage / prohead / HK97 fold / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | viral procapsid / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / T=3 icosahedral viral capsid / Major capsid protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
![]() | Woodson ME / Morais MC / Scott SD / Choi KH / Jardine PJ / Zhang W | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Phi-29 partially-expanded fiberless prohead 著者: Woodson ME / Morais MC / Prokhorov NS / Scott SD / Zhang W / Choi KH / Jardine PJ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 114.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 31.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 224.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 2.2 GB 2.2 GB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Phi-29 partially-expanded fiberless prohead | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.089 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_28823_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_28823_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Bacillus phage phi29
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacillus phage phi29
超分子 | 名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2884424 / 生物種: Bacillus phage phi29 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 35.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 47 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 49.894906 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRITFNDVKT SLGITESYDI VNAIRNSQGD NFKSYVPLAT ANNVAEVGAG ILINQTVQND FITSLVDRIG LVVIRQVSLN NPLKKFKKG QIPLGRTIEE IYTDITKEKQ YDAEEAEQKV FEREMPNVKT LFHERNRQGF YHQTIQDDSL KTAFVSWGNF E SFVSSIIN ...文字列: MRITFNDVKT SLGITESYDI VNAIRNSQGD NFKSYVPLAT ANNVAEVGAG ILINQTVQND FITSLVDRIG LVVIRQVSLN NPLKKFKKG QIPLGRTIEE IYTDITKEKQ YDAEEAEQKV FEREMPNVKT LFHERNRQGF YHQTIQDDSL KTAFVSWGNF E SFVSSIIN AIYNSAEVDE YEYMKLLVDN YYSKGLFTTV KIDEPTSSTG ALTEFVKKMR ATARKLTLPQ GSRDWNSMAV RT RSYMEDL HLIIDADLEA ELDVDVLAKA FNMNRTDFLG NVTVIDGFAS TGLEAVLVDK DWFMVYDNLH KMETVRNPRG LYW NYYYHV WQTLSVSRFA NAVAFVSGDV PAVTQVIVSP NIAAVKQGGQ QQFTAYVRAT NAKDHKVVWS VEGGSTGTAI TGDG LLSVS GNEDNQLTVK ATVDIGTEDK PKLVVGEAVV SIRPNNASGG AQA UniProtKB: Major capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 40 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5109 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |