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- EMDB-28812: Amylin 3 Receptor in complex with Gs and Pramlintide analogue pep... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28812
タイトルAmylin 3 Receptor in complex with Gs and Pramlintide analogue peptide San45
マップデータpostprocess map for the complex
試料
  • 複合体: Amylin 3 receptor in complex with Gs protein and San45 peptide
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 6種
キーワードGPCR / amylin receptor / dual amylin and calcitonin receptor agonists / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cross-receptor inhibition within G protein-coupled receptor heterodimer / G protein-coupled receptor signaling pathway involved in heart process / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / calcitonin binding / calcitonin family receptor activity / amylin receptor complex 1 / amylin receptor complex 2 / calcitonin family receptor signaling pathway ...cross-receptor inhibition within G protein-coupled receptor heterodimer / G protein-coupled receptor signaling pathway involved in heart process / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / calcitonin binding / calcitonin family receptor activity / amylin receptor complex 1 / amylin receptor complex 2 / calcitonin family receptor signaling pathway / amylin receptor complex 3 / amylin receptor activity / calcitonin receptor activity / calcitonin gene-related peptide receptor signaling pathway / calcitonin gene-related peptide receptor activity / amylin receptor 3 signaling pathway / amylin receptor 2 signaling pathway / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of ossification / positive regulation of receptor recycling / response to amyloid-beta / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / developmental growth / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / cellular response to hormone stimulus / response to glucocorticoid / Hedgehog 'off' state / coreceptor activity / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / regulation of mRNA stability / regulation of insulin secretion / cellular response to glucagon stimulus / osteoclast differentiation / positive regulation of calcium-mediated signaling / ossification / adenylate cyclase activator activity / acrosomal vesicle / trans-Golgi network membrane / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / cellular response to estradiol stimulus / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / bone development / receptor internalization / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / platelet aggregation / cognition / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / calcium ion transport / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / sensory perception of smell / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / protein transport / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, calcitonin receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors ...GPCR, family 2, calcitonin receptor / Receptor activity modifying protein / RAMP domain superfamily / Receptor activity modifying family / GPCR, family 2, calcitonin receptor family / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor activity-modifying protein 3 / Calcitonin receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å
データ登録者Cao J / Sexton PM / Wootten DL / Belousoff MJ
資金援助 オーストラリア, 日本, 8件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)IC200100052 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1120919 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1159006 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1150083 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1154434 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1155302 オーストラリア
Japan Science and Technology18069571 日本
Takeda Science Foundation2019 Medical Research Grant 日本
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insight into selectivity of amylin and calcitonin receptor agonists.
著者: Jianjun Cao / Matthew J Belousoff / Elliot Gerrard / Radostin Danev / Madeleine M Fletcher / Emma Dal Maso / Herman Schreuder / Katrin Lorenz / Andreas Evers / Garima Tiwari / Melissa ...著者: Jianjun Cao / Matthew J Belousoff / Elliot Gerrard / Radostin Danev / Madeleine M Fletcher / Emma Dal Maso / Herman Schreuder / Katrin Lorenz / Andreas Evers / Garima Tiwari / Melissa Besenius / Ziyu Li / Rachel M Johnson / Denise Wootten / Patrick M Sexton /
要旨: Amylin receptors (AMYRs), heterodimers of the calcitonin receptor (CTR) and one of three receptor activity-modifying proteins, are promising obesity targets. A hallmark of AMYR activation by Amy is ...Amylin receptors (AMYRs), heterodimers of the calcitonin receptor (CTR) and one of three receptor activity-modifying proteins, are promising obesity targets. A hallmark of AMYR activation by Amy is the formation of a 'bypass' secondary structural motif (residues S19-P25). This study explored potential tuning of peptide selectivity through modification to residues 19-22, resulting in a selective AMYR agonist, San385, as well as nonselective dual amylin and calcitonin receptor agonists (DACRAs), with San45 being an exemplar. We determined the structure and dynamics of San385-bound AMYR, and San45 bound to AMYR or CTR. San45, via its conjugated lipid at position 21, was anchored at the edge of the receptor bundle, enabling a stable, alternative binding mode when bound to the CTR, in addition to the bypass mode of binding to AMYR. Targeted lipid modification may provide a single intervention strategy for design of long-acting, nonselective, Amy-based DACRAs with potential anti-obesity effects.
履歴
登録2022年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28812.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28812.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocess map for the complex
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208. Å		0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208. Å		0.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 208. Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
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表面レベル登録者による: 0.026
最小 - 最大-0.09446717 - 0.20086095
平均 (標準偏差)-0.00015459971 (±0.0057629007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28812_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: postprocess map of the local refinement of receptor region

ファイルemd_28812_additional_1.map
注釈postprocess map of the local refinement of receptor region
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ファイルemd_28812_additional_2.map
注釈unfiltered consensus map for the complex
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: unfiltered map of the local refinement of receptor region

