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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28813 | |||||||||
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タイトル | Fo-focused map of yeast ATP synthase in conformation-1, at pH 6 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | F-type ATP synthase / yeast / mitochondrial / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Sharma S / Patel H / Luo M / Mueller DM / Liao M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Fo-focused map of yeast ATP synthase in conformation-1, at pH 6 著者: Sharma S / Patel H / Luo M / Mueller DM / Liao M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28813.map.gz | 58.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28813-v30.xml emd-28813.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_28813.png | 45.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28813.cif.gz | 3.5 KB | ||
その他 | emd_28813_half_map_1.map.gz emd_28813_half_map_2.map.gz | 38.3 MB 38.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28813 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28813 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28813_validation.pdf.gz | 754.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28813_full_validation.pdf.gz | 753.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28813_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28813_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28813 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28813 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28813_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28813_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ATP synthase
全体 | 名称: ATP synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: ATP synthase
超分子 | 名称: ATP synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#13, #1, #14-#18 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 146826 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |