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万見
- EMDB-28804: Subtomographic average of flagellar axoneme doublet from Trypanos... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28804
タイトルSubtomographic average of flagellar axoneme doublet from Trypanosoma brucei MC8 Knockdown mutant
マップデータSubtomographic average of flagellar axoneme doublet from Trypanosoma brucei MC8 Knockdown mutant
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Detergent-extracted flagellum of Trypanosoma brucei
キーワードflagella / axoneme / MIPs / MC8 Knockdown / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å
データ登録者Shimogawa MM / Wang H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI052348 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: FAP106 is an interaction hub for assembling microtubule inner proteins at the cilium inner junction.
著者: Michelle M Shimogawa / Angeline S Wijono / Hui Wang / Jiayan Zhang / Jihui Sha / Natasha Szombathy / Sabeeca Vadakkan / Paula Pelayo / Keya Jonnalagadda / James Wohlschlegel / Z Hong Zhou / Kent L Hill /
要旨: Motility of pathogenic protozoa depends on flagella (synonymous with cilia) with axonemes containing nine doublet microtubules (DMTs) and two singlet microtubules. Microtubule inner proteins (MIPs) ...Motility of pathogenic protozoa depends on flagella (synonymous with cilia) with axonemes containing nine doublet microtubules (DMTs) and two singlet microtubules. Microtubule inner proteins (MIPs) within DMTs influence axoneme stability and motility and provide lineage-specific adaptations, but individual MIP functions and assembly mechanisms are mostly unknown. Here, we show in the sleeping sickness parasite Trypanosoma brucei, that FAP106, a conserved MIP at the DMT inner junction, is required for trypanosome motility and functions as a critical interaction hub, directing assembly of several conserved and lineage-specific MIPs. We use comparative cryogenic electron tomography (cryoET) and quantitative proteomics to identify MIP candidates. Using RNAi knockdown together with fitting of AlphaFold models into cryoET maps, we demonstrate that one of these candidates, MC8, is a trypanosome-specific MIP required for parasite motility. Our work advances understanding of MIP assembly mechanisms and identifies lineage-specific motility proteins that are attractive targets to consider for therapeutic intervention.
履歴
登録2022年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28804.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28804.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomographic average of flagellar axoneme doublet from Trypanosoma brucei MC8 Knockdown mutant
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.76 Å/pix.
x 100 pix.
= 675.9 Å		6.76 Å/pix.
x 80 pix.
= 540.72 Å		6.76 Å/pix.
x 120 pix.
= 811.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.759 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.46
最小 - 最大-3.433434 - 3.9919567
平均 (標準偏差)-0.000000033531368 (±0.6610114)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-60-50
サイズ80120100
Spacing12080100
セルA: 811.07996 Å / B: 540.72 Å / C: 675.89996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Subtomographic average of flagellar axoneme doublet from Trypanosoma...

ファイルemd_28804_half_map_1.map
注釈Subtomographic average of flagellar axoneme doublet from Trypanosoma brucei MC8 Knockdown mutant(half-map 1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Subtomographic average of flagellar axoneme doublet from Trypanosoma...

ファイルemd_28804_half_map_2.map
注釈Subtomographic average of flagellar axoneme doublet from Trypanosoma brucei MC8 Knockdown mutant(half-map 2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Detergent-extracted flagellum of Trypanosoma brucei

全体名称: Detergent-extracted flagellum of Trypanosoma brucei
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Detergent-extracted flagellum of Trypanosoma brucei

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超分子 #1: Detergent-extracted flagellum of Trypanosoma brucei

超分子名称: Detergent-extracted flagellum of Trypanosoma brucei / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / Organelle: flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.68 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 詳細: The FSC was performed by calcUnbiasedFSC from PEET / 使用したサブトモグラム数: 1936
抽出トモグラム数: 52 / 使用した粒子像数: 3092
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: PEET

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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