ファイルemd_28812_additional_3.map
注釈unfiltered map of the local refinement of receptor region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: half-map 2 for the local refinement of receptor

ファイルemd_28812_additional_4.map
注釈half-map 2 for the local refinement of receptor
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: half-map 1 for the local refinement of receptor

ファイルemd_28812_additional_5.map
注釈half-map 1 for the local refinement of receptor
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28812_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28812_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Amylin 3 receptor in complex with Gs protein and San45 peptide

全体名称: Amylin 3 receptor in complex with Gs protein and San45 peptide
要素
  • 複合体: Amylin 3 receptor in complex with Gs protein and San45 peptide
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Receptor activity-modifying protein 3
    • タンパク質・ペプチド: pramlintide analogue San45
    • タンパク質・ペプチド: Calcitonin receptor
  • リガンド: N-hexadecanoyl-L-glutamic acid
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: (2S)-2-{[(1R)-1-hydroxyhexadecyl]oxy}-3-{[(1R)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Amylin 3 receptor in complex with Gs protein and San45 peptide

超分子名称: Amylin 3 receptor in complex with Gs protein and San45 peptide
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.683434 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ AALKLFDSIW NNKWLRDTSV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCA VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.534062 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV ...文字列:
MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD IN AICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAG HDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: nanobody 35

分子名称: nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 15.140742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSH HHHHHEPEA

+
分子 #5: Receptor activity-modifying protein 3

分子名称: Receptor activity-modifying protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.89665 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKRAGGCN ETGMLERLPL CGKAFADMMG KVDVWKWCNL SEFIVYYESF TNCTEMEANV VGCYWPNPL AQGFITGIHR QFFSNCTVDR VHLEDPPDEV LIPLIVIPVV LTVAMAGLVV WRSKRTDTLL

UniProtKB: Receptor activity-modifying protein 3

+
分子 #6: pramlintide analogue San45

分子名称: pramlintide analogue San45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.9685 KDa
配列文字列:
KCNTATCATQ RLANFLVHSS KNFGPILPPT NVGSNTY(NH2)

+
分子 #7: Calcitonin receptor

分子名称: Calcitonin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.469594 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PAAFSNQTYP TIEPKPFLYV VGRKKMMDAQ YKCYDRMQQL PAYQGEGPYC NRTWDGWLC WDDTPAGVLS YQFCPDYFPD FDPSEKVTKY CDEKGVWFKH PENNRTWSNY TMCNAFTPEK LKNAYVLYYL A IVGHSLSI ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDLEVLFQG PAAFSNQTYP TIEPKPFLYV VGRKKMMDAQ YKCYDRMQQL PAYQGEGPYC NRTWDGWLC WDDTPAGVLS YQFCPDYFPD FDPSEKVTKY CDEKGVWFKH PENNRTWSNY TMCNAFTPEK LKNAYVLYYL A IVGHSLSI FTLVISLGIF VFFRSLGCQR VTLHKNMFLT YILNSMIIII HLVEVVPNGE LVRRDPVSCK ILHFFHQYMM AC NYFWMLC EGIYLHTLIV VAVFTEKQRL RWYYLLGWGF PLVPTTIHAI TRAVYFNDNC WLSVETHLLY IIHGPVMAAL VVN FFFLLN IVRVLVTKMR ETHEAESHMY LKAVKATMIL VPLLGIQFVV FPWRPSNKML GKIYDYVMHS LIHFQGFFVA TIYC FCNNE VQTTVKRQWA QFKIQWNQRW GRRPSNRSAR AAAAAAEAGD IPIYICHQEL RNEPANNQGE ESAEIIPLNI IEQES SAPA GLEVLFQGPH HHHHHHH

UniProtKB: Calcitonin receptor

+
分子 #8: N-hexadecanoyl-L-glutamic acid

分子名称: N-hexadecanoyl-L-glutamic acid / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: D6M
分子量理論値: 385.538 Da
Chemical component information

ChemComp-D6M:
N-hexadecanoyl-L-glutamic acid / N-ヘキサデカノイル-L-グルタミン酸

+
分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #10: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 8 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #11: (2S)-2-{[(1R)-1-hydroxyhexadecyl]oxy}-3-{[(1R)-1-hydroxyoctadecyl...

分子名称: (2S)-2-{[(1R)-1-hydroxyhexadecyl]oxy}-3-{[(1R)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: P42
分子量理論値: 766.124 Da
Chemical component information

ChemComp-P42:
(2S)-2-{[(1R)-1-hydroxyhexadecyl]oxy}-3-{[(1R)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / SPPC, リン脂質*YM

+
分子 #12: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

+
分子 #13: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 31 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 70.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7tzf

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 518000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 38
得られたモデル

PDB-8f2b:
Amylin 3 Receptor in complex with Gs and Pramlintide analogue peptide San45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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