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- EMDB-28818: Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28818
タイトルStructure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A
マップデータSharpened map.
試料
  • 複合体: Yeast F1-ATPase with 100 micromolar cruentaren A
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit gamma
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Cruentaren A
キーワードF1-ATPase / ATP Synthase / cruentaren A / drug development / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain ...ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit beta / ATP synthase subunit gamma / ATP synthase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Guo H / Rubinstein JL
資金援助 カナダ, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Canada Research ChairsElectron Cryomicroscopy カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT162186 カナダ
Canada Foundation for Innovation カナダ
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA216919 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR002529 米国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: CryoEM Structure with ATP Synthase Enables Late-Stage Diversification of Cruentaren A.
著者: Xiaozheng Dou / Hui Guo / Terin D'Amico / Leah Abdallah / Chitra Subramanian / Bhargav A Patel / Mark Cohen / John L Rubinstein / Brian S J Blagg /
要旨: Cruentaren A is a natural product that exhibits potent antiproliferative activity against various cancer cell lines, yet its binding site within ATP synthase remained unknown, thus limiting the ...Cruentaren A is a natural product that exhibits potent antiproliferative activity against various cancer cell lines, yet its binding site within ATP synthase remained unknown, thus limiting the development of improved analogues as anticancer agents. Herein, we report the cryogenic electron microscopy (cryoEM) structure of cruentaren A bound to ATP synthase, which allowed the design of new inhibitors through semisynthetic modification. Examples of cruentaren A derivatives include a trans-alkene isomer, which was found to exhibit similar activity to cruentaren A against three cancer cell lines as well as several other analogues that retained potent inhibitory activity. Together, these studies provide a foundation for the generation of cruentaren A derivatives as potential therapeutics for the treatment of cancer.
履歴
登録2022年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28818.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 334.79 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 334.79 Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 334.79 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04622 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.1
最小 - 最大-7.164443 - 10.720364999999999
平均 (標準偏差)0.00116477 (±0.18358803)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 334.79037 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28818_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map.

ファイルemd_28818_additional_1.map
注釈Unsharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1.

ファイルemd_28818_half_map_1.map
注釈Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2.

ファイルemd_28818_half_map_2.map
注釈Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast F1-ATPase with 100 micromolar cruentaren A

全体名称: Yeast F1-ATPase with 100 micromolar cruentaren A
要素
  • 複合体: Yeast F1-ATPase with 100 micromolar cruentaren A
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit gamma
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Cruentaren A

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超分子 #1: Yeast F1-ATPase with 100 micromolar cruentaren A

超分子名称: Yeast F1-ATPase with 100 micromolar cruentaren A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: USY006
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: ATP synthase subunit alpha

分子名称: ATP synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.376539 KDa
配列文字列: NLNETGRVLA VGDGIARVFG LNNIQAEELV EFSSGVKGMA LNLEPGQVGI VLFGSDRLVK EGELVKRTGN IVDVPVGPGL LGRVVDALG NPIDGKGPID AAGRSRAQVK APGILPRRSV HEPVQTGLKA VDALVPIGRG QRELIIGDRQ TGKTAVALDT I LNQKRWNN ...文字列:
NLNETGRVLA VGDGIARVFG LNNIQAEELV EFSSGVKGMA LNLEPGQVGI VLFGSDRLVK EGELVKRTGN IVDVPVGPGL LGRVVDALG NPIDGKGPID AAGRSRAQVK APGILPRRSV HEPVQTGLKA VDALVPIGRG QRELIIGDRQ TGKTAVALDT I LNQKRWNN GSDESKKLYC VYVAVGQKRS TVAQLVQTLE QHDAMKYSII VAATASEAAP LQYLAPFTAA SIGEWFRDNG KH ALIVYDD LSKQAVAYRQ LSLLLRRPPG REAYPGDVFY LHSRLLERAA KLSEKEGSGS LTALPVIETQ GGDVSAYIPT NVI SITDGQ IFLEAELFYK GIRPAINVGL SVSRVGSAAQ VKALKQVAGS LKLFLAQYRE VAAFAQFGSD LDASTKQTLV RGER LTQLL KQNQYSPLAT EEQVPLIYAG VNGHLDGIEL SRIGEFESSF LSYLKSNHNE LLTEIREKGE LSKELLASLK SATES FVAT F

UniProtKB: ATP synthase subunit alpha

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分子 #2: ATP synthase subunit beta

分子名称: ATP synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.379277 KDa
配列文字列: PITGKVTAVI GAIVDVHFEQ SELPAILNAL EIKTPQGKLV LEVAQHLGEN TVRTIAMDGT EGLVRGEKVL DTGGPISVPV GRETLGRII NVIGEPIDER GPIKSKLRKP IHADPPSFAE QSTSAEILET GIKVVDLLAP YARGGKIGLF GGAGVGKTVF I QELINNIA ...文字列:
PITGKVTAVI GAIVDVHFEQ SELPAILNAL EIKTPQGKLV LEVAQHLGEN TVRTIAMDGT EGLVRGEKVL DTGGPISVPV GRETLGRII NVIGEPIDER GPIKSKLRKP IHADPPSFAE QSTSAEILET GIKVVDLLAP YARGGKIGLF GGAGVGKTVF I QELINNIA KAHGGFSVFT GVGERTREGN DLYREMKETG VINLEGESKV ALVFGQMNEP PGARARVALT GLTIAEYFRD EE GQDVLLF IDNIFRFTQA GSEVSALLGR IPSAVGYQPT LATDMGLLQE RITTTKKGSV TSVQAVYVPA DDLTDPAPAT TFA HLDATT VLSRGISELG IYPAVDPLDS KSRLLDAAVV GQEHYDVASK VQETLQTYKS LQDIIAILGM DELSEQDKLT VERA RKIQR FLSQPFAVAE VFTGIPGKLV RLKDTVASFK AVLEGKYDNI PEHAFYMVGG IEDVVAKAEK LAAE

UniProtKB: ATP synthase subunit beta

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分子 #3: ATP synthase subunit gamma

分子名称: ATP synthase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 30.399875 KDa
配列文字列: ATLKEVEMRL KSIKNIEKIT KTMKIVASTR LSKAEKAKIS AKKMDEAEQL FYKNAETKNL DVEATETGAP KELIVAITSD KGLCGSIHS QLAKAVRRHL NDQPNADIVT IGDKIKMQLL RTHPNNIKLS INGIGKDAPT FQESALIADK LLSVMKAGTY P KISIFYND ...文字列:
ATLKEVEMRL KSIKNIEKIT KTMKIVASTR LSKAEKAKIS AKKMDEAEQL FYKNAETKNL DVEATETGAP KELIVAITSD KGLCGSIHS QLAKAVRRHL NDQPNADIVT IGDKIKMQLL RTHPNNIKLS INGIGKDAPT FQESALIADK LLSVMKAGTY P KISIFYND PVSSLSFEPS EKPIFNAKTI EQSPSFGKFE IDTDANVPRD LFEYTLANQM LTAMAQGYAA EISARRNAMD NA SKNAGDM INRYSILYNR TRQAVITNEL VDIITGAS

UniProtKB: ATP synthase subunit gamma

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分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: Cruentaren A

分子名称: Cruentaren A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: XBC
分子量理論値: 589.76 Da
Chemical component information

ChemComp-XBC:
Cruentaren A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 35 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 5814 / 平均露光時間: 8.4 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 133815 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1352159
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 701444
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 233814 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2hld


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8f2k:
Structure of yeast F1-ATPase determined with 100 micromolar cruentaren A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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